12 2019 档案
摘要：STAMP: Statistical analysis of taxonomic and functional profiles 官网地址：http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP https://github.com/dparks1134/STAMP/tree/ma
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posted @ 2019-12-31 17:54
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摘要：obs.scale scale factor to apply to observations var.scale scale factor to apply to variables
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posted @ 2019-12-31 17:05
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摘要：PCA主要是基于原始数据矩阵的降维；PCoA主要是基于样本的原始数据计算出来的距离矩阵的降维。如果样本数目比较多，而物种数目比较少，那肯定首选PCA;如果样本数目比较少，而物种数目比较多，那肯定首选PCoA。 https://www.jianshu.com/p/f15625700b3b https:
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posted @ 2019-12-31 09:33
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摘要：https://www.jianshu.com/p/e541fa218294 用循环 普通模式 pdf(xxx) p dev.off() 此模式有bug，pdf要么打不开，要么打开是空白 用ggsave(p,file=paste(name,".pdf",sep="")) ##ggsave批量生成na
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posted @ 2019-12-29 22:24
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摘要：https://zhuanlan.zhihu.com/p/42381835 http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vpyt.html https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/78159935 h
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posted @ 2019-12-29 18:39
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摘要：http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1169075.html http://blog.sciencenet.cn/blog-651374-1007788.html
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posted @ 2019-12-29 18:21
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摘要：NMDS分析，即非度量多维尺度分析(non-metric multidimensional scaling)是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。其基本特征是将对象间的相似性或相异性数据看成点间距离的单调函数，在保持原始数
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posted @ 2019-12-29 18:20
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摘要：一、层次聚类法层次聚类法。先计算样本之间的距离。每次将距离最近的点合并到同一个类。然后，再计算类与类之间的距离，将距离最近的类合并为一个大类。不停的合并，直到合成了一个类。其中类与类的距离的计算方法有：最短距离法，最长距离法，中间距离法，类平均法等。比如最短距离法，将类与类的距离定义为类与类之间样本
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posted @ 2019-12-29 11:13
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摘要：http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1169075.html http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=651374&do=blog&quickforward=1&id=1007083 http://b
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posted @ 2019-12-29 11:01
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摘要：http://www.itkeyword.com/doc/2888462137359602x551/r-hclust-height-of-final-merge http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1175517.html
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posted @ 2019-12-28 10:51
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摘要：https://www.cnblogs.com/nxld/p/6095689.html https://www.cnblogs.com/li-20151130/p/9390730.html 1、使用基础包，使用函数pdf()输出 在使用pdf()函数时，要输出中文，只有一种字体可选。例子： pdf(
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posted @ 2019-12-28 10:47
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摘要：https://blog.csdn.net/w7913766/article/details/80234939
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posted @ 2019-12-27 16:40
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摘要：install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ggtree")library(ggtree)
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posted @ 2019-12-27 10:00
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摘要：R 中Cluster包总结 1. 怎样快速入门一个R包 这两天查看了十几个R包，也算是对看R入门一个R包有一些经验了把～ 所有的R包都附带一个manual（有些R包还会有一个小manual，做简介用，那就更好了）。把manual下下来，看看它的最前面有没有一个对整个包general的介绍，如果有，那
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posted @ 2019-12-26 20:17
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摘要：https://www.r-bloggers.com/hierarchical-clustering-in-r-2/
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posted @ 2019-12-26 20:12
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摘要：Beta多样性和生态相似性 Beta多样性（β多样性，Beta diversity），即在一个梯度上从一个生境到另一个生境所发生的种的多样性变化的速率和范围，它是研究群落之间的种多度关系。Beta多样性本身代表了一个复杂的问题，可以被视为物种更替（物种沿空间、时间或环境梯度的定向过程）或物种组成的差
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posted @ 2019-12-26 19:57
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摘要：PCA 分析(Principal Component Analysis)，即主成分分析，是一种对数据进行简化分析的技术，这种方法可以有效的找出数据中最“主要”的元素和结构，去除噪音和冗余，将原有的复杂数据降维，揭示隐藏在复杂数据背后的简单结构。其优点是简单且无参数限制。通过分析不同样品OTU（97%
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posted @ 2019-12-26 19:33
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摘要：层次聚类，基于指定的相似度或距离定义计算出类之间距离，再进行聚类 距离算法很多，得看是否适用于生态学 下面链接对多种距离的解释 https://blog.csdn.net/enyayang/article/details/101537751 样本间距离是指样本之间的相似程度，可以通过数学方法估算。样
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posted @ 2019-12-26 19:05
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摘要：https://mothur.org/wiki/Unifrac.unweighted The unifrac.unweighted comand implements the unweighted UniFrac algorithm. The unifrac.weighted command imp
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posted @ 2019-12-26 10:55
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摘要：(un)Weighted UniFrac 分析 UniFrac分析利用各样品序列间的进化信息来比较环境样品在特定的进化谱系中是否有显著的微生物群落差异。 UniFrac 可用于beta 多样性的评估分析，即对样品两两之间进行比较分析，得到样品间的unifrac距离矩阵。其计算方法为：首先利用来自不同
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posted @ 2019-12-26 10:20
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摘要：Visualizing Dendrograms in R by: Gaston Sanchez Dendro…what? A dendrogram is the fancy word that we use to name a tree diagram to display the groups f
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posted @ 2019-12-26 08:56
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摘要：TBtool热图相关选项 距离（distance）：pearsonDist、pearsonCor、Euclidean 聚类（cluster）：Single-linkage、Complete-linkage、Group average、median Hierarchical clustering ht
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posted @ 2019-12-25 21:43
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摘要：https://blog.csdn.net/weixin_45148953/article/details/100140334 U盘UEFI安装系统: https://post.smzdm.com/p/az50o2nr/ 当我们用U盘安装Windows系统时,必要了解区分它的启动方式,否则将发生安装
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posted @ 2019-12-24 17:02
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摘要：对样品OUT抽平是为了让各样品的序列数保持一致,便于在同一标准上对各样品进行Alpha多样性分析等,保证有可比性。 Diversity parameters were estimated from OTU and functional gene matrices that were rarefied
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posted @ 2019-12-24 09:15
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摘要：http://www.360doc.com/content/17/0602/09/19913717_659210344.shtml https://www.jianshu.com/p/e93b0e45cfd4 https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/deta
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posted @ 2019-12-21 16:47
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摘要：知网、百度学术 web of science researchgate springer pubmed: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 找相似文献（发表时间）
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posted @ 2019-12-21 15:32
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摘要：Qiime Python assign_taxonomy.py -m 分类注释算法，rdp, blast,rtax, mothur, uclust, sortmerna可选其中之一，默认uclust Sample Assignment with BLAST Taxonomy assignments
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posted @ 2019-12-19 22:05
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摘要：https://www.sohu.com/a/156302735_785442 OTU定义 OTU（Operational Taxonomic Units），即操作分类单元。通过一定的距离度量方法计算两两不同序列之间的距离度量或相似性，继而设置特定的分类阈值，获得同一阈值下的距离矩阵，进行聚类操作，
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posted @ 2019-12-17 09:47
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