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摘要: 文件test如下所示: 1. 如果echo的变量加上双引号(例如"$need1"),那么就能保留变量的换行符: while IFS= read -r line do need1=`echo "$line" | awk '{print $6}' | tr "," "\n"` echo "$need1" 阅读全文
posted @ 2022-06-29 17:17 橙子牛奶糖 阅读(902) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 执行以下代码时出现的报错: .calcFactorQuantile <- function (data, lib.size, p=0.75) #Generalized version of upper-quartile normalization { f <- rep_len(1,ncol(data 阅读全文
posted @ 2022-06-17 10:43 橙子牛奶糖 阅读(2138) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 运行以下命令时出现的报错: nohup snakemake -s workflow.py --configfile=file.yaml --rerun-incomplete --cores all & 解决方案,加上--unlock参数。如下所示: nohup snakemake -s workfl 阅读全文
posted @ 2022-06-14 09:46 橙子牛奶糖 阅读(594) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 刚发现使用dplyr包进行group_by分析不管用了。 library(dplyr) library(plyr) comallte=comall %>% group_by(A,B,C,D) %>% summarise(median=median(E)) 后面发现是因为plyr和dplyr冲突了。 阅读全文
posted @ 2022-06-13 11:28 橙子牛奶糖 阅读(347) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20220522 一、精细解读文献 一 文献题目: Single-nucleus chromatin accessibility profiling highlights regulatory mechanisms of coronary artery disease risk 不想 阅读全文
posted @ 2022-05-22 23:05 橙子牛奶糖 阅读(429) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20220515 一、精细解读文献 一 文献题目: Multi-ancestry genetic study of type 2 diabetes highlights the power of diverse populations for discovery and transl 阅读全文
posted @ 2022-05-16 09:46 橙子牛奶糖 阅读(242) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 现假定有数据框df,如下所示: 1. 我们想把B列的4、5、6全部替换为Active,B列其他数字全部替换为repressed,则可以使用如下命令: library(dplyr) df <- data.frame(A = rep(1:5,2), B = rep(4:8,2), C = rep(11: 阅读全文
posted @ 2022-05-12 16:08 橙子牛奶糖 阅读(6329) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20220508 一、精细解读文献 一 文献题目: Plasma proteome analyses in individuals of European and African ancestry identify cis-pQTLs and models for proteome- 阅读全文
posted @ 2022-05-08 20:44 橙子牛奶糖 阅读(269) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 本周最新文献速递20220423 一、精细解读文献 一 文献题目: Nonlinear control of transcription through enhancer–promoter interactions 不想看英文题目: 增强子-启动子相互作用的非线性转录调控 杂志和影响因子: Natu 阅读全文
posted @ 2022-04-23 22:46 橙子牛奶糖 阅读(208) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter all.snp文件如下所示: 阅读全文
posted @ 2022-04-21 15:03 橙子牛奶糖 阅读(1625) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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