摘要: (摘自以下内容) 下边我们做几组测试,并对比计算速度:(采用同一个模型,所含原子数:19144(算挺得多了),所用服务器总核数仅为40个核,当前还剩下16个核的空间(已用24个核)) 4个核——未超负荷运行100%情况下——1天能跑0.488 ns=488 ps 26个核——超负荷10个核运行——1 阅读全文
posted @ 2023-05-08 13:52 一棵开花的树sysu 阅读(1836) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: LAMMPS之约束方法(转摘):https://mp.weixin.qq.com/s/xvNgzzbpfRfOludj1BZjuQ 阅读全文
posted @ 2023-05-05 22:20 一棵开花的树sysu 阅读(340) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1.7个晶体数据库下载cif文件的介绍——摘自:https://mbd.baidu.com/ug_share/mbox/4a83aa9e65/share?product=smartapp&tk=b345140e38a063d8d34015a16117c5d1&share_url=https%3A%2 阅读全文
posted @ 2023-04-26 15:07 一棵开花的树sysu 阅读(993) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1.常见冰的晶体结构及其cif文件,转摘自:http://jerkwin.github.io/2013/12/01/%E5%B8%B8%E8%A7%81%E5%86%B0%E7%9A%84%E6%99%B6%E4%BD%93%E7%BB%93%E6%9E%84%E5%8F%8A%E5%85%B6ci 阅读全文
posted @ 2023-04-25 23:08 一棵开花的树sysu 阅读(241) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1.安装:自己去Sublime Text官网下载安装包,自行安装即可。https://onebox.mydown.com/soft/41/473305041.shtml?f=360box_65490 2.安装之后,脚本中如何显示中文? 安装后,一开始可能不能识别中文,需要我们自己设置,可参考:htt 阅读全文
posted @ 2023-04-21 10:40 一棵开花的树sysu 阅读(227) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1.视频教程:https://mp.weixin.qq.com/s/Uh6rlT2IeLXDbLCkihdm1A 2.知乎:https://zhuanlan.zhihu.com/p/398515892?utm_source=wechat_session&utm_medium=social&s_r=0 阅读全文
posted @ 2023-04-20 18:27 一棵开花的树sysu 阅读(141) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 一、参考资料: 1. lammps已跑完,不想重跑,如何补充新的计算 (来自小马老师,https://mp.weixin.qq.com/s/pDWaxcdq75hmMOdbG9hSNQ ) 2.lammps通过rerun进行rdf分析,来自: https://zhuanlan.zhihu.com/p 阅读全文
posted @ 2023-04-19 11:38 一棵开花的树sysu 阅读(2126) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要: 转摘自:https://mp.weixin.qq.com/s/MWP5gTlnNSk-_CcScndJVQ 阅读全文
posted @ 2023-04-10 10:09 一棵开花的树sysu 阅读(38) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 一、如果是在lammps跑计算之前,就考虑通过VMD来统计氢键,可以参照该链接 https://mp.weixin.qq.com/s/N2oqppbga00T4sN0ehu_7g,更加方便。 二、本内容主要讨论的是,已经跑完了计算,目前只有轨迹文件,而没有提前设置好元素类型(没有xyz文件),可以参 阅读全文
posted @ 2022-12-26 16:18 一棵开花的树sysu 阅读(3384) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 1.摘自:https://jerkwin.github.io/2016/12/31/GROMACS%E5%92%8CVMD%E4%B8%AD%E7%9A%84%E6%B0%A2%E9%94%AE%E5%88%A4%E5%AE%9A%E6%A0%87%E5%87%86/ https://mp.weix 阅读全文
posted @ 2022-12-26 11:59 一棵开花的树sysu 阅读(819) 评论(0) 推荐(0) 编辑