摘要: 生物信息学原理作业第四弹:DNA序列组装(贪婪算法) 原理:生物信息学(孙啸) 大致思想: 1. 找到权值最大的边; 2. 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边; 3. 除去以最大权值边为终点为终点的边; 4. 重复上述步骤,得到所有符合条件的边; 5. 拼接得到的边; 6. 加入孤立点(如果有 阅读全文
posted @ 2017-12-04 21:33 orange1002 阅读(2392) 评论(4) 推荐(1) 编辑
摘要: 生物信息原理作业第三弹:DNA序列局部比对,利用Smith–Waterman算法,python3.6代码实现。 实例以及原理均来自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm。 DNA序列局部比对 转载请保留出处! 感觉 阅读全文
posted @ 2017-11-30 18:15 orange1002 阅读(5288) 评论(2) 推荐(0) 编辑
摘要: 生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对 转 阅读全文
posted @ 2017-11-27 13:32 orange1002 阅读(5515) 评论(1) 推荐(0) 编辑
摘要: 最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业。第一次作业:如题。 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息。GFF格式见 http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提 阅读全文
posted @ 2017-11-26 22:34 orange1002 阅读(5030) 评论(1) 推荐(1) 编辑
摘要: 在B站看到一个up发的病名为爱的钢琴曲,感觉很好听,然后当然是要加入歌单啊。然而不知道怎么转换成mp3,找来找去找到了EFFmpeg 这篇只是达到了我简单的需求,以后可能会有EFFmpeg更详细的使用案例。下面开始了。 一、下载B站视频, 链接:病名为爱 下载之后是 .blv 格式(我的手机是这个格 阅读全文
posted @ 2017-10-15 14:49 orange1002 阅读(6506) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 昨天学了一下R语言dplyr包,处理数据框还是很好用的。记录一下免得我忘记了... 先写一篇入门的,以后有空再写一篇详细的用法。 阅读全文
posted @ 2017-10-14 11:37 orange1002 阅读(394) 评论(0) 推荐(0) 编辑