2022 年 9月 8 日随笔档案 - 小高不高

GEO代码分析流程 - 1. 下载数据，提取表达矩阵和临床信息

摘要： 0. 准备 setwd("") rm(list = ls()) options(stringsAsFactors = F) library(GEOquery) library(limma) library(tidyverse) 1. 数据下载 # 下载Series Matrix File(s) gs 阅读全文

posted @ 2022-09-08 22:30 小高不高阅读(5673) 评论(0) 推荐(0)

GEO代码分析流程 - 0. 安装R包

摘要： 1. 设置镜像 options("repos" = "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/") if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F) options( 阅读全文

posted @ 2022-09-08 22:29 小高不高阅读(549) 评论(0) 推荐(0)

GEO背景知识 + 分析思路

摘要：实验设计实验目的：通过基因表达量数据的差异分析和富集分析来解释生物学现象病变组织 vs 健康组织药物处理 vs 对照组 ...... 有差异的材料 → 差异基因 → 代谢通路 / 功能注释 → 解释差异的原理 GEO数据：用户提交给GEO的样本数据。（GSM）一个完整的研究，并提供了整个研阅读全文

posted @ 2022-09-08 18:38 小高不高阅读(842) 评论(0) 推荐(1)

图表介绍 - 热图、散点图、箱线图、火山图、PCA

摘要： 1. 热图输入数据是数值型矩阵 / 数据框颜色的变化表示数值的大小 2. 散点图和箱线图散点图和箱线图的差别：箱线图就是散点图把横坐标弱化的结果。弱化个体的概念，强化群体的概念，把同一个分组放到一起，就形成了箱线图。箱线图的输入数据是一个数值型向量和一个字符串向量（重复值）箱线图：箱线图阅读全文

posted @ 2022-09-08 18:38 小高不高阅读(3192) 评论(0) 推荐(0)

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