摘要：
生物信息学利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学的问题。目前的生物信息学基本上只是分子生物学与信息技术（尤其是因特网技术）的结合体。生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据，其研究工具是计算机，研究方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟）。目前主要的研究方向有：序列比对，基因识别，基因重组，蛋白质结构预测，基因表达，蛋白质反应的预测，以及建立进化论的模型。 生物学技术往往生成大量的嘈杂数据。与数据挖掘类似，生物信息学利用数学工具从大量数据中提取有用的生物学信息。生物信息学所要处理的典型问题包括：重新组装在散弹法DN 阅读全文
摘要：
1. Sed简介sed 是一种在线编辑器，它一次处理一行内容。处理时，把当前处理的行存储在临时缓冲区中，称为“模式空间”（pattern space），接着用sed命令处理缓冲区中的内容，处理完成后，把缓冲区的内容送往屏幕。接着处理下一行，这样不断重复，直到文件末尾。文件内容并没有 改变，除非你使用重定向存储输出。Sed主要用来自动编辑一个或多个文件；简化对文件的反复操作；编写转换程序等。以下介绍的是Gnu版本的Sed 3.02。2. 定址可以通过定址来定位你所希望编辑的行，该地址用数字构成，用逗号分隔的两个行数表示以这两行为起止的行的范围（包括行数表示的那两行）。如1，3表示1，2，3行，美 阅读全文
摘要：
为什么要进行shell编程 Linux系统中虽然有各种各样的图形界面工具，但shell仍然是一个非常灵活的工具。Shell不仅集合了大量命令，还是一门非常棒的编程语言。借助shell，大量任务能实现自动化；shell特别擅长系统管理任务，尤其适合那些易用性、可维护性和便携性比效率更重要的任务。 下面，让我们一起来看看shell是如何工作的：建立一个脚本 Linux中有许多种不同的shell，通常我们使用bash (bourne again shell) 进行shell编程，因为bash不仅免费（自由）且易于使用。本文提供的脚本都用bash（当然大多数情况下，这些脚本同样可以在bash的前... 阅读全文
摘要：
对于蛋白质序列，计分矩阵主要用于记录在做序列比对时两个相对应的残基的相似度，一旦这个矩阵定义好了以后，比对程式就可以利用这个矩阵，尽量将相似的残基排在一起，以达到最好的比对。 得分矩阵主要有两种，第一种就是PAM（Point Accepted Multation)，另一种就是BLOSUM。1、PAM矩阵（Point Accepted Mutation） 基于进化的点突变模型，如果两种氨基酸替换频繁，说明自然界接受这种替换，那么这对氨基酸替换得分就高。一个PAM就是一个进化的变异单位, 即1%的氨基酸改变，但这并不意味100次PAM后，每个氨基酸都发生变化，因为其中一些位置可能会经过多次突变，甚 阅读全文