摘要： 
解决Python编程中可能出现的“段错误（核心已转储）”，并没有其他任何提示信息的问题。 阅读全文
解决Python编程中可能出现的“段错误（核心已转储）”，并没有其他任何提示信息的问题。 阅读全文
摘要： 
本文介绍了最新的一些分子力场中有可能使用到的1-5相互作用——双二面角耦合项的计算。而常规的计算方式是，通过量化的计算得到每一个Residue的α碳对应的两个二面角的数值在空间中的离散化数值。然后在分子模拟的过程中使用插值的方案，对相关的条目进行计算，例如使用双三次样条插值。但其实这种插值算法的使用有可能导致一些其他的问题，比如深度学习中可能会经常提到的“过拟合”问题。由于这个条目本身就只是一个修正项，从数值大小上来说并不算大，因此这些细节是否需要优化还有待商榷。 阅读全文
本文介绍了最新的一些分子力场中有可能使用到的1-5相互作用——双二面角耦合项的计算。而常规的计算方式是，通过量化的计算得到每一个Residue的α碳对应的两个二面角的数值在空间中的离散化数值。然后在分子模拟的过程中使用插值的方案，对相关的条目进行计算，例如使用双三次样条插值。但其实这种插值算法的使用有可能导致一些其他的问题，比如深度学习中可能会经常提到的“过拟合”问题。由于这个条目本身就只是一个修正项，从数值大小上来说并不算大，因此这些细节是否需要优化还有待商榷。 阅读全文
摘要： 
本文主要介绍了如何使用Amber来计算一个给定分子构象的pdb文件的单点势能值。基本流程可以分为三个步骤：首先从力场文件中去寻找对应于输入构象的力场参数，然后配置一个执行参数文件，最后使用这些保存下来的文件来计算分子单点能。 阅读全文
本文主要介绍了如何使用Amber来计算一个给定分子构象的pdb文件的单点势能值。基本流程可以分为三个步骤：首先从力场文件中去寻找对应于输入构象的力场参数，然后配置一个执行参数文件，最后使用这些保存下来的文件来计算分子单点能。 阅读全文
摘要： 
解决使用Jupyter Notebook打开ipynb文件时报错'500 : Internal Server Error'的问题，亲测可用。 阅读全文
解决使用Jupyter Notebook打开ipynb文件时报错'500 : Internal Server Error'的问题，亲测可用。 阅读全文
摘要： 
当我们需要优化程序性能的时候，首先我们就需要了解程序的主要耗时模块在哪里，也就是通常所谓的决速步，或者瓶颈模块，这样就可以有针对性的去进行优化。在MindSpore相关的程序中，我们可以使用MindInsight这一强力的性能分析可视化工具来进行分析。该工具会给出每个算子的调用次数以及总耗时等参数，能够给性能优化带来不少重要的参考。 阅读全文
当我们需要优化程序性能的时候，首先我们就需要了解程序的主要耗时模块在哪里，也就是通常所谓的决速步，或者瓶颈模块，这样就可以有针对性的去进行优化。在MindSpore相关的程序中，我们可以使用MindInsight这一强力的性能分析可视化工具来进行分析。该工具会给出每个算子的调用次数以及总耗时等参数，能够给性能优化带来不少重要的参考。 阅读全文
摘要： 
本文主要介绍了在MindSponge中使用SETTLE和Lincs约束算法的方法，以及相关算法的简单原理。SETTLE约束算法主要应用于水分子体系，限制的是一个等腰三角形的拓扑结构，特点是可并行，性能较好。Lincs约束算法更多的被应用在蛋白质体系，主要限制的是每一个共价键的键长，特点是适用体系比较灵活，但总体计算量较大，且不可并行化。 阅读全文
本文主要介绍了在MindSponge中使用SETTLE和Lincs约束算法的方法，以及相关算法的简单原理。SETTLE约束算法主要应用于水分子体系，限制的是一个等腰三角形的拓扑结构，特点是可并行，性能较好。Lincs约束算法更多的被应用在蛋白质体系，主要限制的是每一个共价键的键长，特点是适用体系比较灵活，但总体计算量较大，且不可并行化。 阅读全文
摘要： 
在经过前面几篇博客的介绍之后，我们可以定义一些目标的分子体系，并且计算其单点能。而分子模拟的精髓就在于快速的迭代和演化，也就是本文所要介绍的迭代器相关的内容。在具备了分子系统、单点能和迭代器这三者之后，就可以正式开始进行分子动力学模拟。常见的模拟过程有：能量极小化、NVT恒温恒容过程、NPT恒温恒压过程以及NVE微正则系综，本文所涉及的主要是能量极小化以及NVT恒温恒容过程，更多的模拟方法有待大家一起研究探讨。 阅读全文
在经过前面几篇博客的介绍之后，我们可以定义一些目标的分子体系，并且计算其单点能。而分子模拟的精髓就在于快速的迭代和演化，也就是本文所要介绍的迭代器相关的内容。在具备了分子系统、单点能和迭代器这三者之后，就可以正式开始进行分子动力学模拟。常见的模拟过程有：能量极小化、NVT恒温恒容过程、NPT恒温恒压过程以及NVE微正则系综，本文所涉及的主要是能量极小化以及NVT恒温恒容过程，更多的模拟方法有待大家一起研究探讨。 阅读全文
摘要： 
本文主要衔接前面的文章，继“MindSponge的安装与使用”、“MindSponge软件架构”以及“MindSponge中定义一个分子系统”系列文章之后，再讲解一下如何根据一个定义好的分子系统进行力场建模，使用力场来计算单点能，就是一个比较简单的案例。 阅读全文
本文主要衔接前面的文章，继“MindSponge的安装与使用”、“MindSponge软件架构”以及“MindSponge中定义一个分子系统”系列文章之后，再讲解一下如何根据一个定义好的分子系统进行力场建模，使用力场来计算单点能，就是一个比较简单的案例。 阅读全文
摘要： 
本文通过解析MindSponge的源码实现，详细介绍了在MindSponge中Molecule基础分子类的内置属性和内置函数，以及三种相应的分子系统定义方法：我们既可以使用yaml模板文件来定义一个分子系统，也可以从mol2和pdb文件格式中直接加载一个Molecule，还可以直接使用python列表的形式传入一些手动定义的内容，直接构建一个Molecule。有了最基础的分子系统之后，后面就可以开始定义一些能量项和迭代器，开始分子动力学模拟。 阅读全文
本文通过解析MindSponge的源码实现，详细介绍了在MindSponge中Molecule基础分子类的内置属性和内置函数，以及三种相应的分子系统定义方法：我们既可以使用yaml模板文件来定义一个分子系统，也可以从mol2和pdb文件格式中直接加载一个Molecule，还可以直接使用python列表的形式传入一些手动定义的内容，直接构建一个Molecule。有了最基础的分子系统之后，后面就可以开始定义一些能量项和迭代器，开始分子动力学模拟。 阅读全文
摘要： 
分子模拟具有众多的应用场景，比如制药领域和材料领域，做好分子模拟的工作，可以极大程度上缩减新药物新材料的研发成本和研发周期。近几年随着GPT-4和Diffusion Model的大火，让大家意识到了AI已经具备了相当的解决问题的能力。因此基于AI的框架和模型，对比AI训练与分子模拟之间的共性，可以实现一个面向AI时代的分子模拟框架。本文主要介绍基于MindSpore框架实现的，MindSponge分子动力学模拟框架的软件架构。 阅读全文
分子模拟具有众多的应用场景，比如制药领域和材料领域，做好分子模拟的工作，可以极大程度上缩减新药物新材料的研发成本和研发周期。近几年随着GPT-4和Diffusion Model的大火，让大家意识到了AI已经具备了相当的解决问题的能力。因此基于AI的框架和模型，对比AI训练与分子模拟之间的共性，可以实现一个面向AI时代的分子模拟框架。本文主要介绍基于MindSpore框架实现的，MindSponge分子动力学模拟框架的软件架构。 阅读全文
摘要： 
本文主要介绍MindSponge框架的免安装使用和编译构建使用这两种使用方法，MindSponge是一款可以在MindSpore上进行分子动力学模拟的，模块化、高通量、端到端可微的下一代智能分子模拟程序库。通过MindSponge，我们可以在GPU上更加便捷的开发分子动力学模拟算法和应用，并且原生的支持神经网络力场和增强采样，使得我们可以用一个框架就完成绝大部分的分子模拟工作。 阅读全文
本文主要介绍MindSponge框架的免安装使用和编译构建使用这两种使用方法，MindSponge是一款可以在MindSpore上进行分子动力学模拟的，模块化、高通量、端到端可微的下一代智能分子模拟程序库。通过MindSponge，我们可以在GPU上更加便捷的开发分子动力学模拟算法和应用，并且原生的支持神经网络力场和增强采样，使得我们可以用一个框架就完成绝大部分的分子模拟工作。 阅读全文
摘要： 
在软件版本快速迭代的过程中，经常会遇到一些接口变化问题。而如果需要兼容旧版本的话，就需要使用到版本判断的方法。判断清楚版本号属于哪一个区间，再对不同的版本号区间采取不同的算法或者执行策略。Python中预先内置的LooseVersion就是一个很好的版本号比对工具，不仅仅可以对相同位数或者相同类型的版本号进行比对，还可以进行错位的版本号比对。当然，需要注意的是，LooseVersion中对于输入的版本号类型还是有要求的，比如版本号中的每一位的开头必须是一个数字，版本号的每一位都不能以字母开头，否则无法进行比对。 阅读全文
在软件版本快速迭代的过程中，经常会遇到一些接口变化问题。而如果需要兼容旧版本的话，就需要使用到版本判断的方法。判断清楚版本号属于哪一个区间，再对不同的版本号区间采取不同的算法或者执行策略。Python中预先内置的LooseVersion就是一个很好的版本号比对工具，不仅仅可以对相同位数或者相同类型的版本号进行比对，还可以进行错位的版本号比对。当然，需要注意的是，LooseVersion中对于输入的版本号类型还是有要求的，比如版本号中的每一位的开头必须是一个数字，版本号的每一位都不能以字母开头，否则无法进行比对。 阅读全文
摘要： 
这篇文章主要介绍在Linux平台下安装开源版PyMol的简单方法。由于官方主要提供商业版的安装方法，而提供whl安装包的平台也只有Windows系统下的编译包。其实在Anaconda的库中是有提供pymol的开源版本的，这里借这篇文章顺便推广一下。 阅读全文
这篇文章主要介绍在Linux平台下安装开源版PyMol的简单方法。由于官方主要提供商业版的安装方法，而提供whl安装包的平台也只有Windows系统下的编译包。其实在Anaconda的库中是有提供pymol的开源版本的，这里借这篇文章顺便推广一下。 阅读全文
摘要： 
本文主要介绍了在numpy的框架下实现的分子内坐标的计算，类似的方法可以应用于MindSpore和Pytorch、Jax等深度学习相关的框架中。分子的内坐标，可以更加直观的描述分子内的相对运动，通过键长键角和二面角这三个参数。 阅读全文
本文主要介绍了在numpy的框架下实现的分子内坐标的计算，类似的方法可以应用于MindSpore和Pytorch、Jax等深度学习相关的框架中。分子的内坐标，可以更加直观的描述分子内的相对运动，通过键长键角和二面角这三个参数。 阅读全文
摘要： 
使用Git工具进行异步开发的优点是非常显而易见的，在开发效率和版本管理上得到非常大的进步。当然异步开发过程中也难免会遇到一些开发冲突，比如两个人同时修改了同一个文件，那最终仓库上的版本肯定只能保留一个版本，因此在pull下来的过程中就会提示合并冲突。此时可以使用PyCharm中的专业合并冲突解决工具来进行处理，该工具首先可以在界面上列举出来所有包含冲突的文件，其次是支持diff的界面，并且可以直接在界面上进行代码修改。通过三个界面上的代码可以清晰的看到异步开发过程中的不同修改，以及冲突发生前的最后一个版本，使用起来逻辑清晰操作简单，十分推荐。 阅读全文
使用Git工具进行异步开发的优点是非常显而易见的，在开发效率和版本管理上得到非常大的进步。当然异步开发过程中也难免会遇到一些开发冲突，比如两个人同时修改了同一个文件，那最终仓库上的版本肯定只能保留一个版本，因此在pull下来的过程中就会提示合并冲突。此时可以使用PyCharm中的专业合并冲突解决工具来进行处理，该工具首先可以在界面上列举出来所有包含冲突的文件，其次是支持diff的界面，并且可以直接在界面上进行代码修改。通过三个界面上的代码可以清晰的看到异步开发过程中的不同修改，以及冲突发生前的最后一个版本，使用起来逻辑清晰操作简单，十分推荐。 阅读全文