2013年10月5日

摘要: 不管在R 还是python中,都有现成的函数来轻而易举地进行全排列(Permutation)、无序排列等等。今天想要尝试一下使用自己写代码来实现全排列。首先,我采用的算法如下:对于一个数列 i.e. 1,2,3,4 想要进行全排列:在第一个位置可以放入1 ,2,3,4如果第一个位置为1, 第二个位置则 只能放 2,3,4 ...如果第一、二个位置为1,2, 第三个位置只能放3 or 4 大致思路:第一次:[[1],[2],[3],[4]]第二次:[[[1],[2]],[[1],[3]],[[1],[4]],...]第三次:[[[1],[2],[3]],[[1],[2],[4]],[[1],[. 阅读全文
posted @ 2013-10-05 15:27 Forever_YCC 阅读(6504) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年10月3日

摘要: 不知道为什么重装一次ubuntu后无法自动挂载优盘,只好手动:sudo mount /dev/sdb1 /media/YCC_FD/注意,这里优盘是sdb 而非sda查找自己优盘在什么地方,可以在插入前后检查:ls /dev/ |grep sd发现不同的区域则是优盘的区域!我的机子上面是sdb1 阅读全文
posted @ 2013-10-03 04:09 Forever_YCC 阅读(270) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年9月28日

摘要: First, we need to find a "Rprofile" document.locate RprofileThen we find Rprofile document and open it and then edit it:we must find a code block start with "first":.First.sys <- function(){library(scales) ###We can insert the packages we want to load when R starts here!!!for( 阅读全文
posted @ 2013-09-28 06:36 Forever_YCC 阅读(280) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年9月9日

摘要: 发现这种结构很实用:while True: expression .... if condition: expression break 好吧,我承认我是菜鸟~ 阅读全文
posted @ 2013-09-09 00:34 Forever_YCC 阅读(155) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年9月8日

摘要: 最近刚刚开始学python的OOP,感觉不太适应。一些很简单的程序也卡了好半天才能调好~其中的一个错误是:将两个不同的类的方法互相调用,结果走进死循环~另外就是debug的时候,不要在那里空空地望着代码,空想。要拿起纸和笔进行分析,看看自己哪里做的不对,怎样改进! 阅读全文
posted @ 2013-09-08 10:19 Forever_YCC 阅读(188) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年9月7日

摘要: Today I also used Sed to do some relatively complex job. So I used regular expression. However, the expression in Sed is a little bit different from normal Regexp, especially the "(". There is no need to write it as "\(", the solely "(" is OK!#!/bin/bashcd /Volumes/Maci 阅读全文
posted @ 2013-09-07 09:49 Forever_YCC 阅读(637) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: sed最常用的用法莫过于替换文件,然而其默认的模式是直接输出在shell中sed 's/Old/New/' My_File.txt如果我们想要sed直接在文件中更改,只需要在sed后面添加 -i 或 -ig即可sed -i 's/Old/New' My_File.txt在mac中需要添加 -ig才能够执行~ anyway,很简单的,试一下就好了~ 阅读全文
posted @ 2013-09-07 08:06 Forever_YCC 阅读(20681) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年9月6日

摘要: 从今年起开始学习python,最开始是听得MIT的那门公开课,然后又看了一本入门的书籍。但是总是没有觉得python很好用。可能的原因现在想起来是:IDE始终找不到顺手的,另外R用得太舒服了~anyway,最近两天终于感觉有所突破,真的是一种突跃的感觉,非常好!原因嘛,第一,确定Eclipse为IDE,但是没有adjust过的Eclipse并不好用,最近把Eclipse调整了一下,熟悉了一下,发现真的非常棒!第二,列表解析的掌握:之前总是不喜欢列表解析,觉得很难理解,最近忽然 理解了~ 而且越发地觉得好用。使用列表解析的一个非常大的好处就是:R中使用的是向量化运算,而python中没有向量化的 阅读全文
posted @ 2013-09-06 02:01 Forever_YCC 阅读(514) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年8月21日

摘要: 之前一直使用eclipse中默认的console。但是这个console并不是interactive的,如果数据比较小的时候还行,数据量一旦很大,则每次调试都需要重新再跑一遍程序,从而浪费很多时间。终于发现pydev还有interactive console的mode。在console端有一个 添加console的选项,点击选择pydev console,即打开了一个console,可以往里面随便敲入命令。而若想将脚本导入该console只需:ctrl + alt + enter若只想导入部分脚本,则选择上该部分脚本,重复ctrl + alt + enter 即可。非常方便!plus,ecli 阅读全文
posted @ 2013-08-21 05:57 Forever_YCC 阅读(4113) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2013年8月20日

摘要: 两种RNA seq的基因表达量计算方法:1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的。RSEM据说比RPKM更有优势。anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:) 阅读全文
posted @ 2013-08-20 08:25 Forever_YCC 阅读(2477) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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