摘要：
目前对peak的数据处理上，发现测序深度对peak的数量有很大影响，即使做了normalization也没办法，所以这里希望从原始的bam文件开始做downsampling。 参考一：Downsample BAM file to specific amount of reads input_dir= 阅读全文
摘要：
核心可视化： https://content.cruk.cam.ac.uk/bioinformatics/software/DiffBind/plotProfileDemo.html 2023年02月20日 没想到已经两个月整了，感觉项目丝毫没有任何进展，不知道自己每天都在干什么！ 目前我对表观的数 阅读全文
摘要：
常在河边走，哪能不湿鞋。 作为生信工作者，尤其是计算生物学，遇到BUG真的是不能太常见，能否顺利DEBUG是此行业工作者的基本功。 Mac MacMini M1芯片则有些包装不了，在osx-64上的包，无法在osx-arm64上安装。 注意：千万不要在M1的Mac上装M1的conda！！！【直接装x 阅读全文
摘要：
2023年05月04日 在搞懂DiffBind后就几乎没有用过deeptools，因为R可以用jupyter notebook，代码和结果方便撰写和保存。 但是，最近被怼了，质疑了我的peak calling，一个核心的问题就是macs call出来的peak太多了，有6万个左右，我觉得这个比较正常 阅读全文
摘要：
一般在传输过程中中断，fastq就会truncate，但仍然可以用zless或者zcat打开查看。 真到万不得已的时候还是要截取可以利用的部分，然后用bbmap修复一下。 bbmap repair.sh -Xmx14g in1=1.fq.gz in2=2.fq.gz out1=1_1.fq.gz o 阅读全文
摘要：
10x是最成功的单细胞公司，目前最成功的商业平台，已经有很多成熟的单细胞产品线，不管是新手还是进阶的高手都在玩他们平台产生的数据。 这里试图对10x的核心技术和数据来做一个剖析，试图理解其核心原理，加速数据分析进程，辅助科研发现。 我目前玩过的10x数据： scRNA-seq (antibody h 阅读全文
摘要：
这个要严谨一点，众所周知，小鼠是小写，人是大写，以前为了方便都是直接一个toupper函数完成转换，但这样做实在是太粗糙了，大概有三分之一的基因会丢失。 我简单统计了一下： 人鼠同源的有23242个基因注释，其中有7695个基因是无法简单对应的，所以你之前的分析会漏掉很多基因。 建议使用ensemb 阅读全文
摘要：
2023年04月24日 参考：decoupleR：丰富你的通路富集分析结果 2022年12月28日 没想到碰到了一个神器：PROGENy。可以给常见的14种signaling pathway活性打分。 参考：看着14个肿瘤相关通路活性就够了 buik RNA-seq: http://localhos 阅读全文
摘要：
搜索历史文件真的是最基本的需求，听说everything是个好东西，但Mac平台自带的splotlight search已经足够好用，直达文件。 Linux我则不太会搜索，find命令有点复杂，最近无意搜索Linux平台是否有类似everything的工具，还真发现了一个非常活跃的fzf工具，非常好 阅读全文
摘要：
好久没有继续我的学习/写作/科普大业了，这个positive feedback loop是非常powerful的。 这一期的主题，Apc - Wnt - CRC 这也是我今后的研究主题。 先抛出问题： Wnt pathway的组成成分有哪些，都控制了哪些重要的细胞功能？ 正常情况下，Apc是如何与W 阅读全文
摘要：
2023年11月22日 居然到今天才开始了解10x多组学建库的原理，开始尝到这个技术的甜头了，有很多问题只有这个技术能够回答，比如表观的plasticity。 这里的多组学其实是multi-modal，即一个细胞同时测scRNA-seq和scATAC-seq，而不是单独测然后integarte，它们 阅读全文
摘要：
2023年02月06日 太nb了，今天居然才发现这个神器轮子，想法其实很简单，从各个格式里提取三个矩阵（count matrix，col anno， row anno），然后创建新的对象，自己也可以做，但人家封装好了，你只需要载入包，一行命令即可完成转换。h5ad格式很小，而且可以跟cellxgen 阅读全文
摘要：
大型Cancer数据库 TCGA ICGC 目前已知的oncogene 什么是oncogene？跟其在癌症中的表达量无关，而是作用，主动去激发cancer的gene才算，这些基因正常情况下都是有自己作用的（proto-oncogene），被mutated/over-expressed之后才变为onc 阅读全文
摘要：
英语真的不太行，阅读和写作没问题，听力和口语则严重拉胯。 表现在科研presentation上，则是汇报讲述时，水平一流；一旦被提问，则变成哑巴；最糟糕的，一旦聊起生活，更像个弱智，最简单的日常用语都不会表达。 我最终的目的： 日常能与人顺利交谈； 能做到接近完美的学术汇报； Native spea 阅读全文
摘要：
2022 - CMGH - A Proximal-to-Distal Survey of Healthy Adult Human Small Intestine and Colon Epithelium by Single-Cell Transcriptomics 2018 - GB - Cell 阅读全文
摘要：
最近听了一下华大王崇志老师讲多组学分析【科技君-BGITech】，印象很深刻，很多方法论的东西觉得很有意思，没有吃透，这里再花时间好好整理一下。 华大人思想还是很深刻的，但做研究就容易过于肤浅，还是需要好好设计实验，产生好的数据才能做好分析。 为什么要搞多组学？大一统的野心 为什么生物医学大家都在玩 阅读全文
摘要：
2022年12月15日 需要快速检测某文章cut&run的antibody的特异性，要下载SRA的raw data，看比对率。 如何下载SRA数据，快速，高效？ 找到数据的SRA链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA589292，选择进入Ru 阅读全文
摘要：
2023年02月09日 Note：要在包里加入新的data，就必须同名，在R里的名字要和文件名一模一样，否则会报错。（Error: 'mouse.house.keeping.gene' is not an exported object from 'namespace:bt2m'） 2023年01月 阅读全文
摘要：
因为没有在这一行真正干过，所以一些基本概念还不是很明确，这里作一个梳理。 看本领域的遗传学综述有感：The Emerging Genetic Landscape of Hirschsprung Disease and Its Potential Clinical Applications 问题： 什 阅读全文
摘要：
问题： Trios分析的基本原理和假设 Trios分析应用的场景？ Trios与其他方法相比的优缺点 Trios研究的经典案例 Trios分析的基本原理和假设 从医院的病例开始，我们收集了一些特病表型的病人，不知道致病原因pathogenesis，有可能是遗传病genetic，也有可能是外在因素导致 阅读全文