摘要: SNPsnap已经可以被vsampler取代了 一个矛盾: GWAS得到的SNP做富集分析的话,通常都会有强的偏向性。 co-localization of GWAS signals to gene-dense and high linkage disequilibrium (LD) regions 阅读全文
posted @ 2019-11-19 19:46 Life·Intelligence 阅读(2037) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 这是一个进化学上的概念,基因组的序列是不断进化而来的,根据45个脊椎动物的基因组序列,通过多重比对,我们就可以知道人类基因组上每个位置的保守性,一些高度保守的区域可以做非常有意思的下游分析。 This directory contains compressed phastCons scores fo 阅读全文
posted @ 2019-11-19 15:51 Life·Intelligence 阅读(5764) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 2022年12月01日 准备bedtools需要用的-g参数文件,-g $chromSize,genome.txt,信息就在比对的bam文件里,提取一下即可。 samtools view -H N3_H3K27Ac_1_CKDL220013314-1a_HY2YCDSX3_L1_1_val_1.bo 阅读全文
posted @ 2019-11-19 15:39 Life·Intelligence 阅读(6458) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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