随笔分类 - Bioinformatic
摘要:TCGA数据库下载数据 (2014-12-11 21:40:40) 转载▼ 标签: tcga数据库 分类: biology TCGA数据库是癌症基因图集(Cancer Genome Atlas,TCGA)计划,将针对不同癌症的所有基因变异进行系统分析。网址:http://cancergenome.n
阅读全文
摘要:同源建模方法整理 Becky 12 人赞同了该文章 之前一直是使用Swiss model(http://swissmodel.expasy.org/interactive)做同源建模,这个服务器很简单,只要输入自己目的蛋白的序列即可,或者你自己提供模板,再输入蛋白序列,界面友好,但是它有几点不足之处
阅读全文
摘要:使用oligo软件包处理芯片数据原创金子哦 最后发布于2017-03-27 18:15:10 阅读数 11376 收藏展开本博客介绍过 Affy芯片的处理方法 ,其中所使用的软件包有一定的局限性,无法读取和分析一些新版Affy芯片。本文介绍oligo软件包的处理方法以解决这些问题。oligo软件包并
阅读全文
摘要:R获取芯片平台与注释【检索】 刘小泽關注 0.5032018.09.12 18:16:16字數 103閱讀 5,235 刘小泽写于18.9.12处理芯片数据离不开注释包,并且不同的芯片数据使用不同的注释。知道GSE号后就能知道GPL平台号,但是怎么把平台和注释信息联系起来是个问题。今天花个十几分钟学
阅读全文
摘要:使用clusterProfiler进行GO富集分析原创weixin_43569478 最后发布于2018-11-05 10:06:43 阅读数 12741 收藏展开欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! clusterProfiler是一个功能强大的R包,同时支持GO和KEGG的富集分析,而且可视化功
阅读全文
摘要:写rpsbproc的人用的arm架构或者centos所以搞出来的东西在ubuntu是搞不了的,但可以通过docker来搞。 docker pull centos docker-compose.yml version: '2'services: rspblast: image: centos:late
阅读全文
摘要:庐州月光 庐州月光 如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列 在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候,大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的3'UTR取,所以只需要提取mRNA 对应的3'UTR 区的序列去做分析即可; 那么如何提取一个mRNA的3'UTR区呢? 在
阅读全文
摘要:生存分析与R 2018年05月19日 19:55:06 走在码农路上的医学狗 阅读数:4399更多 个人分类: R语言 生存分析与R 2018年05月19日 19:55:06 走在码农路上的医学狗 阅读数:4399更多 个人分类: R语言 生存分析与R 生存分析与R 2018年05月19日 19:5
阅读全文
摘要:Difference between survdiff log-rank and coxph log-rank Ask Question Difference between survdiff log-rank and coxph log-rank Ask Question 6 1 I'm usin
阅读全文
摘要:OMIM数据库:大神私藏的数据库,99.9%的人都不知道! 2019-03-04 11:00乳腺癌/医生/肺癌 OMIM数据库:大神私藏的数据库,99.9%的人都不知道! 2019-03-04 11:00乳腺癌/医生/肺癌 “ GEO、NCDB、TCGA、SEER数据库这些我都知道,但OMIM是什么
阅读全文
摘要:Simple, fast implementation of Fisher’s exact test. . For example, for the following table: oHaving the propertyNot having the property Selected 12 5
阅读全文
摘要:如何用Pymol做出那些美呆的结构图(基础篇) 2016-10-31 翾园 摘自 BioEngX生化... 阅 1079 转 6 转藏到我的图书馆 微信分享: 2016-10-31 翾园 摘自 BioEngX生化... 阅 1079 转 6 转藏到我的图书馆 微信分享: 转藏到我的图书馆 微信分享:
阅读全文
摘要:http://contra-cnv.sourceforge.net/
阅读全文
摘要:sra文件转换为fastq格式 1 fastq-dump -h 1 fastq-dump -h 1 fastq-dump -h 1 fastq-dump -h 1 fastq-dump -h fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略
阅读全文
摘要:1.KEGG regexdb.idmap.find({"name":{"$regex":"Prolyl-hydroxyproline","$options":"si"}})2.Pubchem find HMDB ID > HMDB > keggid3.baidu.com
阅读全文
摘要:Vcf文件格式是GATK钟爱的表示遗传变异的一种文件格式。 就拿GATK给出的vcf例子说明吧,下面这个文件只表示了一个完整vcf文件的前几个SNP。 看上去确实有点复杂,那就把它分为两部分看吧,第一部分把他归为说明文件,就是每一列最前面有2个#符号的那些列所提到的就是为了解释下面“正文”INFO列
阅读全文
摘要:我们在分析了差异表达数据之后,经常要生成一种直观图--热图(heatmap)。这一节就以基因芯片数据为例,示例生成高品质的热图。 比如 钢蓝渐白配色的热图 钢蓝渐白配色的热图 首先还是从最简单的heatmap开始。 > library(ggplot2) > library(ALL) #可以使用bio
阅读全文
摘要:data.tsv > pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\t") > library(ggplot2) > p = ggplot(pathway,aes(Pvalue,Pathway)) > p=p + geom_point() > p=p + geom_point(aes(size=Count)) > pbubble ...
阅读全文
摘要:https://www.plob.org/ http://orthomcl.org/orthomcl/ https://davetang.org/muse/category/bioinformatics/
阅读全文
摘要:OrthoMCL的使用分13步进行,如下: 1. 安装和配置数据库 Orthomcl可以使用Oracle和Mysql数据库,而在这里只介绍使用Mysql数据库。修改配置文件/etc/my.cnf,对Mysql进行如下配置: 2. 安装mcl软件 mcl,即Markov Clustering algo
阅读全文