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2018年7月3日

【转录组入门】8：差异基因结果注释

摘要： 作业要求： 我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于一个与众的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。 然后把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件，导入到GSEA软件分析。 基本任务是完成这个分析。 【1】环境准备 【2】gene_id 转 阅读全文

posted @ 2018-07-03 21:56 微凉charles 阅读(2392) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【转录组入门】7：差异基因分析

摘要： 作业要求： 使用R语言，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任务是得到差异分析结果，进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点。 【1】安装DESeq2 DESeq2对于输入数据的要求： 1.DEseq2要求输入数 阅读全文

posted @ 2018-07-03 21:47 微凉charles 阅读(9337) 评论(0) 推荐(0) 编辑

【转录组入门】6：reads计数

摘要： 作业要求： 实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方 阅读全文

posted @ 2018-07-03 21:05 微凉charles 阅读(3283) 评论(0) 推荐(0) 编辑