R语言 关于cmdstanr安装二三事

突然有任务要跑一个R语言的程序。然而我从未碰过R语言，只能是硬着头皮先本地配环境试验一下。问题真是一重又一重。。。

先记录下来一些问题的处理过程，仅供参考。有些东西可能是歪打正着，还没来得及摸清真正原因，如有错误请见谅。

程序中有用到一个包cmdstanr，但是我的环境中没有，直接使用普通的命令安装会报错：

命令：install.packages("cmdstanr", repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")

报错：package ‘cmdstanr’ is not available (for R version ...

 

查询资料发现是因为CRAN中没有这个包。。。（参考 Getting started with CmdStanR）

直接从cmdstanr的官方地址下载，代码如下：

install.packages("cmdstanr", repos = c("https://mc-stan.org/r-packages/", getOption("repos")))

使用cmdstanr需要先安装CmdStan。上一步完成后，可以使用命令：

check_cmdstan_toolchain()

如无报错，即可安装CmdStan：

install_cmdstan(cores = 2)

 

然而，在 check_cmdstan_toolchain() 这一步我手贱中断了一次，再次执行该代码时，报出如下错误：

error: failed to update mingw32 (unable to lock database)
error: failed to update mingw64 (unable to lock database)
error: failed to synchronize all databases

于是又一次通过查资料找到疑似解决办法：删除rtools环境目录下的/var/lib/pacman/db.lck文件。（参考 github: pacman -Syu Does Nothing #1298）

但是这一次，我在根据一些资料测试时，直接在rtools bash里使用命令：https://github.com/msys2/MSYS2-packages/issues/1298

pacman -Syu mingw-w64-x86_64-make

直接安装了mingw64。

这貌似导致了再使用 check_cmdstan_toolchain() 时报错冲突：

Other C++ toolchains installed on your system conflict with RTools.

烦躁。。。

然后发现，可以这样做：（参考 Problem with cmdstanr in Win 10 . C++ installed conflict with Rtools）

install_cmdstan(check_toolchain = FALSE)

这下居然可以使用cmdstanr了，但是冲突问题并没有解决，感觉埋下了一颗定时炸弹，以后再挖吧。

 

参考：

[1] Getting started with CmdStanR ：https://mc-stan.org/cmdstanr/articles/cmdstanr.html

[2] github: pacman -Syu Does Nothing #1298：https://github.com/msys2/MSYS2-packages/issues/1298

[3] Problem with cmdstanr in Win 10 . C++ installed conflict with Rtools：https://discourse.mc-stan.org/t/problem-with-cmdstanr-in-win-10-c-installed-conflict-with-rtools/19430