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摘要:Insilico Medicine (“英矽智能”) 官网:https://insilico.com/ 该领域龙头企业:https://www.schrodinger.com/ 转自:财新 英矽智能近期通过AI平台发现了一个特发性肺纤维化的新靶点,并通过AI确定了最佳的药物分子;有投资界人士认为,目 阅读全文
posted @ 2021-03-08 14:56 Life·Intelligence 阅读(72) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:更新:又用了一段时间,发现是真的好用,可惜就是服务器上装不上,只能在Mac上用了。 核心代码很少: library(ggbio) # hg19 library(EnsDb.Hsapiens.v75) ensdb <- EnsDb.Hsapiens.v75 options(repr.plot.widt 阅读全文
posted @ 2021-03-05 17:57 Life·Intelligence 阅读(72) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:为什么不得不用bedtools? 速度,当数据到达百万级以上,R和C的速度差别就非常明显了 专业,但凡涉及到region、peak的处理,bedtools都可以胜任 目录 bed文件基本处理:导出,排序 用一个query region去overlap另一个database region,并取得属性 阅读全文
posted @ 2021-03-03 16:09 Life·Intelligence 阅读(66) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录 3C简介 技术类型及区别 数据下载 基本应用 3C简介 核心理念就是把真核细胞核里的DNA三维折叠结构给测序出来,一个最经典的模型就是远距离enhancer可以促进转录。 真核生物细胞核中的染色质通过折叠成高度动态、复杂的高级结构,调控基因的转录、复制,以及损伤修复等重要功能。理解染色质在细胞 阅读全文
posted @ 2021-03-01 17:12 Life·Intelligence 阅读(131) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:这在drug target的分析上应用广泛,GWAS最终发现的只是SNP而已,而drug的target却是具体的基因,Genomic predictors就是用来填补这个坑的。 参考2019年的NG,看别人是如何处理的。【idea大家早就有了】 nGene eGene cGene VEP web t 阅读全文
posted @ 2021-03-01 15:49 Life·Intelligence 阅读(40) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在测试的一个工具:SUPPA2 https://github.com/comprna/SUPPA SUPPA2 tutorial SUPPA2: fast, accurate, and uncertainty-aware differential splicing analysis across m 阅读全文
posted @ 2021-03-01 02:10 Life·Intelligence 阅读(163) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:这些数据库的核心比较明了,就是drug和gene的对应关系,然后就是drug的一些注释信息。 DrugBank Release Version 5.1.8 Protein identifiers Drug Target Identifiers Therapeutic target database 阅读全文
posted @ 2021-02-26 14:25 Life·Intelligence 阅读(85) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:属于GWAS下游比较时髦的一个分析,就是用来结合某个region的GWAS和eQTL数据来找最causal的eQTL。【不局限】 a novel statistical methodology to assess whether two association signals are consist 阅读全文
posted @ 2021-02-25 13:40 Life·Intelligence 阅读(60) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:中国科学院 科研大匠 https://mp.weixin.qq.com/s/j6poVRLCC95tLSjEyM2E5g 从实用出发 是中国将来科学发展的重要方向 《瞭望》:中国脑计划是如何布局的? 蒲慕明:人脑因其复杂性被很多人称为是“内在的宇宙”,脑科学已成为科学前沿的必争之地。过去几年里,全世 阅读全文
posted @ 2021-02-24 16:50 Life·Intelligence 阅读(58) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:这些包的重要性不必多言,以前没有深度总结过,每次要用的时候都得查教程。 名字由来:d代表dataframe - plyr是英文钳子plier的谐音 dplyr dplyr常用函数【最常用的也就是group_by和summarise配合使用了,其他的普通代码都能实现】 arrange arrange( 阅读全文
posted @ 2021-02-24 16:16 Life·Intelligence 阅读(46) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:The R Graph Gallery - R绘图代码库 themes - https://www.r-graph-gallery.com/ggplot2-package.html#themes 要开始修饰以前的核心图片,准备发表论文了。 把之前比较raw的图修饰格式,统一生成高清晰图片,准备放入p 阅读全文
posted @ 2021-02-04 18:41 Life·Intelligence 阅读(145) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:functional genomics | epigenomic annotations 刚入行的总是一头雾水,对这些表观的标记一点兴趣都没有,种类繁多,总是记不住,这里我就做一个常识性的总结,不搞太多术语。 需要了解的也不多,常见的就那么几个,搞懂ENCODE和ROADMAP上有的就行。细节颇多, 阅读全文
posted @ 2021-01-27 18:26 Life·Intelligence 阅读(164) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html https://github.com/Ensembl/ensembl-vep 输入一些variant的名字,出来一些注释结果。 注释结果: #Uploaded_variation Loca 阅读全文
posted @ 2021-01-21 22:11 Life·Intelligence 阅读(233) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:基于GWAS的分析结果做基因集富集分析。 基本代码: # download sumstats file from https://ctg.cncr.nl/software/summary_statistics # download NCBI37 and g1000_eur from https:// 阅读全文
posted @ 2021-01-21 17:16 Life·Intelligence 阅读(108) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:批量给bam文件上index ls *.bam | xargs -n1 -P5 samtools index ls *.bam | parallel samtools index '{}' 批量处理上千个fastq的时候会产生上千个bam,因为各种原因会造成bam文件损毁或不完整,因此必须要能快速检 阅读全文
posted @ 2021-01-12 23:10 Life·Intelligence 阅读(100) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:一个比原版更好用的RNA velocity分析工具:velocyto GitHub:https://github.com/velocyto-team/velocyto.R readthedoc:http://velocyto.org/velocyto.py/index.html 历史分析参考: pr 阅读全文
posted @ 2021-01-12 16:57 Life·Intelligence 阅读(459) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:标签:RNA-seq;基因表达 一个非常常见的图种,用于表示两组数据基因表达差异的图,通常横纵坐标分别为 Log2FC 和 P-value。 画出来并不难 美化稍微有点难度:标注重要的点,点的颜色、形状、图层顺序。 基本数据准备: 带log2FC和P-value的dataframe 需要标注的数据点 阅读全文
posted @ 2021-01-07 16:19 Life·Intelligence 阅读(144) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:fore-knowing, foreseeing 预后这个词是翻译过来的,太简短了,看中文不好理解,容易理解错误(不是干预、预防的意思)。【最通俗的理解:预测该疾病未来转良、被治愈的可能性】 英文解释:predicting the likely or expected development of 阅读全文
posted @ 2021-01-06 20:08 Life·Intelligence 阅读(78) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:目录 变异的意义 变异的分类 突变的类型 变异对生命活动的影响 研究得较为透彻的一些变异 变异的未来研究趋势 做生物医学的,但凡视野宽一点就离不开变异,也离不开下游功能验证,这对于做传统遗传病的和最前沿癌症的工作者而言都一样。 变异的意义 多样性、自然选择、进化,以及不可避免的变异积累导致癌症。下面 阅读全文
posted @ 2020-12-02 17:56 Life·Intelligence 阅读(154) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:药物靶点是能够与特定药物特异性结合并产生治疗疾病作用或调节生理功能作用的生物大分子或生物分子结构;对物质的结构产生生物效应,在复杂调节过程或作为通路中具有主导作用;病理条件下对物质的表达、活性、结构或特性可以发生改变。 简单点说,就是通过单个抗体与靶点结合,能有效的抑制或者治疗某种疾病。 目前单抗靶 阅读全文
posted @ 2020-10-14 21:44 Life·Intelligence 阅读(216) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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