蛋白质组学 - 随笔分类 - 生物信息与育种

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posted @ 2023-12-10 17:04 生物信息与育种阅读(270) 评论(0) 推荐(0) 编辑

摘要：最近看到微信公众号：“生物信息与育种” 的文章阅读量太低了，粉丝量基础也很少。可能是做动植物基因组和育种相关工作的人员基数相对较少，而且我也没有主动去推。于是想着把以前做的的蛋白质组学部分笔记迁移到公众号上，一是为内容备份，二是为增加粉丝和阅读量。不过这些笔记是几年前的了，可能已经跟不上前沿的发展，阅读全文

posted @ 2023-11-03 21:50 生物信息与育种阅读(209) 评论(0) 推荐(0) 编辑

科技论文写作培训（蛋白质组方向）

摘要：由临床蛋白质组学转化医学界的黑马——西湖欧米公司（西湖大学郭天南创办）组织的科技论文写作，主要针对蛋白质组学领域。目前由Torsten Juelich培训英文写作的基本语法与规范。往期视频可在西湖欧米官网或者微信视频号观看。 https://westlakeomics.com/news/styli 阅读全文

posted @ 2022-05-27 23:42 生物信息与育种阅读(178) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【6】蛋白质组学鉴定定量软件之MaxQuant

摘要：1.简介 2016年，德国马普所的Cox和蛋白质组学领域巨擘Matthias Mann合作开发了MaxQuant软件（MQ），并发表在nbt上，protocol也相应发表在nature protocols上。不足五年，MQ的引用率已高达上万次，其中不乏CNS级别文章（有大佬的加持果然不一样）。毫不夸阅读全文

posted @ 2020-08-28 23:48 生物信息与育种阅读(16822) 评论(1) 推荐(0) 编辑

【5】蛋白质组学鉴定定量软件之PD

摘要：1.简介 PD全称Proteome Discoverer，是ThermoFisher在2008年推出的商业Windows软件，没错，收费，还不菲。而且主要也是针对他们家的obitrap产出数据。但在业内用得比较多，尤其是在学术界（因为大部分科研人员只会鼠标点点框）。蛋疼的是你就算买了软件还得配个Wi 阅读全文

posted @ 2020-08-28 21:33 生物信息与育种阅读(6305) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【4】蛋白质组学鉴定软件之MSGFPlus

摘要：1.简介 MSGF+也是近年来应用得比较多的蛋白鉴定软件。java写的，2008年初次发表JPR，2014年升级发表NC，免费开源，持续更新维护，良心软件。而且，有研究者对不同蛋白质组学鉴定软件进行比较分析，MSGF+的表现也是非常不错的（一下子找不到文献出处~~）。 Github源码：https: 阅读全文

posted @ 2020-08-28 17:53 生物信息与育种阅读(2026) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【3】蛋白鉴定软件之Mascot

摘要：1.简介 Mascot是非常经典的蛋白鉴定软件，被Frost & Sullivan形容为“质谱数据检索的黄金标准”，更新维护速度也很快（已发布到2.7版New features in Mascot Server 2.7）。but，它是商业软件（国内康昱盛代理），收费。虽然有在线版本，但仅支持少量谱图阅读全文

posted @ 2020-08-28 16:39 生物信息与育种阅读(4607) 评论(1) 推荐(0) 编辑

【2】蛋白鉴定软件之Comet

摘要：1.简介官网：http://comet-ms.sourceforge.net/ 1993年开发，持续更新，免费开源适用Windows/Linux 多线程，支持多种输入输出格式：输入谱图文件（mzXML, mzML, mgf, or ms2/cms2），输出.pep.xml/.pin.xml/.s 阅读全文

posted @ 2020-08-28 15:10 生物信息与育种阅读(1954) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【1】蛋白鉴定软件之X!Tandem

摘要：1. 简介 X!Tandem是GPM：The Global Proteome Machine（主要基于Web的开源用户界面，用于分析和显示蛋白质鉴定数据。关于GPM的更多内容可参考https://www.thegpm.org/GPM/faq.html）中的一个成员，此外还有X! P3 、X! Hun 阅读全文

posted @ 2020-08-28 09:38 生物信息与育种阅读(3001) 评论(0) 推荐(0) 编辑

蛋白质组DIA深度学习之谱图预测

摘要：1. 简介基于串联质谱的蛋白质组学大部分是依赖于数据库（database search）的bottom-up策略研究。也就是实际谱图和理论谱图进行匹配打分，从而实现肽段和蛋白的鉴定和定量。如果是DDA的数据，因为一张二级谱是一条肽段，直接将数据库理论酶切碎裂后的理论谱和实际谱图匹配即可。但如果是D 阅读全文

posted @ 2020-08-05 16:48 生物信息与育种阅读(4664) 评论(1) 推荐(0) 编辑

蛋白质组学数据的缺失值填充

摘要：缺失值填充在数据分析领域的预处理过程绕不过去的一个坎，蛋白质组学也不例外，简单记录下，可能有些地方有其特殊之处。分析缺失值来源：完全随机缺失（MCAR，如质谱仪抖动，对数据影响无偏好性，均一分布），随机缺失（MAR，依赖于其他观测变量，如时间梯度越长采集越可能出现缺失值），非随机缺失（MNAR，依阅读全文

posted @ 2020-07-18 22:17 生物信息与育种阅读(3463) 评论(1) 推荐(1) 编辑

蛋白质组学数据的归一化/标准化处理

摘要：1.前言目的：调整由于技术，如处理、上样、预分、仪器等造成的样本间误差。这实际上是一种数据缩放的方法。一般在一个表达矩阵中，会涉及到多个样本，其表达量差异比较大，不能直接进行比较。比如某个样本表达量很大，在总体中就会占据绝对领导地位，这样就会掩盖掉表达量小的样本的作用，但并不代表它不重要，也有可阅读全文

posted @ 2020-07-17 23:41 生物信息与育种阅读(12322) 评论(1) 推荐(1) 编辑

【R方差分析】蛋白质表达量多组比较

摘要：初始数据类似：蛋白质组数据虽不是严格的正态分布，但目前最常用的检验方法还是T检验（两组比较）和方差分析（多组比较）。这个话题值得深究，这里不展开。主要是求多个蛋白的Pvalue值或FDR，用于差异筛选。 Pvalue <- c() type<-factor(c(rep("S01CC",3),re 阅读全文

posted @ 2020-06-16 17:09 生物信息与育种阅读(1503) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【宏蛋白组】iMetaLab平台分析肠道宏蛋白质组数据

摘要：[toc] 一、iMetaLab简介宏蛋白组学是个非常小众的领域，即使从事的学者也并非专门做这个，大多是作为系统生物学的延伸研究。业界有几个比较有影响力的研究团队，一是比利时根特大学的 "(COMPOMICS)" 团队，开发了有代表性的宏蛋白分析工具如 "Unipept" 、 "MetaProte 阅读全文

posted @ 2020-05-13 15:23 生物信息与育种阅读(1282) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【讲座】詹显全——Proteoforms在肿瘤中应用

摘要：Proteoforms/Protein species这个概念还是比较有意义的。人类结构基因组测序接近尾声，人们就从结构基因组学研究转向功能基因组学研究，即对转录组和蛋白质组进行研究。1995年正式提出了”蛋白质组”和”蛋白质组学”的概念，距今已有25年历史了。蛋白质组学的主要技术包括蛋白质阅读全文

posted @ 2020-04-19 17:57 生物信息与育种阅读(1040) 评论(0) 推荐(0) 编辑

DIA技术及其软件工具介绍

摘要：前言关于蛋白质组学，你是不是已经听了太多公司的宣讲，介绍了一大堆的技术名词，反而越听越懵懂，脑袋一团乱麻？就和传话游戏一样，当我们接收了多手信息以后，得到的信息就越不准确。那么，何不自己看一看第一手信息呢？比如说DIA。这里只推荐两篇综述。第一篇是蛋白质组学泰山北斗的Ruedi Aeberso 阅读全文

posted @ 2020-04-02 23:16 生物信息与育种阅读(5595) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【宏蛋白质组】搜库工具简介与评估

摘要：宏蛋白质组数据分析相对较难，不同于常规蛋白质组分析，因为数据库太大，无法直接进行搜库匹配，需要对数据库进行优化。整理了几个发表的宏蛋白搜库分析工具。具体效果如何，还需要测试。 1.ProteoStorm 发表： "ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics Da 阅读全文

posted @ 2020-03-19 23:00 生物信息与育种阅读(1537) 评论(0) 推荐(0) 编辑

蛋白组DIA分析：Spectronaut软件使用指南

摘要：官方文档： "https://biognosys.com/media.ashx/spectronautmanual.pdf" 0. 准备 Spectronaut软件是蛋白组DIA分析最常用的谱图解析软件之一，优点是定量准确，缺点是高额收费，window版本，速度慢。一起来简单了解下用法。这是它的界阅读全文

posted @ 2020-03-12 16:11 生物信息与育种阅读(6463) 评论(2) 推荐(0) 编辑

【ThermoRawFileParser】质谱raw格式转换mgf

摘要：众所周知， "Proteowizard MSconvert" 用于质谱原始数据的格式转换，但主要平台是windows，要想在Linux上运行需要打Docker或Wine，对于普通用户来说还是很困难的，想想质谱的数据动辄上百Gb要进行转换相当麻烦。比利时根特大学Dr. Lennart Martens 阅读全文

posted @ 2020-03-09 22:48 生物信息与育种阅读(5443) 评论(0) 推荐(0) 编辑

蛋白质组学实验设计、质控与分析

posted @ 2020-01-15 21:19 生物信息与育种阅读(5822) 评论(0) 推荐(0) 编辑

生物信息与育种

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