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摘要: 升级了dplyr后运行命令inter=inter %>% rename("gene"="V4") 就一直报错:Some 'from' names in value not found on 'x',如下所示: Error in rename(., gene = "V4") : Some 'from' 阅读全文
posted @ 2023-04-14 21:03 橙子牛奶糖 阅读(230) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: ![](https://img2023.cnblogs.com/blog/812148/202304/812148-20230412150112211-447741850.png) ### NA表示缺失项是数值型; ### \表示缺失项是因子型; ### NaN表示缺失项为非数值型; >来源:htt 阅读全文
posted @ 2023-04-12 15:04 橙子牛奶糖 阅读(156) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 运行代码如下所示: cwy= spread(cwy,key = "group",value = "p") 报错原因是group存在重复。举个例子,以下数据就会出现报错: id group p id1 A 222 id1 A 333 id1 B 444 id1的group-A存在两个数值:222和33 阅读全文
posted @ 2023-03-09 17:19 橙子牛奶糖 阅读(1051) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 在ggplot2中需要对列名为CWY的变量进行画图,但是CWY是一个字符串,如下所示: colnames(all)[1] [1] "CWY" 因此如果用以下命令出现报错: ggplot(all,aes(colnames(all)[1],colnames(all)[2]))+ stat_boxplot 阅读全文
posted @ 2023-02-21 15:19 橙子牛奶糖 阅读(197) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 运行以下命令时: stat.test <- all %>% wilcox_test(colnames(all)[1] ~ colnames(all)[2]) %>% adjust_pvalue(method ="BH") %>% add_significance("p.adj") stat.test 阅读全文
posted @ 2023-02-21 14:30 橙子牛奶糖 阅读(144) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 使用命令${bin}/liftOver ${data}/hg19.bed ${bin}/hg19ToHg38.over.chain.gz ${data}/hg38.bed ${data}/hg38Unmap.bed对基因组坐标进行位置转换时,发现全部是Deleted in new的报错。 报错如下所 阅读全文
posted @ 2023-02-20 21:06 橙子牛奶糖 阅读(74) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: mtag (Multi-Trait Analysis of GWAS)作用:通过对多个表型相似的GWAS summary结果进行联合分析,发现更多的表型相关基因座。 以抑郁症状、神经质和主观幸福感这三个表型为例,分别对他们进行GWAS分析,鉴定得到32、9 和 13个基因座与它们相关。当将这三者进行 阅读全文
posted @ 2023-02-14 21:29 橙子牛奶糖 阅读(796) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 报错原因:安装的libgfortran是3.0.0-1版本,但是调用libgfortran的软件需要的是1.0-0版本,因此重新安装即可:conda install libgfortran==1 阅读全文
posted @ 2023-02-03 20:20 橙子牛奶糖 阅读(171) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 使用命令时出现报错: count3 = read.table("summary.txt",header=T,sep="\t") count3[is.na(count3)] <- "rs111" In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = "rs111") : 阅读全文
posted @ 2023-01-12 10:38 橙子牛奶糖 阅读(204) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: For continuous traits, the effective sample size is the total sample size; For binary traits, the effective sample size is Ncase*Ncontrol/(Ncase+Ncont 阅读全文
posted @ 2023-01-03 20:37 橙子牛奶糖 阅读(262) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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