摘要：
收集资料： gene therapy相关的近5年的review 已有的研报 微信公众号文章 YouTube的科普视频 先看review，了解专业术语，整个行业基本的逻辑框架。 了解一个技术最快的途径就是微信和YouTube上的科普视频和文章。 最后要看别人的研报，学习别人的分析逻辑和思路，同时给出自 阅读全文
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前导 （转）导师神总结：读博失败的10个作死大法 （转）字字诛心 | 张启发院士给自己的博士生写的一封信，值得细读！ 哈佛大学教授刘小乐：我与生物信息学的不解之缘 文献阅读方法 & 如何阅读英文文献 - 施一公（转） （转）像运动员一样的数学家——采访北京大学许晨阳教授 （转）如何成为顶级生物信息学 阅读全文
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2023年08月15日 【成功检测出tdTomato，yes】 cp best.td.cdx2.fasta tdTomato.fa vi tdTomato.fa # change fasta name to tdTomato cat tdTomato.fa | grep -v "^>" | tr - 阅读全文
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文献复现是非常重要的技能，能迅速模仿顶尖的研究也是不错的能力，中二的叫法就是“写轮眼”。 核心： 熟悉数据 大致知道基本的算法 知道分析核心的目的 复现第一篇： The support of human genetic evidence for approved drug indications - 阅读全文
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二更： 医疗行业的基本特性1.需求多样，细分2.重研发3.高风险 生物制药细分领域【与小分子药区分开】1.结构复杂度2.靶向性：高，本质是抗体，单抗双抗多抗3.开发成本4.生产工艺5.给药方式：静脉输注 当下的中国的医疗系统（对比美国）1.支出基本靠医保，开支有限2.商业保险普及度不够，无法广泛支持 阅读全文
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引言： GWAS通过association test来找trait或disease的关联的SNP eQTL也是通过关联性来找gene expression相关的locus 转录组层面也频繁利用相关性来找某个regulator的target 已经看到问题的核心了，co，就是同时出现（离散），同升同减（ 阅读全文
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基本10分以上的paper都要求有严格地统计分析，所以看起来才会professional。 本质就是两个离散变量的关联分析，还可以给出OR。 小样本就用Fisher's exact test for small cell sizes 大样本就用Chi-Square Test 首先画一个2X2的表格 阅读全文
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GUT 实际经验： 15号投，27号直接受到拒稿邮件，12天即确定，还是挺快的 现在COVID-19占了太多版面，GUT也更喜欢临床的，纯生信分析已经不吃香了 改投Gastroenterology，希望能收吧，安稳着陆 几个案例： Gut - 2020 - Single-cell transcrip 阅读全文
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写论文基本操作： web of science - 搜索文献，导出到本地 EndNote建立本地group，拖入导出文献到group 进入MS word，点击插入文献，选择合适的格式 多人协作问题： 文献一旦被插入到word里，就有一个自己的local library 无需考虑太多，直接在word里 阅读全文
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类似篇：转录因子motif TSS区域富集分析 | motif enrichment | HOMER | FIMO | MEME 一个新的领域，现在我关注的是可变剪切调控因子，如PTBP1，它们有特定的RNA结合motif，类似TF。 相同点： 都是蛋白质的序列结合区域 有特定的序列motif 不同 阅读全文
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生物信息泛指发生在生命体内的所有的活动信息，是控制我们生老病死的根本原因。 要想开发一个大一统模型，那就必须对该系统的核心的方方面面有扎实的理解。 先根据初高中知识，按中心法则的上游到下游分个类，DNA、RNA、蛋白质、代谢物，最后补充表观、药物、整合、癌症。 DNA相关数据库 Human DNA序 阅读全文
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见上篇：genome browser | ggplot | 基因组可视化 | R | transcript | isoform 新需求（画出Fig 4D上面的辅图， Science, 2021）： 山寨版，分析解构： 首先去method里找，完全没写是什么工具画的，那就猜吧； 其次看配色和对齐方式， 阅读全文
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quick code library(Rmagic) bmmsc <- t(GBM.pair@assays$RNA@counts) bmmsc <- library.size.normalize(bmmsc) bmmsc <- sqrt(bmmsc) # bmmsc[1:5,1:5] # # run 阅读全文
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接前面文章：ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 前面已经把pipeline跑完了，但是关于结果的解读还是不清楚，这里来深入探讨一下。 复习： pipeline：https://github.com/ENCODE-DCC/chip-seq-pipeline2 阅读全文
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前面详解了时间介词，这里来讲地点介词。 on in at是滥用最多的三个介词，首先好好区分。 at在一个小地方，位置当做一个点，相对具体 at the cornerat the bus stopat the marketat the bookshopat Cambridgeat HKUat home 阅读全文
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都有哪些玩家？ 某个生物学方向（发育、免疫、癌症）的大佬，强在领域的深耕，先进的技术平台，能产生高质量的data，第一作者和通讯一般都是搞实验的，生信最多也就是个共一，文章容易冲击CNS。【掌握实验材料、临床样本、测序数据】 某个疾病（depression、SLE、HSCR）的遗传学家，主要就是借助 阅读全文
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还是跟小孩一样，喜欢玩，尤其是这种搭积木的游戏，其实真的没什么技术含量。 但科研分析是反标准化的，如果你的paper只是pipeline出来的，那最多也就3分。 有必要搭建流程吗？ 就一批小数据，那就随便搞，没必要标准化流程 经常拿到新data，那就可以考虑一下了，一键执行很快乐 公司级别的业务，持 阅读全文
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持续添加~ 基因组学 2020 - NRG - The road ahead in genetics and genomics 2019 - NRG - RNA sequencing: the teenage years 【中文导读】 2021 - Nature - Closing in on a 阅读全文
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2023年09月01日 log2FC <- log2(rowMeans(TPM[,high.samples])+1) - log2(rowMeans(TPM[,low.samples])+1) geneList <- log2FC geneList <- sort(geneList, decreas 阅读全文
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2023年05月31日 带小弟学习RNA-seq，以前自己的流程过于实用简单，缺乏了严谨性，现在正规的从头来一遍。 参考： RNA-seq入门实战（零）：RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建 RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗 RNA-seq入门实战（二 阅读全文