2020年10月28日
snpEff安装
摘要： 下载安装包： wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_v3_6_core.zip 解压安装包： unzip snpEff_v3_6_core.zip 切换到解压后文件夹： cd snpEff_v3_6_core 使用java包 阅读全文
posted @ 2020-10-28 17:30 --看日出-- 阅读(533) 评论(0) 推荐(0)
linux下VEP的安装
摘要： VEP（Variant Effect Predictor）作为Ensembl官方推出的变异影响预测软件，被广泛使用，以下内容也来自Ensembl 软件包下载（ZIP格式）： curl -L-Ohttps://github.com/Ensembl/ensembl-vep/archive/release 阅读全文
posted @ 2020-10-28 17:29 --看日出-- 阅读(997) 评论(0) 推荐(0)
VEP注释文件下载网址
摘要： Ensembl提供多个物种的注释文件： ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-96/variation/VEP 阅读全文
posted @ 2020-10-28 17:26 --看日出-- 阅读(385) 评论(0) 推荐(0)
linux下查看文件行数和列数
摘要： 查看行数： wc -l 文件名 查看列数： cat 文件名 | awk '{print NF}' 注意：默认是\t分割 但是可以使用-F参数指定分隔符，例如以 | 进行分割： cat 文件名 | awk -F "|" '{print NF}' 阅读全文
posted @ 2020-10-28 17:25 --看日出-- 阅读(15852) 评论(0) 推荐(0)
R语言画图常用参数
摘要： plot(x,xlab = "degree",ylab = "number of nodes",main = "mRNA degree distribute",lwd = 5,col = "darkred",xlim = c(1,21),bty = "n",ylim = c(0,200),lend 阅读全文
posted @ 2020-10-28 17:23 --看日出-- 阅读(523) 评论(0) 推荐(0)