基因富集分析
摘要：
immu_data<-load('E:\\dt.Tcell.Rdata') library(Seurat)immu_data<-dt.Tcell table(Idents(immu_data))q expr_all_ <- immu_dataIdents(expr_all_) <- expr_all 阅读全文
posted @ 2022-06-30 16:14 若流芳千古 阅读(179) 评论(0) 推荐(0) 编辑
生成文件的MD5文件
摘要：
certutil -hashfile .\refdata-gex-GRCh38-and-mm10-2020-A.tar.gz MD5 阅读全文
posted @ 2022-06-15 09:33 若流芳千古 阅读(119) 评论(0) 推荐(0) 编辑
码一个host文件解决访问github不稳定问题
摘要：
文件位置c:/windows/system32/divers/ect/host # Copyright (c) 1993-2009 Microsoft Corp. # # This is a sample HOSTS file used by Microsoft TCP/IP for Windows 阅读全文
posted @ 2021-11-12 11:26 若流芳千古 阅读(127) 评论(0) 推荐(0) 编辑
如何latex解决找不到宏包的问题
摘要：
首先在https://www.ctan.org/pkg/ragged2e下载对应的包，然后解压到文件，在当前文件中运行cmd，然后输入 latex XXX.ins 然后会生成对应的.sty文件，然后把这个文件拷贝到对应的文件目录下面就可以了 阅读全文
posted @ 2021-09-01 19:48 若流芳千古 阅读(1084) 评论(0) 推荐(0) 编辑
Latex 环境
摘要：
LaTeX将文章的排版以代码的形式呈现，这种方式很符合程序员以及科学工作者的审美和工作习惯，但如果强调太多LaTeX不常用的特性，会导致很多初学者望而却步，早早弃坑回归难用的word。同时，网上关于LaTeX的文档极多，还有大量多年未更新的博客，内容早已过时无法兼容现在的版本，很容易造成误导增加学习 阅读全文
posted @ 2021-04-15 08:59 若流芳千古 阅读(403) 评论(0) 推荐(0) 编辑
R aggregate 按照某一列分组对其他列求均值
摘要：
colnames(info_matrix) <- paste0("V",1:dim(info_matrix)[2]) spot_label <- as.numeric(spot_label) info_matrix <- cbind(info_matrix,spot_label) info_matr 阅读全文
posted @ 2021-04-06 08:51 若流芳千古 阅读(267) 评论(0) 推荐(0) 编辑
虚拟机环境
摘要：
https://blog.csdn.net/qq_23543983/article/details/80167980 https://jingyan.baidu.com/article/59a015e3929235b695886539.html 阅读全文
posted @ 2021-04-01 16:32 若流芳千古 阅读(61) 评论(0) 推荐(0) 编辑
[论文笔记] ：MetaCell: analysis of single-cell RNA-seq data using K-nn graph partitions
摘要：
论文是一种非参数方法将细胞分为不相交的细胞团，同时避免数据平滑 整个算法流程为: 1. 原始矩阵进行特征选择 2. 构建平衡KNN图：如果我们用传统的相似性网络作为基因的co-expr网络的时候，每个节点根据阈值的选择，不同节点的出度，入度都不一样，即每个节点的邻居节点个数是不确定的，这对于每个基因 阅读全文
posted @ 2021-03-19 17:00 若流芳千古 阅读(368) 评论(0) 推荐(0) 编辑
R语言里一些画图程序不能在循环里正常保存的解决办法
摘要：
R语言里一些画图程序不能在循环里正常保存的解决办法 这个目前只知其然不知其所以然，但是解决问题是可以的。 Seurat里的DimPlot画图，单独使用的时候没有问题，用pdf+dev.off()可以正常输出保存图片，但是放在循环里却无法实现，原因不明。 但是解决办法也很简单，加一个print函数就可 阅读全文
posted @ 2021-03-10 08:13 若流芳千古 阅读(2054) 评论(0) 推荐(0) 编辑
python 图片处理（更新）
摘要：
查看数据类型print(image.dtype)1unit8 转换成 float32先将图片转化为float32类型，再除以255，得到0-1之间的数 import numpy as npimage = image.astype(np.float32) / 25512float32 转换成 uint 阅读全文
posted @ 2021-03-09 19:52 若流芳千古 阅读(333) 评论(0) 推荐(0) 编辑
