1． 首先，两个服务器上SPS和WSS的版本号一定要一致。因为产品很可能会因为打了补丁、修复程序后而完善了数据结构造成了变化。
2． 但产品版本号的一致性检查，只是最基本的、也是一定要满足的必要条件，并非充分条件。如果版本号相同，却依然重现问题，就说明还是有些相关的、影响了数据库架构的补丁在两台机器上不一致。此时我们要仔细检查这些相关补丁的一致性。这是因为，WSS的补丁（包括SP1和后继补丁），是Windows的关键补丁，会在执行Windows自动更新时被自动安装上，即：有些补丁的安装可能连管理员都没有注意到。比如，您旧的SPS2003服务器，很有可能就已经通过Windows更新安装过了相关的补丁，而新的服务器，却只是通过自己手工下载安装了部分补丁（比如说只有WSS的SP1），例如这篇知识库文章中列出的相关修复补丁可能就没有打上：http://support.microsoft.com/?id=887981 。所以，这种情况下，会导致两台服务器上的WSS相关补丁不一致，最终导致需要用到WSS的SPS2003门户站点恢复失败。
3． 所以总体来说，分析的基本逻辑为：
a) 如果您的旧SPS服务器，尚没有打过SPS的SP1，此时您要检查一下它是否打过了WSS的SP1，这里又分：1）旧SPS服务器有没有启用Windows自动更新，如果有，则因为WSS SP1是包含在Windows更新中会被自动安装上，那么在新的服务器上，推荐也通过Windows自动更新执行相关补丁的安装；2）旧SPS服务器是通过手工安装途径，安装的WSS SP1和其他相关补丁，那么请在“添加/删除程序”中，比较安装上的补丁程序（通过KB号进行检查，一个补丁对应一个KB号），总之让两边都一致就可以了。3）旧SPS服务器没有打过WSS的SP1，此时新的服务器请务必暂且不要执行Windows更新操作以免WSS补丁会被自动安装上。
b) 如果您的旧SPS服务器，已经打过了SPS SP1（那么此时它就一定已经打过了WSS的SP1），那么也请遵照以上类似逻辑进行分析，打上了WSS的SP1和相应补丁。
总之，为安全和简单起见：建议您的旧服务器始终开启Windows自动更新，以保证它能获得最新的WSS补丁。然后，在新服务器上，直接执行Windows更新，它会把WSS的SP1和相关的补丁更新都打上。接着，再保证两边SPS的补丁一致。这样，当执行SPS的门户恢复时，就不会遇到因为WSS补丁版本不一致的缘故而遇到错误提示。
