Bio per常规用法（2、翻译蛋白）

写了一个子函数，当然还是用bioperl，只是觉得默认的不太方便

#! /usr/bin/perl -w
use Bio::Seq;

my $a="TTATTTTCA";
my $b=translate_nucl($a);
print "$b\n";

sub translate_nucl{
    my $seq=shift;
    my $seq_obj=Bio::Seq->new(-seq=>$seq,-alphabet=>'dna');
    my $pro=$seq_obj->translate;
    $pro=$pro->seq;
    return($pro);
}

注意，这里使用的模块是Bio::Seq，不要弄错哦

 

如果是翻译线粒体序列，需要将第9行修改成

my $pro=$seq_obj->translate(-codontable_id => 2);