2025年11月21日
结果文件SAM文件比较
该文被密码保护。 阅读全文
posted @ 2025-11-21 16:36 TOTORI 阅读(1) 评论(0) 推荐(0)
2025年8月21日
mem_chain GPU并行化重写
摘要： mem_chain 主要分两步，第一步：收集最大精准匹配，第二步：生成种子链，这里考虑收集最大精准匹配实现，假如使用一个线程块协助处理一个seq。 收集最大精准匹配BWA源码实现 static void mem_collect_intv(const mem_opt_t *opt, const bwt 阅读全文
posted @ 2025-08-21 17:14 TOTORI 阅读(17) 评论(0) 推荐(0)
2025年6月12日
BWA关于生成MEM问题
摘要： BWA中在查找MEM集合概述 MEM（Maximal Exact Match）： 是一个 在给定文本中无法进一步向左或向右扩展 的匹配子串。 SMEM（Supermaximal Exact Match）： 是一种特殊的 MEM，它在 查询串中不被其他 MEM 覆盖。 第一步会根据QUERY序列起始开 阅读全文
posted @ 2025-06-12 13:36 TOTORI 阅读(59) 评论(0) 推荐(0)