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1 # coding:utf-8 2 3 s = """ 4 Have you thought about what you want people to say about you after you’re gone? Can you hear the voice saying, “He wa... 阅读全文
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I have got ourde novoassembled transcriptome annotated usingSma3s(Sequence Massive Annotation With 3 modules) againstUniProt plant taxonomic division(... 阅读全文
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主要是运行trinity的时候报错，提示gcc版本太低，又没有root权限，所以就查找了下没有root权限安装gcc，以及依赖的软件从svn checkout svn://gcc.gnu.org/svn/gcc/trunk拿了GCC的最新代码，打算编译了学东西习学习C++ 11的东西，结果在conf... 阅读全文
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转载的一篇关于blastall的文章，在使用的时候，还是要对应的看每个参数的意思，切记blast的运行分为两个步骤：第一，建立目标序列的数据库；第二，做blast比对。1、运行建库程序formatdb:建库的工程是建立目标序列的索引文件，所以程序是formatdb。程序允许的输入格式是FASTA或者... 阅读全文
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This page was last updated on Wednesday, 22-Jan-2014 16:11:26 CSTInstallation notes for tRNAscan-SE version 1.3.1 (January 2012)Home PagePrerequisites... 阅读全文
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InterProScan的三种使用方法Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能。是EBI开发的一个集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余数据库。Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库，并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和GO注释。以下... 阅读全文
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1. Trinity进行转录组组装Trinity进行转录组组装的典型命令如下:$ /opt/biosoft/trinityrnaseq_r20131110/Trinity.pl --seqType fq --JM 50G\ --left sample1_1.clean.fastq sample2_1.clean.fastq\ --right sample1_2.clean.fastq sample2_2.clean.fastq\ --jaccard_clip --CPU 6 --SS_lib_type FR–JM后的参数设定与转录组的大小有关，在内存足够的情况下，设定大点能节约时间；–left 阅读全文
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原文：http://www.biostars.org/p/53528/This tutorial also serves as the supporting information for Lecture 9 of the course titledAnalyzing High Througput Sequencing Dataoffered at Penn State.Within this tutorial we compare the efficiency and characteristics of several software tools designed to filter F 阅读全文
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一、mirDeep2安装下载和解压wget http://mdc.helmholtz.de/38350089/en/research/research_teams/systems_biology_of_gene_regulatory_elements/projects/miRDeep/mirdeep2_0_0_5.zipunzip mirdeep2_0_0_5.zip如果用mirDeep2自带的install.pl安装会遇到下载的文件不存在的情况，比如bowtie那么你需要自己安装几个软件。解压后的路径下面有个README里面详细介绍了如何自行安装mirdeep2。不过有些细节需要修改。首先， 阅读全文
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PASA的安装，配置与主程序使用参数1. PASA简介PASA, acronym forProgram toAssembleSplicedAlignments, is a eukaryotic genome annotation tool that exploits spliced alignments of expressed transcript sequences to automatically model gene structures, and to maintain gene structure annotation consistent with the most recent 阅读全文