摘要: 2024年02月01日 靶向药 有些靶点是因为mutation而被选择 Mutations in the tumor suppressor gene Adenomatous Polyposis Coli (APC) are found in 80% of sporadic colorectal ca 阅读全文
posted @ 2023-11-10 02:29 Life·Intelligence 阅读(75) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Tips: Atlas级别的数据,需要做加速处理,比如常见的marker鉴定,不要用seurat默认的函数,非常慢。 presto包的算法复杂度极低,再大的数据基本一分钟内就能出结果。 markers_rna <- presto:::wilcoxauc.Seurat(X = all.colon, g 阅读全文
posted @ 2023-08-15 04:41 Life·Intelligence 阅读(839) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 镇楼综述: Best practices for single-cell analysis across modalities - Nature Reviews Genetics - 2023 (https://www.sc-best-practices.org/preamble.html) 最新的 阅读全文
posted @ 2023-08-09 23:38 Life·Intelligence 阅读(344) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 2023年12月14日 实验动物常见的给药方式有:注射给药,灌胃给药,口服,鼻滴给药等多种。一般需要根据实验目的、动物种类及药物剂型、剂量等,选择合适的给药方式。 小鼠常见的给药方式: 皮下注射(Subcutaneous Injections,SC) 皮内注射(Intradermal Injecti 阅读全文
posted @ 2022-02-13 16:55 Life·Intelligence 阅读(1852) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 免疫治疗无效/耐药性的主要原因 抗原性较弱的肿瘤细胞将难以被免疫系统识别 参考:肿瘤对免疫治疗产生耐药性的原因 癌症的特点,恶性肿瘤和良性肿瘤 恶性肿瘤生长较快,有无止境性生长之说,易向周围组织扩散,容易发生转移,如不及时发现,诊断和治疗,常危及生命。 良性肿瘤则生长缓慢,可以多年不变,肿瘤周围都有 阅读全文
posted @ 2021-12-30 18:42 Life·Intelligence 阅读(1840) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 2024年01月18日 什么是纳米颗粒靶向静脉递送系统? 脂质纳米颗粒(Lipid nanoparticle, LNP) 2024年01月18日 抗体本来属于免疫学的内容,但因为应用过于广泛,所以必须学习。 大家都知道抗体就是与抗原特异结合的大蛋白,也知道抗体的Y型结构,那具体结构是如何呢? 几个问 阅读全文
posted @ 2021-03-10 16:24 Life·Intelligence 阅读(1555) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要: 2023年10月18日 barplot截取y轴,非常规操作。 You could try, with library(scales): + scale_y_continuous(limits=c(2000,2500),oob = rescale_none) 2023年09月20日 Seurat的vi 阅读全文
posted @ 2021-02-04 18:41 Life·Intelligence 阅读(2182) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 创建conda环境,安装必要软件 conda create -n wgs conda activate wgs conda install bioconda::bwa 下载最佳ref fasta gcloud storage cp gs://BUCKET_NAME/OBJECT_NAME SAVE_ 阅读全文
posted @ 2024-02-10 15:57 Life·Intelligence 阅读(28) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 工具篇:MAGeCKFlute - Integrative analysis pipeline for pooled CRISPR functional genetic screens 安装折腾了几个小时,debug核心,根据关键提示Google,筛选找到答案即可。 error: Error: pa 阅读全文
posted @ 2024-01-31 08:09 Life·Intelligence 阅读(26) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 最后merge一下 cat *_1_D7_1uM_1* index2/*_1_D7_1uM_1* > D7_1uM_1_1.fq cat *_1_D7_1uM_2* index2/*_1_D7_1uM_2* > D7_1uM_2_1.fq cat *_1_D7_DMSO_1* index2/*_1_ 阅读全文
posted @ 2024-01-10 01:08 Life·Intelligence 阅读(30) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 抗癌新药公布临床试验结果的必用图。 有时候在我们药的preclinical的文章里也会经常用到。 图的基本信息: bar图,y轴就是肿瘤体积变化百分比; bar是被sort过的,从高到低; x轴就是病人或者小鼠个体编号; 为什么这个图这么经典? 抗癌最重要的就是杀死癌细胞,看体积变化没毛病,所以y轴 阅读全文
posted @ 2024-01-09 07:21 Life·Intelligence 阅读(31) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 2024年01月05日 最近确实是生物科技行业的寒冬,砍管线、裁员,风险投资撤退,能平稳度过这段寒冬的都是强者了。 但居然还有人能在这寒冬里逆势而上,别人喝西北风,他们吃肉,让人不得不好奇,他们到底有什么特殊之处。 捕风捉影不如直接听当事人的想法,一语胜千言。 生物医药行业的周期 任何一个行业都是有 阅读全文
posted @ 2024-01-06 00:32 Life·Intelligence 阅读(26) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 名词解释: LC-MS - Liquid chromatography–mass spectrometry 液相色谱-质谱联用仪 CyTOF - Cytometry by time of flight - 质谱流式细胞技术 RIME - Rapid Immunoprecipitation Mass 阅读全文
posted @ 2023-12-14 06:29 Life·Intelligence 阅读(44) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 前言:新开一个标签-《热点》,强迫自己去学习一下领域的热点事件,精通是不太可能了,但最少要知道是个怎么回事。 科普: 什么是ADC?可以简单理解为抗体靶向+化疗杀伤的结合。 抗体偶联药物(antibody drug conjugates, ADCs)是一类将特异性单克隆抗体与细胞毒性药物通过接头偶联 阅读全文
posted @ 2023-12-12 13:19 Life·Intelligence 阅读(34) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 2023年12月14日 最近刷到一篇观点,与我之前写的不谋而合: 我,在西藏林芝,不配拥有肿瘤早筛 这个是一个领域从业者的角度写的,数据论证更加详实。 先说我个人的结论: 一个先提条件:(基于测序的)早筛价格大幅降低,且能有效高准确率的筛查出多癌种; 在此基础之上,需要政府大力推广,测序早筛(如cf 阅读全文
posted @ 2023-12-10 11:38 Life·Intelligence 阅读(23) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 类似genetics的mutation,生存分析也是significance的一个重要来源。 也是很多项目的起点,它可以回答“为什么你要研究这个基因?”。 SMYD5的高表达显著降低了gastric cancer的Survival,这是今天这个汇报的起点。 然后就是找下游的蛋白me3的target, 阅读全文
posted @ 2023-12-02 02:40 Life·Intelligence 阅读(31) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 示例paper:Retinoic acid signaling drives differentiation toward the absorptive lineage in colorectal cancer - 2021 常见的表型分析: Alkaline phosphatase/nuclear 阅读全文
posted @ 2023-12-01 01:31 Life·Intelligence 阅读(26) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 这算是wet lab实验室最为基本的技能了。 基因克隆,从Ecoli里提取质粒,不要忘了加RNase,否则在做gateway cloning的时候RNA会抑制LR反应。 不同用途的实验对DNA、RNA、Protein的纯度要求是不一样的,这你要自己去摸索,比如普通Lentivirus packagi 阅读全文
posted @ 2023-11-30 02:14 Life·Intelligence 阅读(67) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 代码: https://github.com/KosinskiLab/AlphaPulldown https://github.com/google-deepmind/alphafold 生物专业入坑教程:Alphafold的原理和展望 钟博子韬 | 钰沐菡 公益公开课 2023年12月09日 我就 阅读全文
posted @ 2023-11-23 04:34 Life·Intelligence 阅读(162) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 宝藏:春卷基因编辑专栏 2023年11月21日 理论上,我从23年6-7月开始做实验,最开始就是做CRISPR KO,后面也是shRNA、dTAG都做,但其实都没玩明白。 尤其是DFCI,看似顶级,其实有钱谁不会玩呢?国内要是有这么多资源、这样的视野,你DFCI还真玩不过,西湖大学就是个例子。 没有 阅读全文
posted @ 2023-11-22 04:50 Life·Intelligence 阅读(50) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 2023年11月17日 生物体不是简单的机械零件的堆积,而是一个灵动的整体,从细胞层面而言,就是神奇的细胞可塑性。 尤其是cancer cell,它无时无刻都在自我适应和进化,这其中是否涉及到一个统一的表观机制呢? Why cancer cell plasticity?Some cells can 阅读全文
posted @ 2023-11-18 03:13 Life·Intelligence 阅读(7) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 两种数据类型的转化 10x的数据就是以dataframe形式存储 R处理的数据大部分是matrix,可以用线性代数来解 工具 tidyr pivot_longer() pivot_wider() # tmp <- dep %>% # pivot_longer(cols = -`ModelID`, n 阅读全文
posted @ 2023-11-09 03:45 Life·Intelligence 阅读(19) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 2023年11月27日 Debug还是得靠自己,别人的建议仅供参考。 LR做了最少4遍,都没有靠谱的克隆出现。 一开始以为是Plasmid里RNA含量太高,稀释了DNA的含量,加了足量的Plasmid也不顶用。 只能去所用试剂的官网里找答案了:Gateway™ LR Clonase™ II Enzy 阅读全文
posted @ 2023-11-08 05:40 Life·Intelligence 阅读(21) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 载体病毒的质量至关重要,如果活性太弱,那DNA、RNA等就无法被被成功递送到细胞内,整个系统就不会工作了。 所以很多细胞基因治疗方案的瓶颈就在于载体。 在实验室里,我们一般用Lentivirus,其容量大、活性高、整合到genome表达稳定。 Lentivirus最好是现做现用,因为lab prot 阅读全文
posted @ 2023-11-02 00:10 Life·Intelligence 阅读(12) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: Co-IP全称Co-Immunoprecipitation,中文学名免疫共沉淀,是一种以抗体和抗原识别专一性为基础,用于研究蛋白质之间相互作用的经典方法。 通俗点来说,假设我们需要研究样品中A蛋白和B蛋白之间是否存在一些相互作用,首先我们通过合适的方法处理样本,将蛋白提取出来(同时不能破坏蛋白之间的 阅读全文
posted @ 2023-09-28 05:31 Life·Intelligence 阅读(132) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: ConSurf-StandAlone https://github.com/leezx/ConSurf-StandAlone /home/zz950/tmpData/consurf 如果对特定的fragment感兴趣,可以去做MSA,https://www.uniprot.org/uniprotkb 阅读全文
posted @ 2023-09-23 02:56 Life·Intelligence 阅读(115) 评论(0) 推荐(0) 编辑
TOP