摘要: 注:这几个名词是RNA-Seq数据分析中的基础,在此小结一下。 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行标准化(normalization)是一个极其重要的步骤,因为落在一个基因区域內的read counts数目取决于基因长度和测序深度。很容易理解:一个基因越长、测序 阅读全文
posted @ 2020-07-06 15:38 昕-2008 阅读(5577) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 注:在很长一段时间,MNIST数据集都是机器学习界很多分类算法的benchmark,这个数据集被Hinton称为机器学习界的果蝇(学生物的同学应该都知道果蝇这种模式生物对生物学研究的重要性)。初学深度学习,在这个数据集上训练一个有效的卷积神经网络就相当于学习编程的时候打印出一行“Hello Worl 阅读全文
posted @ 2019-04-20 20:51 昕-2008 阅读(7209) 评论(2) 推荐(1) 编辑
摘要: 注:因为毕业论文需要用到相关知识,借着 TF 2.0 发布的时机,重新捡起深度学习。在此,也推荐一下优达学城与 TensorFlow 合作发布的TF 2.0入门课程,下面的例子就来自该课程。 原文发布于博客园:https://www.cnblogs.com/Belter/p/10626418.htm 阅读全文
posted @ 2019-03-30 18:30 昕-2008 阅读(4709) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 注:从进入生信领域到现在,已经过去快8年了。生物信息学包含了我最喜欢的三门学科:生物学、计算机科学和数学。但是如果突然问起,什么是生物信息学,我还是无法给出一个让自己满意的答案。于是便有了这篇博客。 起源 据说在1970年,荷兰科学家Paulien Hogeweg和Ben Hesper最早在荷兰语中 阅读全文
posted @ 2019-02-22 20:44 昕-2008 阅读(3467) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 注:自从开始使用docker,部署方面的事情就简单多了。使用docker构建的数据库容器不用直接安装,开启后就可以使用,也比以前方便很多。下面将一些要点记录下来。 下面的例子使用以下环境: - 系统(即host):CentOS Linux release 7.4.1708 - docker:Dock 阅读全文
posted @ 2018-12-25 21:42 昕-2008 阅读(2894) 评论(0) 推荐(2) 编辑
摘要: 注:早在学习《云计算》这门课之前就已经知道docker,学习这门课时老师还鼓励我们自己尝试一下;但是直到去年年底才有机会尝试,用过之后感觉确实很好用。最近需要部署几个shiny应用,又回顾了一下,并记录与此。 1. 初识docker 最开始听说docker,就知道可以使用docker来部署应用,相对 阅读全文
posted @ 2018-11-30 20:36 昕-2008 阅读(1927) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 注:很早之前就打算专门写一篇与Python数据可视化相关的博客,对一些基本概念和常用技巧做一个小结。今天终于有时间来完成这个计划了! 0. Python中常用的可视化工具 Python在数据科学中的地位,不仅仅是因为numpy, scipy, pandas, scikit-learn这些高效易用、接 阅读全文
posted @ 2018-09-30 22:50 昕-2008 阅读(2558) 评论(1) 推荐(1) 编辑
摘要: 注:终于写到最激动人心的部分了。假设检验应该是统计学中应用最广泛的数据分析方法,其中像"P值"、"t检验"、"F检验"这些如雷贯耳的名词都来自假设检验这一部分。我自己刚开进入生物信息学领域,用的最多的就是"利用t检验来判断某个基因在实验组和对照组中表达量的差异是否显著"。此外,对"P值"真正含义的探 阅读全文
posted @ 2018-08-18 18:17 昕-2008 阅读(2292) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 注:区间估计是除点估计之外的另一类参数估计。相对于点估计只给出一个具体的数值,区间估计能够给出一个估计的范围。 0. 点估计 vs 区间估计 根据具体样本观察值,点估计提供了一个明确的数值。但是这种判断的把握有多大,点估计本身并没有给出。区间估计就是为了弥补点估计的这种不足而提出来的。 相同点: 都 阅读全文
posted @ 2018-07-16 22:47 昕-2008 阅读(6766) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 注:无论是任何一门语言,刚开始入门的时候,语言运行环境的搭建都是一件不轻松的事情。 Python的运行环境 要运行或写Python代码,就需要Python的运行环境,主要的Python有以下三类: 原生态的Python:就是直接从Python的官网下载,然后安装使用。这类方法最简单直接,但是后期不容 阅读全文
posted @ 2018-06-29 19:07 昕-2008 阅读(2148) 评论(0) 推荐(1) 编辑