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2023年05月01日 ID转换，一行搞定 library(org.Mm.eg.db) # mouse library(org.Hs.eg.db) # human library(clusterProfiler) gene.df <- bitr(genes, fromType = "SYMBOL", 阅读全文
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Insilico Medicine (“英矽智能”) 官网：https://insilico.com/ 该领域龙头企业：https://www.schrodinger.com/ 2021年12月14日更新 参考：独家对话英矽智能CEO、CSO：AI新药首进「临床试验」，能否改写药物发现史？ 我的看法 阅读全文
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2021年08月24日 更新 给每个exon编排序号，方便管理 cat gencode.v37.annotation.gtf | grep ENSG00000011304 | cut -f1-5 | grep exon | sort -k 4 | uniq | less -S 更新：又用了一段时间， 阅读全文
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2023年03月20日 快速取类似venn的unique和share peaks module load bedtools2-2.27.1-gcc-5.4.0-iouh4nk bedtools intersect -a HDAC1.merged.narrowPeak -b HDAC2.merged. 阅读全文
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目录 3C简介 技术类型及区别 数据下载 基本应用 3C简介 核心理念就是把真核细胞核里的DNA三维折叠结构给测序出来，一个最经典的模型就是远距离enhancer可以促进转录。 真核生物细胞核中的染色质通过折叠成高度动态、复杂的高级结构，调控基因的转录、复制，以及损伤修复等重要功能。理解染色质在细胞 阅读全文
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这在drug target的分析上应用广泛，GWAS最终发现的只是SNP而已，而drug的target却是具体的基因，Genomic predictors就是用来填补这个坑的。 参考2019年的NG，看别人是如何处理的。【idea大家早就有了】 nGene eGene cGene VEP web t 阅读全文
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2023年03月13日 没想到还能继续RNA splicing的分析，之前确实做了一些分析，但都是跑流程，结果分析有很大漏洞，最核心的就是没有对整体丰度做校正，L-HSCR本身就有更多的splicing。 这在毕业答辩的时候被看出来了，但要修改已经来不及了。 又接触了几个其他的sc call spl 阅读全文
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这些数据库的核心比较明了，就是drug和gene的对应关系，然后就是drug的一些注释信息。 DrugBank Release Version 5.1.8 Protein identifiers Drug Target Identifiers Therapeutic target database 阅读全文
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属于GWAS下游比较时髦的一个分析，就是用来结合某个region的GWAS和eQTL数据来找最causal的eQTL。【不局限】 a novel statistical methodology to assess whether two association signals are consist 阅读全文
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中国科学院 科研大匠 https://mp.weixin.qq.com/s/j6poVRLCC95tLSjEyM2E5g 从实用出发 是中国将来科学发展的重要方向 《瞭望》：中国脑计划是如何布局的？ 蒲慕明：人脑因其复杂性被很多人称为是“内在的宇宙”，脑科学已成为科学前沿的必争之地。过去几年里，全世 阅读全文
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这些包的重要性不必多言，以前没有深度总结过，每次要用的时候都得查教程。 名字由来：d代表dataframe - plyr是英文钳子plier的谐音 dplyr dplyr常用函数【最常用的也就是group_by和summarise配合使用了，其他的普通代码都能实现】 arrange arrange( 阅读全文
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2023年10月18日 barplot截取y轴，非常规操作。 You could try, with library(scales): + scale_y_continuous(limits=c(2000,2500),oob = rescale_none) 2023年09月20日 Seurat的vi 阅读全文
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一图胜千言 Characterizing cis-regulatory elements using single-cell epigenomics - 2022 2022-06-15 最近在写HDAC1和EZH2的discussion，需要深入到表观数据的分析。 DC就是deacetylation 阅读全文
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https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html https://github.com/Ensembl/ensembl-vep 输入一些variant的名字，出来一些注释结果。 注释结果： #Uploaded_variation Loca 阅读全文
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基于GWAS的分析结果做基因集富集分析。 基本代码： # download sumstats file from https://ctg.cncr.nl/software/summary_statistics # download NCBI37 and g1000_eur from https:// 阅读全文
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10x下游分析，比如splicing Converting 10x Genomics BAM Files to FASTQ 下载其专用工具：https://github.com/10XGenomics/bamtofastq/releases 还可以指定locus，精准分析，缺点就是无法保留barco 阅读全文
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2023年10月18日 补全最后一个WT1的velocity数据: http://172.24.136.119:8888/notebooks/scPipeline/velocity/VelocityBasics-ApcKO.ipynb # for scMulti-omics data # do be 阅读全文
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标签：RNA-seq；基因表达 一个非常常见的图种，用于表示两组数据基因表达差异的图，通常横纵坐标分别为 Log2FC 和 P-value。 画出来并不难 美化稍微有点难度：标注重要的点，点的颜色、形状、图层顺序。 基本数据准备： 带log2FC和P-value的dataframe 需要标注的数据点 阅读全文
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2023年01月28日 如何区分这三种标志物marker？【标记可以是很多种：生物、生化、分子】 1. 最好理解的就是治疗Therapeutic marker，就是药物靶点，能在不同疾病模型里rescue phenotype的都算； 2. 其次就是诊断Diagnostic marker，正常诊断不会 阅读全文
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目录 变异的意义 变异的分类 突变的类型 变异对生命活动的影响 研究得较为透彻的一些变异 变异的未来研究趋势 做生物医学的，但凡视野宽一点就离不开变异，也离不开下游功能验证，这对于做传统遗传病的和最前沿癌症的工作者而言都一样。 变异的意义 多样性、自然选择、进化，以及不可避免的变异积累导致癌症。下面 阅读全文