2017年1月11日
读论文－Whole-genome sequence of Schistosoma haematobium
该文被密码保护。 阅读全文
posted @ 2017-01-11 19:13 陆离可 阅读(12) 评论(0) 推荐(0)
生信工具
摘要： Megan ①比对分析可以用其工具DIAMOND完成，比BLASTX快 ②物种注释、物种和功能的PCoA分析、稀释曲线、SEED分析、KEGG分析、COG/eggNOG分析等。MALT工具。 IMP 宏基因组和宏转录组结合的新分析工具 ******************************** 阅读全文
posted @ 2017-01-11 14:13 陆离可 阅读(692) 评论(0) 推荐(0)
2016年12月8日
生物信息学练习1-综合使用软件-2
摘要： 使用humann2: 参考晨宇大大的学习文档 HUMAnN2是描述微生物代谢通路的。使用宏基因组或宏转录组的序列信息。 http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2 安装的顺序是：Bowtie2 > Metaphlan2 > HUMAnN2 （个人建议安装an 阅读全文
posted @ 2016-12-08 09:04 陆离可 阅读(752) 评论(0) 推荐(1)
2016年12月6日
生物信息学练习1-综合使用软件
摘要： 本次的任务是对三组儿童的肠道宏基因组测序序列进行数据挖掘。我负责的是2-3 years old，control，十个双端测序数据。 *****************************************我是分割线***********今天没有心情卖萌******************* 阅读全文
posted @ 2016-12-06 11:33 陆离可 阅读(924) 评论(0) 推荐(0)
2016年11月7日
操作指南之下载数据
摘要： 1. 从NCBI的SRA下载数据 (1) 选中要下载的数据，点击send to，format选RunInfo (2) 打开生成的文件SraRunInfo.csv linux下可以使用wget download_path来下载 2. 然而。。也可以用别的办法： 考虑使用R的扩展包SRAdb (1) 安 阅读全文
posted @ 2016-11-07 20:19 陆离可 阅读(1070) 评论(0) 推荐(0)
安装生物信息学软件-HUMAnN2
摘要： 先挖坑 因为这个软件需要memory>16G，所以应该要安装在服务器上 阅读全文
posted @ 2016-11-07 17:27 陆离可 阅读(651) 评论(0) 推荐(0)
多样性指数介绍
摘要： 之前了解了shannon diversity index，所以顺便补一下其他多样性指数的概念～ ××××××××××××××××××××××××××I AM 分割线×××××××××××××× 阅读全文
posted @ 2016-11-07 17:06 陆离可 阅读(1666) 评论(0) 推荐(0)
统计学基础知识-欧式距离与其他
摘要： 刷了一篇“Measures of distance between samples: non-Euclidean”，顺手写个笔记 ×××××××××××××××××××××××××啦啦啦今天浑身都痛简直萌萌哒××××××××××× 阅读全文
posted @ 2016-11-07 11:45 陆离可 阅读(5085) 评论(3) 推荐(0)
2016年11月5日
R语言基础
摘要： 看vagan的tutorial居然看不懂=。=所以乖乖回来补锅 ×××××××××××××××我是分割线××××××××××××××××××××××××× 参考这篇：http://www.r-tuto 阅读全文
posted @ 2016-11-05 17:45 陆离可 阅读(684) 评论(0) 推荐(0)
安装R语言扩展包diveRsity-1
摘要： 今天去了学院的运动会呢～扮熊本熊超开心～写完这篇我补上我的图么么哒 ××××××××××××文末高能预警！！！！！这个包的安装并不是本周的任务！！！！！我真是萌萌哒×××××××××××××× ××××××××××××& 阅读全文
posted @ 2016-11-05 15:35 陆离可 阅读(2808) 评论(0) 推荐(0)