摘要: 上周收到一条求助信息:“如何用TCGA数据库分析LINC00152在卵巢癌与正常组织的的表达差异?” 所以以这个题目为记录分析过程如下: 一、下载数据 a)进入网站https://cancergenome.nih.gov/ 网页截图如下: b)进入数据下载 Launch Data Portal ,截 阅读全文
posted @ 2018-05-22 16:01 吴增丁 阅读(28107) 评论(0) 推荐(2) 编辑
摘要: ENCODE(DNA分子元件的百科全书)是由国家人类基因研究所(NHGRI)资助的一个国际研究联盟, 该联盟的目标是:建立一份综合的人类基因组功能元件的清单,这些基本元件包括那些直接作用蛋白质和RNA水平的元件,也包括那些控制细胞和整体环境的功能元件。 官网(https://www.encodepr 阅读全文
posted @ 2018-04-26 18:10 吴增丁 阅读(295) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: conda是一个非常好的python包管理软件,但是它的Minicoda是一个非常好的生信软件包管理软件,更多conda介绍多google。 Miniconda简直就是生信人的福音,尤其是像我这种传统生物实验转生信的人。具体使用方法如下: 一、安装Miniconda 1.1下载 进入linux系统的 阅读全文
posted @ 2018-04-04 10:21 吴增丁 阅读(811) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI 搜索结果: 选一个文件点击 阅读全文
posted @ 2018-02-26 16:42 吴增丁 阅读(9924) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 先放一个python遍历发生的异常: 运行结果: 我期待的是遍历从1~9一个不落,但是每次都跳过一个元素,这让我很意外,好奇,也很纳闷? 原来for 循环在遍历的时候,遍历的对象也是动态的,不是我之前认为的一旦开始遍历ls = [1,2,3,4,5,6,7,8,9],这个list就固定了。 不是这样 阅读全文
posted @ 2018-02-09 11:00 吴增丁 阅读(1303) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Downloading and installing the SRA Toolkit step1: 下载并安装SRAtoolkit (Download the Toolkit from the SRA website) If you are using a web browser, the foll 阅读全文
posted @ 2018-01-25 11:32 吴增丁 阅读(3636) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 一、CNV 简介 拷贝数异常(copy number variations, CNVs)是属于基因组结构变异(structural variation),根据大小可分为两个层次:显 微水平(microscopic)和亚显微水平(submicroscopic)。显微水平 的基因组结构变异主要是指显微镜 阅读全文
posted @ 2018-01-24 18:20 吴增丁 阅读(6846) 评论(1) 推荐(2) 编辑
摘要: 有一篇文件,研究了孕妇的孕周和体重对 胎儿游离DNA在母体cfDNA中占比的影响 文章名称:Gestational age and maternal weight effects on fetal cell-free DNA in maternal plasma 1、文章先统计所有孕妇的周期和体重分 阅读全文
posted @ 2018-01-05 12:07 吴增丁 阅读(2562) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 在软件中经常需要获取文件所在路径,方法有很多种( 例如 os.path.realpath(__file__), os.getcwd(), os.path.abspath(__file__), sys.path[0], sys.argv[0]),但是各有不同,比较如下: 在一个NIPT_Analysi 阅读全文
posted @ 2017-12-26 15:31 吴增丁 阅读(376) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 在实际工作中,已经编辑好了NIPT_analysis的软件,该软件一般的输入文件是sam文件,但是为了集成进入测序仪器,需要直接从比对软件的标准输出中读取sam文件,省去了比对软件和NIPT_analysis的I/O时间。 问题来了,如何将这两个exe软件连接起来?原来两个exe程序就是两个进程,现 阅读全文
posted @ 2017-12-20 14:10 吴增丁 阅读(680) 评论(0) 推荐(0) 编辑