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R : 网络图统计每个节点在V1和V2中出现的次数
摘要：# 读取txt文件 data <- read.table("your_input_file.txt", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE) # 统计每个节点在V1和V2中的出现次数 V1_counts <- table(data$V1) V2_count 阅读全文
posted @ 2023-10-23 16:43 王哲MGG_AI 阅读(28) 评论(0) 推荐(0)
R : 使用正则表达式提取属水平的名称
摘要：setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop") # 读取txt文件 microbial_names <- readLines("your_input_file.txt") # 使用正则表达式提取属水平的名称 genus_names <- sapply(micro 阅读全文
posted @ 2023-10-23 15:21 王哲MGG_AI 阅读(49) 评论(0) 推荐(0)
R : 冲击图
摘要：学习的源头在上图，自己稍微做了点修改 library(reshape2) # 重塑数据框的包，可以实现长数据和宽数据之间的转化 # 加载ggalluvial包（绘图本图所用关键R包），基于ggplot2的ggalluvial包可用来绘制冲击图 library(ggalluvial) library( 阅读全文
posted @ 2023-10-21 10:53 王哲MGG_AI 阅读(137) 评论(0) 推荐(0)
R：三元图
摘要：setwd("D:\\Desktop")library(tidyverse)# 数据处理函数data_clean <- function(otu, design, type=c("relative", "absolute"), threshold=0.001, times=100){ # 函数测试数 阅读全文
posted @ 2023-06-12 10:41 王哲MGG_AI 阅读(124) 评论(0) 推荐(0)
R：Wilcoxon秩和检验，比较两组样本中的基因表达差异
摘要：setwd("E:\\20220927宏基因组教学\\02后期分析\\05willcox")library(doBy)gene <- read.table('table.l5.relative-SE.txt', sep = '\t', row.names = 1, header = TRUE, st 阅读全文
posted @ 2023-06-03 16:54 王哲MGG_AI 阅读(2740) 评论(7) 推荐(0)
R : PCOA
摘要：library(vegan)library(tidyverse)pairwise.adonis1 <-function(x,factors,p.adjust.m){ x = x %>% as.matrix() co = as.matrix(combn(unique(factors),2)) pair 阅读全文
posted @ 2023-05-25 22:24 王哲MGG_AI 阅读(424) 评论(0) 推荐(0)
R : 生成一个堆叠图用于展示OTU在不同分类水平上的相对丰度，并结合一个聚类树进行可视化
摘要：setwd("E:\\中国农业科学院\\20220927宏基因组教学\\02后期分析\\01堆叠图")rm(list = ls())library(tidyverse)library(ggplot2)library(ggtree)library(treeio)library(ggsci)librar 阅读全文
posted @ 2023-05-24 21:07 王哲MGG_AI 阅读(1213) 评论(0) 推荐(0)

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