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摘要: 2019年06月25日 - 卷土重来未可知 从最开始的MBSIT,到之前的DPR,到现在新的DPR,感觉想法已经更加成熟,应用场景也更加明确,可以真正开始搞了。 待做事项: 1. DPR的logo; 2. 借鉴SC3的方法和综合方法来寻找单细胞里的核心hub; 3. 根据KNN来连接hub,直至把所阅读全文
posted @ 2019-06-25 16:02 Life·Intelligence 阅读(46) 评论(0) 编辑
摘要: 参考:今日阅读:GWAS的优劣势 - Omics Liu Omics 待续~阅读全文
posted @ 2019-06-25 15:15 Life·Intelligence 阅读(24) 评论(0) 编辑
摘要: 阎学通 - 国际关系分析 YouTube 看完了第一集,讲得非常不错,梳理了当下的世界实事,传授了独立分析问题的方法。 zz是支配世界的主要力量,是任何一个成人都必须去思考的问题,防止自己的世界观过于狭隘。 待续~阅读全文
posted @ 2019-06-24 00:03 Life·Intelligence 阅读(45) 评论(0) 编辑
摘要: A longitudinal study refers to an investigation where participant outcomes and possibly treatments or exposures are collected at multiple follow-up ti阅读全文
posted @ 2019-06-21 18:35 Life·Intelligence 阅读(23) 评论(0) 编辑
摘要: 现在在做单基因敲除后的转录组数据分析,一个显而易见却又百思不得其解的问题出现了: 为什么敲掉一个基因会导致其他那么多基因的表达发生了变化,甚至是其他很多调控基因(转录因子)? 我敲掉的只是一个普通基因,又不是上游的调控基因,理论上应该只有该基因和与其直接相关的基因改变才对啊。 Genome-wide阅读全文
posted @ 2019-06-18 00:39 Life·Intelligence 阅读(35) 评论(0) 编辑
摘要: Dr. Andrew Paul HutchinsDepartment of BiologySouthern University of Science and Technology, Shenzhen, China Every cell contains all of the DNA to enco阅读全文
posted @ 2019-06-17 17:49 Life·Intelligence 阅读(24) 评论(0) 编辑
摘要: 现在大家已经对细胞结构单位习以为常,但在细胞发现之前,这是不可思议的,千奇百怪的生命世界居然有一个统一的基本单位。 这里简单回忆一下经典的细胞结构: 参考YouTube视频: Biology: Cell Structure I Nucleus Medical Media - 专业讲解,动画一流 Eu阅读全文
posted @ 2019-06-17 14:34 Life·Intelligence 阅读(29) 评论(0) 编辑
摘要: 完美人类假设:一类人,具有最完美的基因组,享受最健康的环境和饮食,同时拥有最健康的思想情绪,最终以最长的寿命,自然死亡。 自然死亡是自然生命最终的归宿,这是写在目前基因组里的铁律! 不管科技如何发展,人最终都会追求生命的拓展和延续,所以医学总体是不可能败落的,只是医学的部分低价值的工作会被淘汰。 疾阅读全文
posted @ 2019-06-16 14:39 Life·Intelligence 阅读(24) 评论(0) 编辑
摘要: 做了好久的RNA-seq分析,基因表达也在口头溜了几年了,但似乎老是浮在表面。 对一件事的了解程度决定了你的思维深度,只想做技工就不用想太多,想做大师就一定要刨根问底。 老是说基因表达,那么什么是基因表达?我们测序得到的基因表达其实只是一种表型,是样本的一个快照,和普通的身高体重之类的连续型表型类似阅读全文
posted @ 2019-06-12 14:35 Life·Intelligence 阅读(113) 评论(0) 编辑
摘要: 生物的东西必须要主动去了解,否则视野容易受到限制,尤其是分子生物学的核心技术。 PCR - 聚合酶链式反应 The Complete Guide to PCR (How it Works, Primer Design, and Running Reactions) - YouTube 目的:从DNA阅读全文
posted @ 2019-06-10 13:13 Life·Intelligence 阅读(49) 评论(0) 编辑
摘要: 只有注册用户登录后才能阅读该文。阅读全文
posted @ 2019-06-01 13:24 Life·Intelligence 阅读(34) 评论(0) 编辑
摘要: 参考:Add P-values and Significance Levels to ggplots ggpubr的包比较局限,能用的test也比较局限,但是做起来快速简单。 当情况特殊时ggpubr就不能用了,可以自己做了显著性test之后再显示在图上。 多组比较,挑选感兴趣的显示显著性。 还可以阅读全文
posted @ 2019-05-31 15:51 Life·Intelligence 阅读(167) 评论(0) 编辑
摘要: NIPT, Non-invasive Prenatal Testing - 无创产前基因检测 (学术名词) NIFTY,胎儿染色体异常无创产前基因检测 (注册商标)华大的明显产品 新生儿耳聋基因检测 新生儿遗传代谢病检测 安孕可单基因遗传病携带者筛查 地中海贫血基因检测 安馨可™新生儿及儿童基因检测阅读全文
posted @ 2019-05-30 18:00 Life·Intelligence 阅读(41) 评论(0) 编辑
摘要: 何川,RNA表观遗传学开创者。早年毕业于中国科技大学,2000年获麻省理工学院博士学位,2000到2002年在哈佛大学做博士后研究,2002年至今执教芝加哥大学化学系, 是芝加哥大学生物物理动态研究所主任, 北京大学合成与功能生物分子中心主任。 目前主要从事化学生物学、核酸化学和生物学、表观遗传学、阅读全文
posted @ 2019-05-29 18:13 Life·Intelligence 阅读(47) 评论(0) 编辑
摘要: 生物信息的工具和数据库太多,但有一些基础的工具是必须精通的,甚至需要经常翻阅寻找灵感。 通用数据库: UCSC Genome Browser - 基因组的可视化 OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man - 研究疾病必备 专业数据库汇总: 单细胞数据库汇总阅读全文
posted @ 2019-05-29 14:10 Life·Intelligence 阅读(119) 评论(0) 编辑
摘要: The Lady Tasting Tea - How Statistics Revolutionized Science in the Twentieth Century 本书只讨论了20世纪这100年间的统计大变革。 一般的书读读就行,唯独这本书需要慢慢品读,让统计的思想深入骨髓。 这本书不适合空阅读全文
posted @ 2019-05-27 23:10 Life·Intelligence 阅读(79) 评论(0) 编辑
摘要: 网页开发,尤其是交互式动态网页的开发,是有一定门槛的,如果你有一定的R基础,又不想过深的接触PHP和MySQL,那R的shiny就是一个不错的选择。 现在R shiny配合R在统计分析上的优势,可以做出非常优秀的科学网站,但我见过的shiny还是多用于本地网站搭建,因为不是每个实验室都能拿出大量的财阅读全文
posted @ 2019-05-25 16:01 Life·Intelligence 阅读(61) 评论(0) 编辑
摘要: 华大科技服务开发一套优秀的交互式结题报告系统,适用于没有代码基础的老师分析自己的数据。 http://report.bgi.com/ps/login/login.html 体验之后再做评价! 见云盘:https://pan.genomics.cn/ucdisk/s/RF3Aji阅读全文
posted @ 2019-05-23 22:06 Life·Intelligence 阅读(150) 评论(0) 编辑
摘要: 需要长期更新! 参考:生信修炼手册 enhancer的基本概念: 长度几十到几千bp,作用是提高靶基因活性,属于顺式作用原件,DNA作用到DNA,转录因子就是反式,是结合到DNA的蛋白。 1981年,Benerji发现SV40中某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达水平。 特性:远距阅读全文
posted @ 2019-05-23 00:11 Life·Intelligence 阅读(263) 评论(0) 编辑
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posted @ 2019-05-22 20:07 Life·Intelligence 阅读(7) 评论(0) 编辑
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