10 2018 档案

py-统计一个矩阵中每一列的非0数的个数
摘要：1.文件类型类似于这样： 不过数据量比这个要更大一点。 2.对应上述数据的运行结果： //其中学到了不少东西。 运行结果： 1.如何按行读取文件并且存储到list中 2.如何创建一个指定长度和初值的list 3.从文件中读取的行进行split之后仍然是str类型的 4.如何画折线图进行巩固 5.其中 阅读全文
posted @ 2018-10-31 16:31 lypbendlf 阅读(911) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1125 Chain the Ropes[一般]
摘要：Given some segments of rope, you are supposed to chain them into one rope. Each time you may only fold two segments into loops and chain them into one 阅读全文
posted @ 2018-10-30 13:10 lypbendlf 阅读(174) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1146 Topological Order[难]
摘要：This is a problem given in the Graduate Entrance Exam in 2018: Which of the following is NOT a topological order obtained from the given directed grap 阅读全文
posted @ 2018-10-29 20:52 lypbendlf 阅读(404) 评论(0) 推荐(0)
用tophat和cufflinks分析RNAseq数据[转载]
摘要：转自：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=635619&do=blog&id=884213 //今天看到一篇非常好的讲解RNA-seq的文章，mark一下。 1.基本步骤 RNAseq分析大致分下面几个步骤： ①首先要把测到的序列map到 阅读全文
posted @ 2018-10-29 20:19 lypbendlf 阅读(438) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1130 Infix Expression[难][dfs]
摘要：Given a syntax tree (binary), you are supposed to output the corresponding infix expression, with parentheses reflecting the precedences of the operat 阅读全文
posted @ 2018-10-29 15:48 lypbendlf 阅读(148) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1118 Birds in Forest [一般]
摘要：Some scientists took pictures of thousands of birds in a forest. Assume that all the birds appear in the same picture belong to the same tree. You are 阅读全文
posted @ 2018-10-29 15:07 lypbendlf 阅读(167) 评论(0) 推荐(0)
生信-cufflinks输入输出文件分析
摘要：转自：https://wenku.baidu.com/view/8d6a95d20d22590102020740be1e650e52eacf2a.html 输出包含3个文件：转录组的组装.gtf 转录本表达水平.fpkm_tracking 基因表达水平.fpkm_tracking 1.转录组的组装. 阅读全文
posted @ 2018-10-29 11:44 lypbendlf 阅读(1108) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1121 Damn Single[简单]
摘要："Damn Single (单身狗)" is the Chinese nickname for someone who is being single. You are supposed to find those who are alone in a big party, so they can 阅读全文
posted @ 2018-10-27 20:08 lypbendlf 阅读(247) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1049 Counting Ones [难]
摘要：The task is simple: given any positive integer N, you are supposed to count the total number of 1's in the decimal form of the integers from 1 to N. F 阅读全文
posted @ 2018-10-27 19:29 lypbendlf 阅读(151) 评论(0) 推荐(0)
NGS中的一些软件功能介绍
摘要：1.bowtie 短序列比对工具，blast也是短序列比对工具，速度快，结果易理解。 输入可以是fastq或者fasta文件。 生成比对结果文件sam格式的吧。 2.bwa 转自:https://www.jianshu.com/p/1552cc6ac3be 将DNA序列比对到参考基因组上的软件，包含 阅读全文
posted @ 2018-10-26 21:23 lypbendlf 阅读(751) 评论(0) 推荐(0)
我的第一次NGS分析操作
摘要：部分参考自：生物信息学100个基础问题 —— 番外2: 用Anaconda快速搭建生物信息学分析平台 - 孟浩巍的文章 - 知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/p/35711429 1.首先将别的文件夹下的fastq.gz文件复制到我的文件夹下，首先进入到要复制的文件目录下： 阅读全文
posted @ 2018-10-25 21:31 lypbendlf 阅读(972) 评论(0) 推荐(0)
1141 PAT Ranking of Institutions[难]
摘要：1141 PAT Ranking of Institutions （25 分） After each PAT, the PAT Center will announce the ranking of institutions based on their students' performances 阅读全文
posted @ 2018-10-25 09:28 lypbendlf 阅读(148) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1120 Friend Numbers[简单]
摘要：Two integers are called "friend numbers" if they share the same sum of their digits, and the sum is their "friend ID". For example, 123 and 51 are fri 阅读全文
posted @ 2018-10-24 08:52 lypbendlf 阅读(129) 评论(0) 推荐(0)
BioinfomaticsPPT-1-Introduction
摘要：1.人类基因基础 2.基因组规模 3.基因分化表达 4.遗传信息流 5.基因基础知识相关 6.遗传编码 7.序列比对的意义 8. 阅读全文
posted @ 2018-10-23 19:23 lypbendlf 阅读(169) 评论(0) 推荐(0)
生信中不认识的专业单词
摘要：//在看PPT的过程当中，真的发现了一个问题，就是很多专业单词不认识，查了好几遍还是不认识，所以就做一个总结吧，目的是经常复习一下下~~~ 1-10第一单元 1.ribosome ['raɪbəsoʊm] 核糖体 2.eukaryotic [ukeəri'ɒtɪk] 真核状态的 3.cytoplas 阅读全文
posted @ 2018-10-22 20:57 lypbendlf 阅读(673) 评论(0) 推荐(0)
知乎Live总结-重复nature文章笔记Single-cell
摘要：来自知乎Live-孟浩巍 1.文章重要技术及图讲解 首先在转录组RNA-seq中，有基因表达差异、基因融合、可变剪切、RNA单点突变。 在基因组中，单点变异、结构变异，CNV变异（拷贝数变异） 三类基本内容，主要是RNA-seq的分析。 从生物水平角度理解肺癌，掌握RNA-seq的建库流程 ，单细胞 阅读全文
posted @ 2018-10-22 00:21 lypbendlf 阅读(1319) 评论(0) 推荐(0)
shell学习
摘要：转自：https://www.cnblogs.com/cisum/p/8010658.html 1.传递参数 直接使用$0,$1,$2,$3 $0是脚本的名字，就是按顺序来 #!/bin/bash # author:菜鸟教程 # url:www.runoob.com echo "Shell 传递参数 阅读全文
posted @ 2018-10-21 19:30 lypbendlf 阅读(484) 评论(0) 推荐(0)
ngs中reads mapping-pku的生信课程
摘要：4.NGS中的reads mapping 顾名思义，就是将测序的得到的DNA定位在基因组上。 因为二代测序的得到的序列是较短的，reads mapping很好地解决了这个问题。 本质上reads mapping是一个双序列比对问题，但和之前讲的NW和SW的不一样，后者适用于两者长度相差不大的。 现在 阅读全文
posted @ 2018-10-20 11:13 lypbendlf 阅读(3181) 评论(0) 推荐(0)
一次rna-seq的过程-知乎live转
摘要：数据分析流程 来自知乎孟浩巍的“快速入门生物信息学的”Live 1.数据质控 首先是质控部分，使用fastqc进行对结果分析。 对于Illumia二代测序的结果质控包括两个方面，去掉测序质量不好的序列，即Quality Control；二是需要去掉连在玻璃上的短的接头，cut adaptor。 -t 阅读全文
posted @ 2018-10-20 11:12 lypbendlf 阅读(1545) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1095 Cars on Campus
摘要：Zhejiang University has 8 campuses and a lot of gates. From each gate we can collect the in/out times and the plate numbers of the cars crossing the g 阅读全文
posted @ 2018-10-16 23:36 lypbendlf 阅读(255) 评论(0) 推荐(0)
win10下的linux一些问题
摘要：1.文件位置在： C:\Users\用户名\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.UbuntuonWindows_79rhkp1fndgsc\LocalState\rootfs 2.将路径加到其中： echo "export PATH=/home/ 阅读全文
posted @ 2018-10-16 14:38 lypbendlf 阅读(264) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1047 Student List for Course[一般]
摘要：Zhejiang University has 40,000 students and provides 2,500 courses. Now given the registered course list of each student, you are supposed to output t 阅读全文
posted @ 2018-10-15 10:33 lypbendlf 阅读(280) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1071 Speech Patterns[一般]
摘要：People often have a preference among synonyms of the same word. For example, some may prefer "the police", while others may prefer "the cops". Analyzi 阅读全文
posted @ 2018-10-14 08:49 lypbendlf 阅读(164) 评论(0) 推荐(0)
Linux入门-教学视频学习笔记
摘要：视频地址：https://www.bilibili.com/video/av18156598 1.sudo权限 比如说关机、重启、添加其他用户。 2.Shell是什么？ 这是一个结构图，比如在外层应用程序输入ls，内核是无法识别的，内核只能识别机器语言，然后操作硬件去处理。 Shell就是负责把命令 阅读全文
posted @ 2018-10-13 20:33 lypbendlf 阅读(140) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1085 Perfect Sequence[难]
摘要：Given a sequence of positive integers and another positive integer p. The sequence is said to be a perfect sequence if M≤m×p where M and m are the max 阅读全文
posted @ 2018-10-13 08:39 lypbendlf 阅读(219) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1035 Password [字符串][简单]
摘要：To prepare for PAT, the judge sometimes has to generate random passwords for the users. The problem is that there are always some confusing passwords 阅读全文
posted @ 2018-10-12 09:39 lypbendlf 阅读(194) 评论(0) 推荐(0)
生信学习-二代测序知乎专栏总结[转]
摘要：转自：https://zhuanlan.zhihu.com/p/20702684 1.基本概念 flowcell 是指Illumina测序时，测序反应发生的位置，1个flowcell含有8条lane lane 每一个flowcell上都有8条泳道，用于测序反应，可以添加试剂，洗脱等等 tile 每一 阅读全文
posted @ 2018-10-11 22:56 lypbendlf 阅读(2995) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1119 Pre- and Post-order Traversals [二叉树遍历][难]
摘要：Suppose that all the keys in a binary tree are distinct positive integers. A unique binary tree can be determined by a given pair of postorder and ino 阅读全文
posted @ 2018-10-11 09:41 lypbendlf 阅读(185) 评论(0) 推荐(0)
生信笔记-mooc【武大】
摘要：.DNA拓扑学 在拓扑结构的限制下，DNA进行复制等过程。还有连环数=扭转数+缠绕数。 2.拓扑异构酶 DNA变性破坏了两条链之间碱基形成的氢键。和拓扑异构酶是不同的。 3.RNA的组成和结构特点 RNA的生物学功能。 4.DNA复制叉 复制只能由5'端到3'端（磷酸->五碳糖），DNA新链的起始需 阅读全文
posted @ 2018-10-10 19:15 lypbendlf 阅读(876) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1081 Rational Sum[分子求和][比较]
摘要：Given N rational numbers in the form numerator/denominator, you are supposed to calculate their sum. Input Specification: Each input file contains one 阅读全文
posted @ 2018-10-10 09:01 lypbendlf 阅读(315) 评论(0) 推荐(0)
PAT 1126 Eulerian Path[欧拉路][比较]
摘要：In graph theory, an Eulerian path is a path in a graph which visits every edge exactly once. Similarly, an Eulerian circuit is an Eulerian path which 阅读全文
posted @ 2018-10-09 11:39 lypbendlf 阅读(227) 评论(0) 推荐(0)
python读取/写入文件
摘要：《Python编程：从入门到实践》读书笔记 1.读取文件并且对文件内容进行打印有三种方式： 1）读取之后使用for循环遍历文件对象 进行打印 2)直接读取文件对象打印。 3)将文件内容存到列表里，在with代码块外打印。（需要遍历列表，rstrip方法是字符串的，不是列表的。） 2.将内容写入到文件 阅读全文
posted @ 2018-10-06 21:46 lypbendlf 阅读(220) 评论(0) 推荐(0)
生信慕课-序列比较笔记
摘要：来自：中国大学mooc-山东大学 生物信息学 课程 1.什么是序列？ 序列就是字符串。 s就是一个序列。（原来序列是这么简单的，听着太高大上了） 蛋白质序列：由20个不同的字母（氨基酸）排列组合而成。 核酸序列：由4个不同的字母（碱基，ATCGU）排列组合而成，包括DNA序列和RNA序列。 FAST 阅读全文
posted @ 2018-10-05 22:58 lypbendlf 阅读(4721) 评论(0) 推荐(1)
Boinformatics-2018-10-1-目录
摘要：1.基因分析 --Using standard microbiome reference groups to simplify beta-diversity analyses and facilitate independent validation --Grouper: graph-based c 阅读全文
posted @ 2018-10-05 20:30 lypbendlf 阅读(166) 评论(0) 推荐(0)