工作站centos系统的安装---网卡驱动问题

摘要: 问题:安装centos7后,怎么配置网络,都不行,链接不上。 问题解决: 1. 安装好centos7 64位桌面版后(其他版本同样适用),执行 # ifconfig,查看没有相应的网卡信息,说明网卡驱动的信息没有。 2. 查看网卡驱动型号。 # lspci | grep -i ethernet 显示 阅读全文
posted @ 2020-11-21 01:29 原生態 阅读(1410) 评论(0) 推荐(0) 编辑

基因或蛋白富集分析,gsea与ssgsea

摘要: 大家应该对通路富集分析都很熟悉,如DAVID、超几何富集分析等。都是在大量文章中常见的通路富集方法,给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA(gene set variation analysis)与gsea选择。GSVA是一种非参数的无监督分析方法,主要用来评估芯片核转录组的基 阅读全文
posted @ 2020-07-05 12:40 原生態 阅读(9463) 评论(0) 推荐(0) 编辑

UniProt数据库怎么看

摘要: 由于蛋白质组学的发展,使得蛋白质数据库也日益丰富,数据库的专一性及综合性均增强,而且,通过超文本的链接,可以使多个数据库进行相互的衔接。目前,关于蛋白质的结构,蛋白质质谱等数据库均较多,今天就来讲讲使用频率最高且冗余度最低的uniprot数据库。 拿到蛋白质组学鉴定结果后,看懂数据库当然是第一步的。 阅读全文
posted @ 2020-06-21 18:32 原生態 阅读(2474) 评论(0) 推荐(1) 编辑

蛋白组学之外泌体

摘要: 1. 外泌体研究背景: 胞外囊泡是从细胞膜上脱落或者由细胞分泌的具有双层膜结构的囊泡状小体,主要由微囊泡、凋亡小体、外泌体组成。而外泌体是其中一类小囊泡,直径为30~150nm,密度1.10~1.18 g/ml,可携带核酸、蛋白质质和脂质等,存在于血液、唾液、尿液等多种体液中。 越来越多的研究证实, 阅读全文
posted @ 2020-03-26 11:09 原生態 阅读(2331) 评论(0) 推荐(1) 编辑

蛋白组学定量值得比较说明

摘要: 1. Maxquant的iBAQ和LFQ,该用哪个?我们使用Maxquant做Label Free蛋白质组学定量分析的时候,在Maxquant的参数设置时,会遇到两个参数,LFQ和iBAQ,那么,选择哪个好呢?如果你都选上,在最终的proteingroups.txt中,会出现三列:Intensity 阅读全文
posted @ 2019-10-21 13:04 原生態 阅读(14769) 评论(0) 推荐(2) 编辑

Significance A and B for protein ratios

摘要: 实验设计中,一般会做三个生物学重复来确保结果的准确性,尤其在下游分析中。但有时会遇到没有生物学重复,而又需要进行差异分析的情况,这时一般建议考虑foldchange即可,因为根本无法进行T-test等统计学方法嘛。但是如果必须要算一个P值(个人觉得没啥必要。。。),那么不同组学有各自处理的方法(虽然 阅读全文
posted @ 2019-05-04 22:04 原生態 阅读(1283) 评论(0) 推荐(0) 编辑

论坛网页的制作

摘要: Crossday Discuz! Board(简称 Discuz!)是北京康盛新创科技有限责任公司推出的一套通用的社区论坛软件系统。自2001年6月面世以来,Discuz!已拥有15年以上的应用历史和200多万网站用户案例,是全球成熟度最高、覆盖率最大的论坛软件系统之一。 利用Discuz构建社区论 阅读全文
posted @ 2017-08-11 16:38 原生態 阅读(891) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Linux下BLAST的使用---转载

摘要: 1、把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下;2、制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin;3、在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入e 阅读全文
posted @ 2016-09-27 17:23 原生態 阅读(2612) 评论(0) 推荐(0) 编辑

基因组测序、组装与分析总结

摘要: 1. 测序前的准备 搜集物种相关信息,比如基因组大小,杂合度, 1.1 获取基因组大小 基因组大小的获取关系到对以后组装结果的大小的正确与否判断;基因组太大(>10Gb),超出了目前denovo组装基因组软件的对机器内存的要求,从客观条件上讲是无法实现组装的。 一般物种的基因组大小可以从(http: 阅读全文
posted @ 2016-09-26 15:59 原生態 阅读(1854) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux 定时备份

摘要: 每部主机的任务都不相同,重要的数据也不相同,重要性也不一样,因此,每个人癿备份思考角度都不一样! 有些备份策略是非常有趣的;(1)挂载储存设备进行备份:挂载设备:备份的 script #!/bin/bash # ############################################... 阅读全文
posted @ 2015-09-20 17:07 原生態 阅读(264) 评论(0) 推荐(0) 编辑