BLAST
一、 准备工作：
1.1 系统平台：这里使用的是Ubuntu Linux 12.04 LTS 64bit 版本；
1.2 Windows版本： 如果你说只有Windows，安装个虚拟机嘛
推荐VirtualBox https://www.virtualbox.org/
网上有相当多的图文教程
比如：http://blog.csdn.net/tangyajun_168/article/details/7063448
1.3 BLAST 本地下载安装
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.2.28+-x64-linux.tar.gz
注意 blast 和 blast+ 在参数方面有很大的不同。而且blast 好像2.2.26 以后就没有更新，而blast+一直在更新，而且blast+可以自己定制（- outfmt 6 ，7， 10）输出格式。
这里测试都是使用blast+。
二、测试数据
2.1 参考序列：
使用The Consensus CDS （CCDS）数据库中的人类的氨基酸序列和核酸序列（20130430 版本），关于CCDS以后会在kbase 标签下介绍。
下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/
2.2查询序列：
找一个比较小的测试集，选了人类的编码激酶的蛋白和核酸数据（kinome）。
http://kinase.com/kinbase/FastaFiles/Human_kinase_rna.fasta
http://kinase.com/kinbase/FastaFiles/Human_kinase_protein.fasta
三、执行BLAST
这里我把测试了BLASTp，BLASTn，BLASTx
因为自定义输出格式（仅限于table格式）大家用的不多，所以这里就给了几个示例。
3.1. Formatdb
../bin/ncbi-blast-2.2.28+/makeblastdb -in CCDS_protein.20130430.faa -title CCDS -dbtype prot -taxid 9606 -out CCDS_protein.20130430 -logfile CCDS_protein.20130430.log
../bin/ncbi-blast-2.2.28+/makeblastdb -in CCDS_nucleotide.20130430.fna -title CCDS -dbtype nucl -taxid 9606 -out CCDS_nucleotide.20130430 -logfile CCDS_nucleotide.20130430.log
3.2 BLASTP
../bin/ncbi-blast-2.2.28+/blastp -query Human_kinase_protein-100.fasta -db ../ccds/CCDS_protein.20130430 -out Human_kinase_protein-blastp-m5.xml -evalue 1 -outfmt 5 -num_alignments 10 -num_threads 8
../bin/ncbi-blast-2.2.28+/blastp -query Human_kinase_protein-100.fasta -db ../ccds/CCDS_protein.20130430 -out Human_kinase_protein-blastp-m7.tbl -evalue 1 -outfmt “7 qseqid qlen slen qcovhsp sseqid bitscore score evalue pident qstart qend sstart send” -num_alignments 10 -num_threads 8
../bin/ncbi-blast-2.2.28+/blastp -query Human_kinase_protein-100.fasta -db ../ccds/CCDS_protein.20130430 -out Human_kinase_protein-blastp-m0.txt -evalue 1 -outfmt 0 -num_descriptions 10 -num_alignments 10 -num_threads 8
3.3 BLASTN
../bin/ncbi-blast-2.2.28+/blastn -query Human_kinase_rna-100.fasta -db ../ccds/CCDS_nucleotide.20130430 -out Human_kinase-rna-blastn-m5.xml -evalue 1 -outfmt 5 -num_alignments 10 -num_threads 8
../bin/ncbi-blast-2.2.28+/blastn -query Human_kinase_rna-100.fasta -db ../ccds/CCDS_nucleotide.20130430 -out Human_kinase-rna-blastn-m7.tbl -evalue 1 -outfmt “7 qseqid qlen slen qcovhsp sseqid bitscore score evalue pident qstart qend sstart send” -num_alignments 10 -num_threads 8
../bin/ncbi-blast-2.2.28+/blastn -query Human_kinase_rna-100.fasta -db ../ccds/CCDS_nucleotide.20130430 -out Human_kinase-rna-blastn-m0.txt -evalue 1 -outfmt 0 -num_descriptions 10 -num_alignments 10 -num_threads 8
3.4 BLASTX
../bin/ncbi-blast-2.2.28+/blastx -query Human_kinase_rna-100.fasta -db ../ccds/CCDS_protein.20130430 -out Human_kinase-rna-blastx-m5.xml -evalue 1 -outfmt 5 -num_alignments 10 -num_threads 8 &
../bin/ncbi-blast-2.2.28+/blastx -query Human_kinase_rna-100.fasta -db ../ccds/CCDS_protein.20130430 -out Human_kinase-rna-blastx-m0.txt -evalue 1 -outfmt 0 -num_descriptions 10 -num_alignments 10 -num_threads 8 &
../bin/ncbi-blast-2.2.28+/blastx -query Human_kinase_rna-100.fasta -db ../ccds/CCDS_protein.20130430 -out Human_kinase-rna-blastx-m7.tbl -evalue 1 -outfmt “7 qseqid qlen slen qcovhsp sseqid bitscore score evalue pident qstart qend sstart send” -num_alignments 10 -num_threads 8 &
四、-m 0 和 5格式的提取
由于-m 0和 –m5 格式的输出文件信息比较全面，所有一般我们会选择这个两个格式，根据需要提取信息，比如我们可以根据BLASTx 结果寻找一条核酸中的可能编码蛋白的区域，并直接给出对应的那段氨基酸序列。
在GiteCafe (链接：https://gitcafe.com/jameslz/BLASTparser)中 提供了两个代码：blastXmlParser.pl 和 blastTxtParser.pl
根据测试：
blastXmlParser.pl 可以提取BLASTx ， BLASTp， BLASTn 的 –m 5 格式的结果，返回Table格式。
blastTxtParser.pl 可以提取BLASTx ， BLASTp， BLASTn 的 –m 0 格式的结果，返回Table格式。
4.1 代码执行
实例：
XMLparser
perl ../bin/blastXmlParser.pl Human_kinase-rna-blastn-m5.xml Human_kinase-rna-blastn-m5.tbl
perl ../bin/blastXmlParser.pl Human_kinase-rna-blastx-m5.xml Human_kinase-rna-blastx-m5.tbl
perl ../bin/blastXmlParser.pl Human_kinase_protein-blastp-m5.xml Human_kinase_protein-blastp-m5.tbl
TxtParser
perl ../bin/blastTxtParser.pl Human_kinase_protein-blastp-m0.txt Human_kinase_protein-blastp-m0.tbl
perl ../bin/blastTxtParser.pl Human_kinase-rna-blastx-m0.txt Human_kinase-rna-blastx-m0.tbl
perl ../bin/blastTxtParser.pl Human_kinase-rna-blastn-m0.txt Human_kinase-rna-blastn-m0.tbl
4.2 文件
代码Host在了GitCafe， 所有示例文件都在百度云网盘 地址：
http://pan.baidu.com/share/link?shareid=2240069514&uk=1293299598
压缩包内容:
Bin目录为可执行程序： 包括了blastpTxtParser.pl blastXmlParser.pl 以及blastn blastp blastx makeblastdb
ccds 目录为 ccds 的human 蛋白质和核酸序列数据
example 目录 为实例文件：Human_kinase_rna-100.fasta 和 Human_kinase_protein-100.fasta
解压后可以先进入ccds 目录 进行makeblastdb, 然后可以进入example 目录进行运行BLAST程序以及提取程序。
