04 2021 档案

摘要：事情是这样的，刚开始接触GWAS就一定会接触到数据质量控制这个东西。我们可以看到网络上各种各样的指导，都是分为individual quality control and snp quanlity control。具体哪个优先，各有各的说法。结合陈文燕博主给的建议，主流行还是先进行individua 阅读全文

摘要：今天碰到一个问题，就是从UK biobank下载下来的gwas result file是filename.tsv.bgz格式。这东西需要解压才能阅历，可是用zip或者rar都是搞不定，网上搜了一圈，说用zcat解压，可是找不到zcat。于是就上Google上面搜了一圈，尝试了用R语言的R.utils 阅读全文

摘要：我们做完GWAS的关联分析后需要查看显著性SNP在我们数据中的频率分布情况。这时候我们需要用到plink和我们做关系分析所用的二进制文件datas. 第一步，我们用R语言读取分析结果，即*.assoc文件，按P值倒序排列，即出现上图的结果。 第二步，查看单个SNP位点（即上述结果中的kgp43825 阅读全文

摘要：首先在这里先感谢我们【Bio生信学习交流群】的群友和创建此群的群主【陈博士后】。 今天解决的问题是怎么查看自己的基因组数据是哪个Genome Reference Versions。 步骤： 第一步，打开你的基因组数据bim文件（Plink格式），随便找一个SNP，如下图。 第二步，复制选中位点的rs 阅读全文