sra-tools 的安装与简单使用

本文主要介绍如何安装和使用 sra-tools 这个软件，主要用途还是把NGS序列原始数据从 sra 格式转换到 fastq 格式，以便于后续的数据分析。

下载

SRA Toolkit
可以直接下载已经编译过的软件。无需自己再编译。

文档-安装，使用

SRA Toolkit Documentation
SRA Toolkit Installation and Configuration Guide
GitHub-sra-tools
Building and Installing from Source

以下是个人简单安装使用

1.先下载已编译软件文件，解压
2.然后设置PATH变量

    export PATH=$PATH:/home/maque/sratoolkit.2.5.2-ubuntu64/bin

3.使用 fastq-dump 将sra 格式文件 转换成 fastq 格式文件

    fastq-dump --help
    fastq-dump /media/文档/ngs/SRR1956769.sra  /media/文档/ngs/

这样生成的fastq文件就在 /media/文档/ngs/ 文件夹中