Circos图

核心的是config配置文件，

它决定了Circos的每一圈读入什么样的数据，并且决定它们以什么方式展示，是柱状图还是散点图，也包括颜色、字体等等。

config文件又分为多个子config文件，我们在作图时可以在主config文件中调用这些子config文件，最后将整理好的config文件传递给Circos，即可做出各式各样的Circos图。

   

                                                       

 一个典型的Circos图最外圈一般是染色体的示意图（ideogram），上面的刻度表示染色体的坐标位置。以第一条染色体为例，由于chr1的length=249 250621，我们以1Mbp为单位，那刻度范围就为0~249。

用Kb （千），Mb（百万）、Gb（十亿）为单位描述基因组的大小。

bp = base pair(s)=一个碱基对  

kb (= kbp) = kilo base pairs = 1,000 bp

Mb (= Mbp) = mega base pairs = 1,000,000（100万） bp

Gb = giga base pairs = 1,000,000,000（10亿）bp

将它跟平时看惯的x-y直角坐标系类比，只不过我们平时看到的坐标是类似（22，39545），而在Circos中，这个坐标变为（hs1 28000000 28999999  0.002489），其中第一个字符表示人染色体编号，等同于chr1，

28000000表示染色体起始位置，28999999表示终止位置，

由这三个值便确定了突变信息所在的坐标位置，相当于x-y轴坐标体系中x的值已经确定了，而0.002489则表示该坐标处所对应的值，相当于y轴的值也定下来了，很多行这样的值通过点或者线的方式连起来，就构成了上面的图。

其实hs1 28000000 28999999确实表示一个范围，横跨了999999个碱基(近似于1Mb)，而在这个范围内的值都是0.002489，连起来其实是一条横线，但由于染色体太长，我们不可能以1bp为单位去展示，正如上面提到的，我们用1Mb为单位（chr1的长度范围为0-249），因此这个范围在染色体示意图上实际也就成了一个点；

而0.002489在我们这个例子中是表示这个范围内snp的密度（这一范围内snp的数目有2489个，而2489/(28999999-28000000)=0.002489），在不同的文章中，这个值会被赋予完全不同的含义

我们都知道人与人之间99%以上的DNA序列是一样的，但是也存在一定的差异，我们把这种差异交做单核苷酸多态性-SNP，很多SNP与个体的健康状况都存在密切的联系，这包括糖尿病、癌症等等。