2013年8月17日

摘要: 最近开始做NGS的分析,数据明显更大,在自己的机子上面做有些不现实了,需要登录高性能计算机。1. 目录结构:home directory: /auto/rcf-40/USERNAME -- only 1 GBproject directory: /home/rcf-proj/cy/USERNAME -- 100 GB 所以主要在这个目录下面操作!2. screen 命令使用hpcc的一个很重要的命令是screen如果不使用screen命令的话,那么你在跑任务的时候需要一直开着terminal(according to QY)。那么,如何只是让它跑着,却可以安心把terminal关掉而不管它呢? 阅读全文
posted @ 2013-08-17 01:44 Forever_YCC 阅读(376) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年8月16日

摘要: 对于ubuntu系统,我直接使用下面的命令:$ ssh-keygen # 会马上显示一些选项,然后进行选择$ ssh-copy-id user@host #将生成的密码发到远程主机上面非常简单,以后远程登录不用输密码了!对于Mac系统,ssh-copy-id 命令不能直接用。但是也很简单:cd ~/.ssh,你就可以看到你刚才生成的密钥对,id_rsa是私钥,id_rsa.pub是公钥。下一步,就是把公钥拷贝到目标主机上,可以使用sftpsftp user@hostput ./ssh/id_rsa.pub ./ssh将id_rsa.pub的文件内容,写到一个叫authorized_k... 阅读全文
posted @ 2013-08-16 02:32 Forever_YCC 阅读(224) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年8月10日

摘要: 虽然大学阶段曾经学过C++, matlab等编程,但是真的几乎完全还给了老师~所以,我一直将R 作为自己真正学习的第一门语言。我从2012年初在来美国的第二个rotation中开始接触到了R。当时不要说编程,就是对计算机都是了解极少。买计算机的时候开始把计算机的配置什么都了解,后来又自己买内存升级自己的小本。再后来计算机出了点问题,拆开机箱,也曾拆开笔记本。扯远了~~~~~其实现在想想当时对计算机真的就是很白痴的。第一个rotation过完以后,算是对R入门了。于是开始写更多的代码。哪个时候写个一百多行的脚本便觉得不得了了~~~~ 其实现在看来,当时那些脚本就是把一行一行的命令堆起来,实在不能 阅读全文
posted @ 2013-08-10 02:11 Forever_YCC 阅读(1079) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年8月7日

摘要: 1. 如果要删除目录,rmdir or rm -d 或许可以删除空目录,但是只有rm -R 可以把目录以及其内容连带删除!2. 查看文件大小:ls -l --block-size=G 还可以换成MB#or ls -lh3. mac中使用sudo user:sudo -s然后输入你的用户密码(不是master code)即可!4. 截取部分文件截取行: head -100 file.txt > top_100_row.txt 同理可用tail截取 还可使用grep进行行的选择截取列: cut -f1-10 -d',' file.txt > top_10_column. 阅读全文
posted @ 2013-08-07 08:14 Forever_YCC 阅读(265) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年7月4日

摘要: HaploView is a program that is used to visualize the LD blocks of SNPs.What I need to do is the following:File >> New Data >> HapMap Download >>then type in the genomic location : chromosome, start and end --- be careful to use Hg18, NOT hg19!Then you can export the plots like this 阅读全文
posted @ 2013-07-04 08:26 Forever_YCC 阅读(489) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: First step, installation:download from UCSC genome browserchmod + xSecond, very important: to download the "Chain File".What is "chain file"? --- to transfer the gene data from one build to another . for example, from hg19 to hg18Third, do like this:liftOver oldfile chain_file ne 阅读全文
posted @ 2013-07-04 08:20 Forever_YCC 阅读(2150) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年6月1日

摘要: 最近要使用circos,分别在ubuntu和mac上面安装了~~还是遇到了一些麻烦的。 Ubuntu 和mac上面基本上都是一样地 ~ 什么都不说了,直接下载,解压,然后cd到文件夹的 bin/目录中 ./test.modules 如果显示都安装没问题,就好。否则,还要继续到CPAN上面下载需要的包 阅读全文
posted @ 2013-06-01 06:20 Forever_YCC 阅读(1043) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年5月22日

摘要: I didn't realize that bash is so useful until recently.Just a minute before, I'm still a guy who just know some basic linux commands such as: cd, cp, pwd...However, from now on, I'll begin to learn shell programming!The problem I want to solve is:I want to get the first 3 columns of a bu 阅读全文
posted @ 2013-05-22 09:41 Forever_YCC 阅读(190) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年5月17日

摘要: UCSC 的genome browser 中提供很多小程序,但是却没有告诉怎么安装。很简单:1. 打开terminal, cd到目录,将程序变为可执行的("+"是添加特性的意思)!chmod +x program2. 在.bashrc 中添加该程序的路径:注意,是该程序所在文件夹, eg. PATH = $PATH:/Users/foreverycc/Programs 而非:PATH = $PATH:/Users/foreverycc/Programs/bigBedToBed --这样做没有用3. source一下.bashrc后即可在terminal上面使用命令行 big 阅读全文
posted @ 2013-05-17 06:42 Forever_YCC 阅读(783) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年5月4日

摘要: 最近需要用到FunciSNP包来帮处理一些SNP的数据。最开始感觉这个package有些复杂,后来才发现其实很简单,只要两个input文件即可。这个package的主程序为:getFSNPs(snp.regions.file = "SNP file path", bio.features.loc = "Biofeature directory path")SNP file path 就是你的SNP文件所在的path。 SNP文件需要三列的格式 V1 V2 V31 11:123352 rs234546432 EUR分别代表:chromosome:locat 阅读全文
posted @ 2013-05-04 06:56 Forever_YCC 阅读(550) 评论(6) 推荐(0) 编辑

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