随笔分类 -  生信

哈迪温伯格平衡 & 检验
摘要:哈斯温伯格定律 Hardy–Weinberg equilibrium(Hardy–Weinberg principle ,HWP)及检验 群体中代与代之间 等位基因频率(allele frequency)基因型频率(genotype freqency)恒定 f(AA) = p2 f(aa) = q2 阅读全文

posted @ 2019-11-02 16:42 BioinformaticsMaster 阅读(6483) 评论(1) 推荐(0)

SNPs & MAF
摘要:SNPs,全称是single nucleotide polymorphisms,SNPs等位基因频率的容易估计。采用混和样本估算等位基因的频率是种高效快速的策略。该策略的原理是:首先选择参考样本制作标准曲线,然后将待测的混和样本与标准曲线进行比较,根据所得信号的比例确定混和样本中各种等位基因的频率。 阅读全文

posted @ 2019-11-02 16:09 BioinformaticsMaster 阅读(1584) 评论(0) 推荐(0)

VEP 注释工具 Ubuntu 安装
摘要:屡次尝试后的vep高效安装方式如下: Note VEP官网:https://asia.ensembl.org/info/genome/variation/index.html Note: 欢迎评论交流,转载请注明来源,谢谢。 阅读全文

posted @ 2018-05-29 18:25 BioinformaticsMaster 阅读(1914) 评论(0) 推荐(0)

Biopython SeqIO 读取序列文件,读取信息,写入序列
摘要:Biopython1.序列赋值 转录(反转录) 翻译 反向互补2.读取序列文件,识别序列的属性信息。SeqRecord提供序列及其注释的容器属性:seq :一条生物序列id:基本ID,标识这条序列name:常用分子的名称description:序列分子的描述letter_annotation:是一个 阅读全文

posted @ 2018-02-12 10:56 BioinformaticsMaster 阅读(6377) 评论(0) 推荐(0)

Biopython 模块处理Seq序列 方法
摘要:Biopython 模块1.序列 赋值 Bio.Alphabet.IUPAC 提供蛋白质、DNA和RNA的基本定义,并提供扩展和定制基本定义的功能。1.1 DNA 字母表 基本字母:IUPACUnambiguousDNA每种可能下的歧义字母:IUPACAmbiguousDNA修饰后的碱基:Exten 阅读全文

posted @ 2018-02-11 23:52 BioinformaticsMaster 阅读(5748) 评论(0) 推荐(0)

coursera 有比较丰富的生物信息等课程 win7 访问设置
摘要:1.打开网址https://www.coursera.org 注册,然后搜索想要学习的课程,不需要证书则免费 2.若视频一直缓冲或显示黑屏则需要修改C:\Windows\System32\drivers\etc\host文件,添加如下一行: 52.84.246.72 d3c33hcgiwev3.cl 阅读全文

posted @ 2018-02-10 11:10 BioinformaticsMaster 阅读(262) 评论(0) 推荐(0)

使用de Bruijn graph组装基因组的时候,Kmer数为何必须是奇数呢
摘要:因为如果kmer是偶数,我们会发现基因组上有些序列(如,CGCGCGCG, kmer=4)的Kmer在反向互补后得到的序列仍然是它自身!而这是不能允许的,因为这将导致你无法区分某段序列的kmer到底是属于它自身还是说只是来自于它的互补链!!这将会给解组装的de Bruijn graph带来极大的困难 阅读全文

posted @ 2017-09-29 16:03 BioinformaticsMaster 阅读(1437) 评论(0) 推荐(0)

SOAPnuke 1.5.6
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posted @ 2017-09-26 15:52 BioinformaticsMaster 阅读(12) 评论(0) 推荐(0)

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