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2022年12月18日 把我这里需要用的CRC disease models研究清楚。 第一个：Lgr5eGFP-IRES-CreERT2;ApcloxP-exon14-loxP(Lgr5Cre;Apcf/f) 第一部分解释Lgr5eGFP-IRES-CreERT2：这就是个transgenic m 阅读全文
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2023年04月30日 必须要补充的知识，否则你就是个搬砖的。 发现一个非常好的YT频道：ilovepathology 有个系列视频：NEOPLASIA NEOPLASIA-1: BASICS: Nomenclature: Benign, Malignant, Mixed tumors, terat 阅读全文
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都有哪些玩家？ 某个生物学方向（发育、免疫、癌症）的大佬，强在领域的深耕，先进的技术平台，能产生高质量的data，第一作者和通讯一般都是搞实验的，生信最多也就是个共一，文章容易冲击CNS。【掌握实验材料、临床样本、测序数据】 某个疾病（depression、SLE、HSCR）的遗传学家，主要就是借助 阅读全文
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持续添加~ 基因组学 2020 - NRG - The road ahead in genetics and genomics 2019 - NRG - RNA sequencing: the teenage years 【中文导读】 2021 - Nature - Closing in on a 阅读全文
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2023年01月28日 阿霉素（Dox）是一种广泛的肿瘤化学治疗药物，具有很高的心脏毒性。【经常会在cancer的paper里看到Dox- +处理】 2023年01月02日 Histology, also known as microscopic anatomy or microanatomy, i 阅读全文
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2023年05月05日 最常用的themes annotate("text", label = NES, parse = T, x = 10000, y = 0.2, size = 6, colour = "black", fontface = "plain") options(repr.plot. 阅读全文
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10x下游分析，比如splicing Converting 10x Genomics BAM Files to FASTQ 下载其专用工具：https://github.com/10XGenomics/bamtofastq/releases 还可以指定locus，精准分析，缺点就是无法保留barco 阅读全文
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2023年02月03日 换了个实验室，我还是唯一的搞生信的，但明显学习氛围非常浓厚，有实验的问题也基本能够得到解答，非常开心，开始深度学习实验技能。 先从质粒开始，plasmid。 Plasmids | Cloning vectors: Plasmids | Why do we use plasmi 阅读全文
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目的：对我们的单细胞多组学数据作此分析，看那个de-diff的TF的敲除能够逆转分化方向。 科研永远是追新者的天堂，不解释。 tutorial：Tutorial - Read the Docs https://github.com/morris-lab/CellOracle Dissecting c 阅读全文
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写在前面： 在获得同一个样本多种测序数据后，一个自然的目标就是整合，general的问题就是：表观是如何影响转录的？ 基本的数据种类： TF binding，ChIP-seq和Cut&Run Histone profile，ChIP-seq和Cut&Run Open chromatin，ATAC-s 阅读全文
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2023年05月17日 cut&run call出了太多的peak，大概6w个，但TF的丰度不如Histone mark，所以这些peak的质量是会被人质疑的。虽然我是把replicate合在一起call的，理论上的peak是更靠谱的，但到IGV里可视化时效果就没那么好了，除非你把bigwig文件合 阅读全文
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2023年05月25日 之前理解错了，ampicillin是可以杀细菌的。Ampicillin is a medication used to manage and treat certain bacterial infections. 而Puromycin则是用来杀细胞的。Puromycin is 阅读全文
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以中心法则为基础，操纵基因的表达，从而达到机制的探索和药物的开发。 目前手段非常之丰富 doxycycline inducible overexpression systems - 条件性基因过表达技术 参考： 针不戳！基因表达调控看完这篇就懂了 过表达都是相似的，敲除的方法却很多 科学家如何操纵基 阅读全文
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以前一直没有条件，曾一度想自己买个显卡搞DL，但没有时间，也没有支持，最后就不了了之了。 无论是NGS的genetics，还是NGS的single-cell，DL都是大有可为的，最近出现的chatgpt更是确信了这一点。 未来Deep learning将会成为生信的标准工具，这是大势所趋，不可阻挡。 阅读全文
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在我申请之前（6-8月），合作就已经开始了，估计是2022年1月，Cliff（Shirley组）在开发MIRA，已经到投稿阶段，而Nialy也已经在测序multi-omics了，就差人分析了。 multi-omics看似就是多了个ATAC-seq，但复杂度最少比单纯的RNA-seq多了5倍，Alle 阅读全文
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2023年01月12日 注意：要用conda进入r4p3进行开发。 发现了pkgdown可能更适配R包，而readthedocs则适合shell和Python。 用pkgdown来开发R包的网站，非常方便。 https://pkgdown.r-lib.org/ 用pkgdown为R程序包建立网站 准 阅读全文
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2023年01月19日 如何下载mm10的MT的SNP数据？ https://www.informatics.jax.org/snp - 这个没有mm10（GRCm38）的，只有GRCm39（mm39） Mouse Genomes Project: https://www.mousegenomes. 阅读全文
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We quantified this time dependent increase in basal-luminal mixing using entropy of cell-type probabilities, which robustly agrees with our per-sample 阅读全文
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2023年01月28日 Moreover, genomics often cannot distinguish “passenger” mutations from “drivers” that promote tumorigenesis and might be therapeutic targe 阅读全文
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除了刚接触10x的那会儿，还真没怎么亲自倒腾过fastq的制作。 正常从测序商那里拿到的应该是bcl的原始数据，需要自己做一步bcl2fastq。 后面大家都觉得这一步太麻烦了，没必要，所以大部分测序商也就自己做了。 这也是对的，生信分析的起点是fastq，不应该是bcl，数据保存的最原始格式也应该 阅读全文
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有的包在升级后函数和API就完全变了，甚至删除了一切原来的功能函数，这导致后面分析数据非常的畸形。 但没办法，接下了这样的项目，含着泪也得做出点东西出来，于是我就想同时把两个包装上。 python是肯定不行的，网上有一些教程，但都不能正常工作。 于是曲线救国，那我就把包下载到本地，然后用sublim 阅读全文
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transcription factor perturbation gene-sets 目的比较直接：我有个DEG基因集，我想要知道那个TF最有可能调控这个基因集。 Transcription factor perturbation gene ontology analysis (EnrichR) 阅读全文
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一个核心的矛盾就是有motif的TF只占我们知道TF的一半不到，那自然在做分析的时候，很多motif就被忽略了，我在想能不能构建一个de novo的DNA motif数据库，在分析数据时我们还能有另外一个选项。 必看综述：An algorithmic perspective of de novo c 阅读全文
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目前对peak的数据处理上，发现测序深度对peak的数量有很大影响，即使做了normalization也没办法，所以这里希望从原始的bam文件开始做downsampling。 参考一：Downsample BAM file to specific amount of reads input_dir= 阅读全文
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2023年02月20日 没想到已经两个月整了，感觉项目丝毫没有任何进展，不知道自己每天都在干什么！ 目前我对表观的数据已经有了比较深刻的认识了，cut&run的一个核心就是对IgG和spike-in进行校正，这是分析环节的最大门槛。 如果不对IgG进行校正，只任其跟随lib-size校正，那背景噪音 阅读全文
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常在河边走，哪能不湿鞋。 作为生信工作者，尤其是计算生物学，遇到BUG真的是不能太常见，能否顺利DEBUG是此行业工作者的基本功。 Mac MacMini M1芯片则有些包装不了，在osx-64上的包，无法在osx-arm64上安装。 注意：千万不要在M1的Mac上装M1的conda！！！【直接装x 阅读全文
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2023年05月04日 在搞懂DiffBind后就几乎没有用过deeptools，因为R可以用jupyter notebook，代码和结果方便撰写和保存。 但是，最近被怼了，质疑了我的peak calling，一个核心的问题就是macs call出来的peak太多了，有6万个左右，我觉得这个比较正常 阅读全文
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一般在传输过程中中断，fastq就会truncate，但仍然可以用zless或者zcat打开查看。 真到万不得已的时候还是要截取可以利用的部分，然后用bbmap修复一下。 bbmap repair.sh -Xmx14g in1=1.fq.gz in2=2.fq.gz out1=1_1.fq.gz o 阅读全文