【R作图】lattice包，画多个分布柱形图，hist图纵轴转换为百分比
摘要：一开始用lattice包，感觉在多元数据的可视化方面，确实做得非常好。各种函数，可以实现任何想要实现的展示。 barchart(y ~ x)y对x的直方图bwplot(y ~ x)盒形图densityplot(~ x)密度函数图dotplot(y ~ x)Cleveland点图(逐行逐列累加图)histogram(~ x)x的频率直方图qqmath(~ x)x的关于某理论分布的分位数-分位数图stripplot(y ~ x)一维图，x必须是数值型，y可以是因子qq(y ~ x)比较两个分布的分位数，x必须是数值型，y可以是数值型，字符型，或者因子，但是必须有两个"水平"xy
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2014-03-26 15:22
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【R作图】蜜蜂群图beeswarm和jitter的使用
摘要：最近经常要画好看的盒形图，还要在上面加入散点，所以总结了两个方法。第一种方法是，利用beeswarm函数：library(beeswarm) beeswarm 蜜蜂群图http://rgm3.lab.nig.ac.jp/RGM/r_function?p=beeswarm&f=beeswarm可以结合盒形图展示。有多种布局方法method = c("swarm", "center", "hex", "square")，通过spacing = 1来控制点的密集程度另一个方法是，利用jitter函数加入随机波动：
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2014-03-26 11:12
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【R】R语言常用函数
摘要：R语言常用函数基本一、数据管理vector：向量 numeric：数值型向量 logical：逻辑型向量character；字符型向量 list：列表 data.frame：数据框c：连接为向量或列表 length：求长度 subset：求子集seq，from:to，sequence：等差序列rep：重复 NA：缺失值 NULL：空对象sort，order，unique，rev：排序unlist：展平列表attr，attributes：对象属性mode，typeof：对象存储模式与类型names：对象的名字属性二、字符串处理character：字符型向量 nchar：字符数 substr：取子
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2014-01-28 17:12
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【R】多元线性回归（拟合）
摘要：R实现多元线性回归，主要利用的就是lm()函数熟悉其他统计回归量的函数，对做回归分析也是很有帮助的。anova(m)： ANOVA表coefficients(m)： 模型的系数coef(m)： 跟coefficients(m)一样confint(m)： 回归系数的置信区间deviance(m)： 残差平方和effects(m)： 正交效应向量（Vector of orthogonal effects ）fitted(m)： 拟合的Y值向量Vector of fitted y valuesresiduals(m)： 模型残差Model residualsresid(m)： 跟residuals(
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2013-04-19 10:28
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【R作图】在R中绘制韦恩图的几种方法 和 一些漂亮的venn图
摘要：使用limma包1234567891011121314#安装limma包#source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")#biocLite("limma")#载入limma包library(limma)hsb2 《- read.table("http://www.ats.ucla.edu/stat/R/notes/hsb2.csv", sep=',', header=T)attach(hsb2)hw 《- (write《=60)hm 《- (math 《=60)hr 《
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2013-03-25 13:45
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一些R函数【自己使用过，保存】
摘要：1. library(plotrix) axis.break() 为图形添加断轴2. library(beeswarm) beeswarm 蜜蜂群图http://rgm3.lab.nig.ac.jp/RGM/r_function?p=beeswarm&f=beeswarm可以结合盒形图展示。...
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2013-03-01 16:52
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【R】 如何获取对象中的变量
摘要：结合class, mode和str三个命令，可以非常有效对数据结构进行探索
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2013-01-24 17:47
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【R】大型机Linux系统安装R及bsub提交R任务
摘要：linux系统的大型机上安装R需要在大型机上编译安装R，大型机上操作系统是CentOS 5.4。实际上，参考文献2已经非常详细地列出了如何在linux操作系统上安装R。之所要要写这篇博文，是因为我们现在面临这样一个问题：如果大型机不能从网络直接下载R，而且大型机上的R久久不得更新，同时大型机的管理员不愿意更新R？安装具体步骤：1 在CRAN上下载最新R版本的源代码，即文件以.tar.gz结尾2 解压文件 tar -zxvf R-*（“R-*是R的具体版本文件信息”）并进入解压文件夹3 注意查看“INSTALL”文件，这个文件简要介绍了安装步骤。之后，configure./configure -
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2013-01-08 17:21
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【R】Linux安装R语言包(Installing R packages on Linux)
摘要：有关install.packages()函数的详见：R包 package 的安装（install.packages函数详解）R的包（package）通常有两种：1 binary package：这种包属于即得即用型（ready-to-use），但是依赖与平台，即Win和Linux平台下不同。2 Source package: 此类包可以跨平台使用，但用之前需要处理或者编译（compiled）。以下一些常用的包相关的函数：.libPaths()：查看包的安装目录library()：查看已经安装的包目录library(mypackage)：载入mypackage包getOption("d
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2013-01-08 17:06
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【R作图】如何画带标准差的柱状图
摘要：画带标准差的柱状图，除了barplot之外，还需要用到Hmisc包中的errbar。x=read.table("correlation_coefficient_inter-class")y=read.table("correlation_coefficient_between-class")inter=mean(x[,1])between=mean(y[,1])y_mean=cbind(inter,between)mp=barplot(y_mean,ylim=c(0,1), col = c(rgb(216,179,101,maxColorValue=25
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2012-12-25 11:02
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【R作图】如何避免图例显示不完全
摘要：用R作图的时候（PCA，热图，之类的），经常会遇到需要自行添加图例的情况。这时候我们经常会使用legend函数添加图例。如果自行设定图例的横纵坐标位置，则很难确定图例在图形中的位置，因为每个图的横纵坐标范围并不固定。总不能每个图都频繁调整，找到一个最佳的图例位置吧。（这图例就在中间，不好看）为了画图的简便，legend中位置参数可以使用一些词汇代替（如颜色的指定col=“red”一样，不一定要设定RGB值）The location may also be specified by setting x to a single keyword from the list "bottomr
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2012-12-20 14:48
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【R】Rcmdr包——山寨版的spss
摘要：安装Rcmdr Rcmdr被称作山寨版的spss安装rcmdr首先进入R，先在命令输入install.packages("Rcmdr") 运行 会自动提示并自动安装一些包成功后输入library(Rcmdr)运行，运行后源自：http://hi.baidu.com/df12ek/item/99ecc8bd6e588b432aebe351
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2012-11-07 16:45
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【R】R中的序列问题——待更新
摘要：R中处理一些序列1 筛选列表中特定的行==============================================================a================================3 按照某行/列排列某矩阵sort(x, decreasing = FALSE, ...)：将一个序列进行升序/降序order(..., na.last = TRUE, decreasing = FALSE)：sort()排序之后的序列按照order(升序或者降序）在原始序列中的位置。简而言之一句话“排序后的序列在原序列的位置”，这个函数在“按照下标访问元素”有着很大的
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2012-08-23 19:26
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【R】R中的一些循环——待更新
摘要：“如果你用R编写的程序很慢，请检查自己的循环。”嗯，不错，写了上句之后很有成就感。R中的一些预置循环函数，用起来那是相当的爽，来两个。1. apply()一句话“对行/列/每个单元进行操作”。这个就不说了嘛，太经典了，无数种超级用法。2 lapply(X, FUN, ...)一句话“对列表进行操作”。不是列表的，先转化为列表。至于data.frame，请注意，它也是一个列表，啊，啊！ sapply()，返回结果更好看些的lapply()========================================#formally using> a a name x1 x21 a 1
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2012-08-23 19:24
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【R语言】常用的字符串处理函数 【待更新】
摘要：1.#字符串连接：paste()#paste(...,sep="",collapse=NULL)#字符串分割：strsplit()#strsplit(x,split,extended=TRUE,fixed=FALSE,perl=FALSE)例如.strsplit('123abcdefgabcdef','ab')[[1]][1]"123""cdefg""cdef"#计算字符串的字符数：nchar()#字符串截取：substr(x,start,stop)substring(text,fi
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2012-07-18 16:59
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【R】R语言使用命令行参数 - [编程技巧(Program Skill)]
摘要：有时需要反复执行一段R代码，并使用不同得参数，可以将代码用文本编辑器写为R脚本(*.R)，在第一行加入Args <- commandArgs()然后通过Rscript *.R参数1参数2 ...执行脚本。脚本中Args[6]==参数1Args[7]==参数2...***********************************分割线**********************************输出commandArgs()可以看到前五个分别是：[1] "/opt/blc/genome/biosoft/R/lib64/R/bin/exec/R" #这个是R路
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2012-07-18 16:37
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【R作图】颜色的选取
摘要：R中作图是通过指定作图函数参数col项来完成的，例如：par(bg = "cornsilk")##给定作图背景颜色x=rnorm(1000)y=cumsum(x)plot(y,type="l",col="red",xlab="x series")col可以赋向量方法一：直接用color的名称，如：“red”，“green”，“black”。。。R中有657种颜色可以选择，可以通过函数colors()查看和使用。cl=colors()x=runif(10000,-250,250)hist(x,breaks=seq(-
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2012-06-13 16:24
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【R】R包 package 的安装（install.packages函数详解）
摘要：如何安装R语言包详见：Linux安装R语言包使用公共路径上的R软件，如何拥有自己的library：R中用.libPaths()函数查看lib路径，如果有多个lib,install.packages()默认是安装在第一个目录下修改.bashrc文件中R lib路径的环境变量export R_LIBS=/home/.../R/lib64/R/library，就能设定自己lib的默认目录，即使使用的R是别人安装的或是集体共用的，也能拥有自己的library需要注意的是，安装和执行R的包对R程序有版本要求，所以要求R版本要高一些。只允许高版本R使用低版本包，不允许低版本R使用高版本包install.p
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2012-06-13 15:17
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【R】数据导入读取read.table函数详解，如何读取不规则的数据（fill=T）
摘要：函数 read.table 是读取矩形格子状数据最为便利的方式。因为实际可能遇到的情况比较多，所以预设了一些函数。这些函数调用了 read.table 但改变了它的一些默认参数。 注意，read.table 不是一种有效地读大数值矩阵的方法：见下面的 scan 函数。 一些需要考虑到问题是： 编码问题 如果文件中包含非-ASCII字符字段，要确保以正确的编码方式读取。这是在UTF-8的本地系统里面读取Latin-1文件的一个主要问题。此时，可以如下处理 read.table(file("file.dat", encoding="latin1")) 注意，
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2012-06-06 15:28
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【R】关于用plot把多组数据画在同一个图的问题
摘要：方法一：par(new=TRUE)这样两次plot的图形就会叠加在一起，但要注意坐标点交错重叠的问题。两次的图形应该设置横纵坐标一致。例如：> plot(1:10, 1:10, ylim=c(0,15))> par(new=TRUE)> plot(1:10, 2:11, ylim=c(0,15)) ps：在第二个图plot()里设置参数axes = FALSE,xlab = "", ylab = "", 就不画坐标轴和标签了方法二：利用points()、lines()等低级绘图函数>plot(1:10, 1:10)>line
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2012-06-06 15:01
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