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周末，参加了一场马拉松。 相较于上次，速度提升了一点，还是比较满意的，毕竟全程我都在压着心率跑。 奖牌长这样，挺丑的，其实~ 阅读全文
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1、scDRS的计算原理如下所示： 图片来源：Zhang M J, Hou K, Dey K K, et al. Polygenic enrichment distinguishes disease associations of individual cells in single-cell RN 阅读全文
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运行以下脚本时出现的报错IOError: Could not open Corces_ATAC_1000Gv3_ldscores/Corces_ATAC.1.1.l2.ldscore[./gz/bz2]： ldsc.py \ --h2-cts UKBB_BMI.sumstats.gz \ --ref 阅读全文
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LDSC 除了可以计算基因多效性、遗传度、遗传相关性,还可以计算不同的功能注释对表型的遗传度贡献，即 Partitioned Heritability 分析。下面具体讲讲怎么分析。 1 下载数据 wget -c https://storage.googleapis.com/broad-alkesgr 阅读全文
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使用以下命令时出现的报错： cellranger count --fastqs=${fastq_dir} \ --transcriptome=${ref_dir}/Human_index \ --localcores=30 \ --sample=file1,file2 \ --id=disease 阅读全文
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做GSEA分析的时候遇到的报错：GSEA analysis... Error in serialize(data, node$con) : error writing to connection 解决办法是重启RStudio :D 阅读全文
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解决方案如下： top -u 用户名 ll /proc/PID kill PID 举个例子： top -u wychen 查看进行30292在运行什么： ll /proc/30292 杀掉进程30292 kill 30292 阅读全文
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运行以下命令时出现报错： python ldsc.py --h2 file.sumstats.gz --ref-ld-chr baseline.,eQTL. --w-ld-chr weights.hm3_noMHC. --overlap-annot --print-coefficients --fr 阅读全文
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原始数据如下所示： 现在想对第一列和第二列进行排序，得到如下结果： 则可以使用代码：sort=ori[order(as.numeric(sub("\\chr+", "", ori$V1)),ori$V2),] 阅读全文
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当数据中存在单引号时，如下所示： 当使用命令class <- read.table("file",header=T,sep="\t")读取时，就会出现如下所示情况： 所以，正确的读取方式是：class <- read.table("file",header=T,sep="\t",quote = "" 阅读全文