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摘要:最新版V3文档:https://satijalab.org/seurat/vignettes.html 不要再用V2的版本了,V3已经涵盖了V2所有的功能。 最新版3.0已经发布了,有重大更新,以前的许多API也不支持了。 April 16, 2019 Version 3.0 released No 阅读全文
posted @ 2019-07-16 14:04 Life·Intelligence 阅读 (238) 评论 (0) 编辑
摘要:文章亮点: 按level来管理和分析数据,文章有不同stage,每个stage有不同subtype,这应该是一个真tree,而不只是一个进化树,文章里出现最多的进化树把所有的stage都整合了。 空间归类和taxonomy的工作,mapped cell types spatially and der 阅读全文
posted @ 2019-07-15 15:08 Life·Intelligence 阅读 (45) 评论 (0) 编辑
摘要:真的很偶然,好的东西都是在最偶然中得到的,试看之后才发现如获至宝。 上周无意刷了颜宁的微博,她推荐了这部剧的一个十周年影评,于是我花了一个周末,连续把他刷完了,感慨颇多,收益颇多。 待续~ 阅读全文
posted @ 2019-07-15 12:55 Life·Intelligence 阅读 (117) 评论 (0) 编辑
摘要:有些情况下缺失值会零星的分布在数据当中,这时去掉所有包含缺失值的样本就不行了,直接用0去填补缺失值也不行。 所以此时就应该用拟合的方法来填补缺失值。 参考: R中数据缺失值的处理--基于mice包 阅读全文
posted @ 2019-07-12 16:37 Life·Intelligence 阅读 (63) 评论 (0) 编辑
摘要:冷冻电镜 为什么冷冻电镜 (Cryo-EM) 技术的发明可以获得2017诺贝尔化学奖?知乎看法 Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2017 We may soon have detailed images of life’s complex ma 阅读全文
posted @ 2019-07-10 20:20 Life·Intelligence 阅读 (102) 评论 (0) 编辑
摘要:Resetting histone modifications during human parental-to-zygotic transition 人类亲本-合子转变中组蛋白修饰重编程 sci-hub MARINa (MAster Regulator INference algorithm) M 阅读全文
posted @ 2019-07-10 12:29 Life·Intelligence 阅读 (99) 评论 (0) 编辑
摘要:这部分是超级干货,也能直接体现一个开发分析者的能力。 主要分为两部分: 1. 面对新问题时,如何高效的分析和开发? 2. 面对相似的问题时,如何最快时间的利用之前的开发经验? 因为现在我主要用shell和R来处理测序数据,所以本文仅局限于shell和R代码的开发和管理。 因为最终结果必然以图表呈现, 阅读全文
posted @ 2019-07-09 21:38 Life·Intelligence 阅读 (50) 评论 (0) 编辑
摘要:做单细胞RNA-seq分析,自然就能想到我们测到的其实是一个概率学的东西,就像女士品茶里的酵母的泊松分布一样。 真实的细胞里,一切都是连续的,从DNA到mRNA到蛋白,是有一个时间间隔的,每一个process也不是瞬间完成的,而是有一个周期,我们可以叫做半衰期。 看一篇文献先:Database fo 阅读全文
posted @ 2019-07-09 20:29 Life·Intelligence 阅读 (100) 评论 (0) 编辑
摘要:人类肿瘤治疗史上的里程碑无疑一定有一座是肿瘤免疫疗法的。 而肿瘤免疫疗法的主要两大领域,细胞治疗以及以PD1/PDL1为代表的免疫检查点抑制剂都在飞速发展。 目前,已经有5种抗PD1/PDL1抗体药物上市,包括默沙东的Keytruda、百时美施贵宝的Opdivo、罗氏的Tecentriq、辉瑞和德国 阅读全文
posted @ 2019-07-09 15:37 Life·Intelligence 阅读 (83) 评论 (0) 编辑
摘要:The single-cell transcriptional landscape of mammalian organogenesis 老板已经提了无数遍的文章,确实很nb,这个工作是之前我们无法想象得,想想如何把我们的数据和他们的数据整合到一起。 文献阅读 | Molecular Archite 阅读全文
posted @ 2019-07-08 17:57 Life·Intelligence 阅读 (91) 评论 (0) 编辑
摘要:解决方案有好几种: 网页版,无脑绘图,就是麻烦,没有写代码方便 极简版,gplots::venn 文艺版,venneuler,不好安装rJava,参见Y叔 酷炫版,VennDiagram 特别注意: 目前主流的韦恩图都只支持5个类别,多了不能使用韦恩图。 UpSet某种程度上可以显示多于5个类别,但 阅读全文
posted @ 2019-07-08 12:57 Life·Intelligence 阅读 (315) 评论 (0) 编辑
摘要:系列篇: Epigenetics in ENS development and Hirschsprung disease - Review Epigenetic Mechanisms in Hirschsprung Disease - Review Involvement of DNMT3B in 阅读全文
posted @ 2019-07-03 17:57 Life·Intelligence 阅读 (31) 评论 (0) 编辑
摘要:资源: sci-hub paper CellBench package - github CellBench_data - code for the paper 现在单细胞领域的突出问题就是工具过多,但缺乏gold-standard benchmark datasets,没有一定的标准来衡量工具的好 阅读全文
posted @ 2019-06-27 18:21 Life·Intelligence 阅读 (139) 评论 (0) 编辑
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posted @ 2019-06-25 16:35 Life·Intelligence 阅读 (10) 评论 (0) 编辑
摘要:2019年06月25日 - 卷土重来未可知 从最开始的MBSIT,到之前的DPR,到现在新的DPR,感觉想法已经更加成熟,应用场景也更加明确,可以真正开始搞了。 待做事项: 1. DPR的logo; 2. 借鉴SC3的方法和综合方法来寻找单细胞里的核心hub; 3. 根据KNN来连接hub,直至把所 阅读全文
posted @ 2019-06-25 16:02 Life·Intelligence 阅读 (60) 评论 (0) 编辑
摘要:参考:今日阅读:GWAS的优劣势 - Omics Liu Omics 待续~ 阅读全文
posted @ 2019-06-25 15:15 Life·Intelligence 阅读 (53) 评论 (0) 编辑
摘要:阎学通 - 国际关系分析 YouTube 看完了第一集,讲得非常不错,梳理了当下的世界实事,传授了独立分析问题的方法。 zz是支配世界的主要力量,是任何一个成人都必须去思考的问题,防止自己的世界观过于狭隘。 待续~ 阅读全文
posted @ 2019-06-24 00:03 Life·Intelligence 阅读 (169) 评论 (0) 编辑
摘要:A longitudinal study refers to an investigation where participant outcomes and possibly treatments or exposures are collected at multiple follow-up ti 阅读全文
posted @ 2019-06-21 18:35 Life·Intelligence 阅读 (48) 评论 (0) 编辑
摘要:现在在做单基因敲除后的转录组数据分析,一个显而易见却又百思不得其解的问题出现了: 为什么敲掉一个基因会导致其他那么多基因的表达发生了变化,甚至是其他很多调控基因(转录因子)? 我敲掉的只是一个普通基因,又不是上游的调控基因,理论上应该只有该基因和与其直接相关的基因改变才对啊。 Genome-wide 阅读全文
posted @ 2019-06-18 00:39 Life·Intelligence 阅读 (49) 评论 (0) 编辑
摘要:Dr. Andrew Paul HutchinsDepartment of BiologySouthern University of Science and Technology, Shenzhen, China Every cell contains all of the DNA to enco 阅读全文
posted @ 2019-06-17 17:49 Life·Intelligence 阅读 (50) 评论 (0) 编辑
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