MrBayes v3.2 for windows 并行版下载及 checkpoint 功能介绍

 (作者：玛瑙河，转载请注明作者或出处，)　

　　更新记录:

　　2010.06.23 svn r80

　　2010.06.13 svn r78

　　2010.06.01 svn r76

     

     MrBayes 3.2版中加入了checkpoint功能，即可以保存检查点，在由于意外事件重启后仍可以从检查点处继续运行，以免白费功夫。

　　另外MrBays也支持并行计算，可以充分利用多核计算机乃至网络集群的计算能力，大大缩短计算时间。 并行版的效率相当不错。在我的双核(T7400)笔记本上，运行MrBayes examples目录中的脚本model_test.nex，并行版耗时13分半钟，非并行版耗时21分半钟；与非并行版相比，并行版效率提高了37%。在4核羿龙940上，运行时间比非并行版约缩短了2/3 。

　　本人编译了 MrBayes v3.2 32位并行版及单机版(下载)供大家使用，下面是安装及使用方法： 

1. 以系统管理员身份安装MPICH2运行时。

　　并行版的MrBayes需要MPICH2运行时的支持。如果系统中已经安装了老于1.2.1p1版本的MPICH2，请将其卸除。(如果您安装了POY，请到POY安装目录下执行uninstall_mpi.bat) 。并行版的 MrBayes依赖于1.2.1p1版的MPICH2运行时，MPICH2运行时官网下载地址为：
http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/tarballs/1.2.1p1/mpich2-1.2.1p1-win-ia32.msi

　　下载后以系统管理员身份将其安装到某个目录，默认将安装到 C:\Program Files\MPICH2\, 你也可以安装到别的地方，如 C:\mpich2\。注意以系统管理员身份安装很重要，否则安装后不能正常使用。安装过程中会要求设置一个密码，请记住该密码，在以后会用得上(如果在集群上配置MPICH2，则在每台机器上都应用相同的密码安装）。当需要您选择为哪个用户安装时，最好选择“for Everyone"。如果安装成功，系统服务中会增加一个“MPICHE Process Manager”的服务。安装过程及以后运行mb的过程中如遇到防火墙警告，请选择同意。并行版的mrbayes需要通过网络端口实现进程通讯，如果被防火墙阻断则将不能正常运行。在vista/win7下如果遇到安装后不能正常运行并行版的MrBayes的问题，说明MPICH2没能正常安装，可以以管理员身份打开一个命令行窗口，在命令行中运行 mpich2-1.2.1p1-win-ia32.msi ，应当可以解决问题。

2.下载本人编译的MrBayes 3.2 并行版 (本人将根据源码库更新情况随时更新）

　　下载地址： https://files.cnblogs.com/agateriver/mrbayes_3.2_for_Windows_%E5%B9%B6%E8%A1%8C%E7%89%88.7z 

　　将其中的并行版解压到某个目录，比如C:\mrbayes_3.2\。(解压时请使用支持7zip压缩格式的解压缩软件如7-Zip/winrar等)

3. 运行并行版的mb

　　下面只讲如何在多核的单机上运行。

　　打开命令行窗口。假设你的CPU有4个核，工作目录在c:\workdir，则根据下述情况输入相应的命令运行并行版的mb（其间如果需要账户名和密码，请输入您当前登录的账户名和密码，注意此密码与前面安装MPICH2时输入的密码不是一回事）：

a. 交互式运行 

1 cd c:\workdir
2 "C:\Program Files\MPICH2\bin\mpiexec" -n 4 C:\mrbayes_3.2\mb.exe

b. 运行脚本 

　　如果用mb直接执行一个MrBayes脚本(假设这个脚本就是c:\workdir\demo.nex)，则用如下命令：

1 cd c:\workdir
2 "C:\Program Files\MPICH2\bin\mpiexec" -n 4 C:\mrbayes_3.2\mb.exe demo.nex

 

4. 如果您想多机并行 MrBayes ，请网上搜索 MPICH2  windows 版的相关使用教程。 

 

关于3.2版的checkpoint功能

　　MrBayes通过mcmc命令中的三个参数checkpoint、checkfreq、append来控制检查点的保存。具体大家可以在MrBayes中输入"help mcmc"命令然后查看"checkpoint"和"checkfreq"等节的说明：

   Checkpoint   -- 如果这个参数被设为 Yes（默认为Yes)，则每隔Checkfreq参数所指定的代数，所有链的当前参数值都会被输出到检查点文件保存。检查点文件名形如 .ckp，当你重启分析时，分析过程可以从这个文件最后所记录的检查点的状态开始，而不必从头开始进行。这个功能的好处有二：第一就是延长分析过程，比如在设定的代数跑完以后你发现代数还不足够，需要继续；第二就是避免因硬件故障或其它不可控原因宕机而导致的风险，试想你运行了一个月，眼看就要出结果了，却碰上断电事故（很不幸笔者前不久就碰上了)，如果没有检查点功能，恐怕眼睛都得急的蹦出来。

   Checkfreq    -- 保存检查点的频率，就是每隔多少代保存一次，默认100000。

   Append       -- 是否从最后保存检查点继续运行分析。

 

下面是一个Mrbayes脚本:

1 begin mrbayes;
2 exec example.nex;
3 lset nst=6 rates=invgamma;
4 mcmc ngen=20000000 stoprule=yes stopval=0.01 checkpoint=yes checkfreq=50000;
5 sump relburnin=yes burninfrac=0.25;
6 sumt relburnin=yes burninfrac=0.25;
7  end;

 假设你有一个很大的数据集example.nex，并且运行这个脚本已经几个星期了，但是突然被某个毛头师兄弟碰掉了电源插头，这时你可以假装懊恼一下，好让那个毛头师兄稍微有点内疚感，:)。重新开机后，像下面一样将脚本的第四行末尾加上append=yes，然后重新运行，MrBayes就会从最后的检查点处继续运行你的分析了。

1 begin mrbayes;      

2 exec example.nex;
3 lset nst=6 rates=invgamma;
4 mcmc ngen=20000000 stoprule=yes stopval=0.01 checkpoint=yes checkfreq=50000 append=yes;
5 sump relburnin=yes burninfrac=0.25;
6 sumt relburnin=yes burninfrac=0.25;
7  end;