摘要: 再一次编程中意外使用了if if 也实现了 if elif的功能,所以搜索了下其中的区别: 1、if if 和 if elif 是有区别的,只是在某些情况下才会一样的效果; 2、随意使用会导致意外的错误。 现在举几个例子区别: 程序一 阅读全文
posted @ 2017-12-20 10:26 吴增丁 阅读(16025) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 最近处理一份1000G+的大文件,直接loading进内存不可能,只能分片读取。文件介绍如下: 该文件是一份压缩的比对后文件(sam文件),该文件由很多细小的结构单元组成,一个结构如下: 两种方法: 1、用open([buffer])的方法; 2、根据文件内容的结构快读取; 由于该文件有自己的结构, 阅读全文
posted @ 2017-11-13 18:02 吴增丁 阅读(4700) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 转自声明的奥秘 www.lifeomics.com DNA甲基化与肿瘤发生: DNA甲基化水平和模式的改变是肿瘤发生的一个重要因素。这些变化包括CpG岛局部的高甲基化和基因组DNA低甲基化状态。如图1左所示,在正常细胞中,位于抑癌基因启动子区域的CpG岛处于低水平或未甲基化状态,此时抑癌基因处于正常 阅读全文
posted @ 2017-11-10 17:45 吴增丁 阅读(11901) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 步骤如下: 一、安装python软件: 1、进入windows服务器,从网址下载 python-3.5.4-amd64软件 到桌面; 2、在软件点右键,再“”以管理员身份运行“”,输入管理员密码; 3、将python3.5加入PATH,并点击customize installation 4、next 阅读全文
posted @ 2017-11-09 14:13 吴增丁 阅读(3273) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 一、下载所需的python版本文件 在linux个人目录下 下载https://www.python.org/ftp/python/3.5.4/Python-3.5.4.tar.xz 解压tar.xz文件:先 xz -d xxx.tar.xz 将 xxx.tar.xz解压成 xxx.tar 然后,再 阅读全文
posted @ 2017-10-11 13:45 吴增丁 阅读(1426) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 问: 答: 这点差别可以让你出现意想不到的错误!如下: 第一种情况: >>> l = [[],[],[]]>>> l[[], [], []]>>> for i in range(3): l[i].append(i) >>> l [[0], [1], [2]] 第二种情况: >>> l = 3*[[] 阅读全文
posted @ 2017-07-06 10:25 吴增丁 阅读(353) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 本文转载自http://www.open-open.com/lib/view/open1342675735745.html 把用Python写好的脚本,可以用pyinstaller打包成.exe文件,方便发布,在其他电脑上脱离python语言环境而运行。1、要求: python3.5及以下版本,暂时 阅读全文
posted @ 2017-05-27 14:06 吴增丁 阅读(1509) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 在二代测序仪上测出的数据,通常都会表现出测序深度与GC 含量的相关性,称为GC bias。 GC bias校正 为了后续生物信息分析更加准确,通常需要做GC bias的校正。 2010 年 steven Quake 在Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy 阅读全文
posted @ 2017-05-25 15:32 吴增丁 阅读(5131) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: quenching有两种,学术上分为dynamic quenching 和static quenching,我们通常说的quenching就是 static quenching。 static quenching是因为dye的化学结构发生变化,这个dye已经死掉了(通俗点)...... dynami 阅读全文
posted @ 2017-05-24 10:46 吴增丁 阅读(863) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: NIPT需要多大的数据量(reads number)? 调研 2014 Noninvasive prenatal diagnosis of common aneuploidies by semiconductor sequencing 报道 Approximately 65.5% (3.6 mill 阅读全文
posted @ 2017-05-24 10:32 吴增丁 阅读(1363) 评论(0) 推荐(0) 编辑