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posted @ 2018-04-07 16:13 Bioinformatics 阅读(40) 评论(0) 编辑
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posted @ 2018-05-22 17:50 Bioinformatics 阅读(2) 评论(0) 编辑
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posted @ 2018-05-21 18:17 Bioinformatics 阅读(4) 评论(0) 编辑
摘要: 之前看到过高手写的一个monitor,用python面向对象实现的,依赖几个核心的python包,drmaa,zodb,理论上来说解决了所有的任务投递问题。 但是在复杂的集群环境下还是会经常出问题,这就是更复杂的调试了,需要对集群环境有深刻的认识。 这里不搞那么复杂的东西,就是在一个单一的PBS集群阅读全文
posted @ 2018-05-20 17:50 Bioinformatics 阅读(5) 评论(0) 编辑
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posted @ 2018-05-19 15:28 Bioinformatics 阅读(3) 评论(0) 编辑
摘要: ONE-CLASS DETECTION OF CELL STATES IN TUMOR SUBTYPES Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation PanCanS阅读全文
posted @ 2018-05-19 14:59 Bioinformatics 阅读(56) 评论(0) 编辑
摘要: 个人在华大工作了一年,也切身体会了华大的一些企业文化,虽然没有太多的感情(没有参与重大项目怎么会有感情),但还是被华大的某些特质所感染。这里想对华大真诚地说声感谢,也缅怀一下曾经短暂的和一群小伙伴一起加班的快乐生活。 下面的访谈真的做得非常好,中立而富有情怀,不是一边倒的吹捧或者讽刺。 PS: 博客阅读全文
posted @ 2018-05-17 16:57 Bioinformatics 阅读(8) 评论(0) 编辑
摘要: 记忆是智能体共有的一种能力,对人来说,感知和记忆的结合是非常紧密的,甚至我们无法将它们区分。 感知是具有输入信息的自我意识所产生的结果,就像一个刚出生的baby,他具有自我意识而不具备记忆,当他处在外界信息中,他就会本能的产生感知。 现时的感知、经验会被存储在我们的大脑当中,在未来的某个时刻,一旦我阅读全文
posted @ 2018-05-17 15:58 Bioinformatics 阅读(6) 评论(0) 编辑
摘要: 分布图 PCA图 画PCA,还是推荐scater,速度很快,一般的R包真是慢到你难以想象。 Scatterplot with marginal boxplots 在散点图的侧边画箱线图,可以在一张图上提供最多的信息。教程1,教程2. 教程阅读全文
posted @ 2018-05-16 12:10 Bioinformatics 阅读(67) 评论(0) 编辑
摘要: 先读几篇文章: Interpretation of Association Signals and Identification of Causal Variants from Genome-wide Association Studies GWAS have been successful in 阅读全文
posted @ 2018-05-15 18:07 Bioinformatics 阅读(10) 评论(0) 编辑
摘要: Genome-wide gene-environment analyses of depression and reported lifetime traumatic experiences in UK Biobank 全基因组的,基因环境分析,抑郁症和已经报道的终身创伤经历,UKBB Depres阅读全文
posted @ 2018-05-14 19:33 Bioinformatics 阅读(10) 评论(0) 编辑
摘要: 参考: Hail Hail - Tutorial windows也可以安装:Spark在Windows下的环境搭建 spark-2.2.0-bin-hadoop2.7 - Hail依赖的平台,并行处理 google cloud platform - 云平台 Broad's data cluster 阅读全文
posted @ 2018-05-14 18:57 Bioinformatics 阅读(34) 评论(0) 编辑
摘要: 参考:PLINK | File format reference vcftools plink的主要功能:数据处理,质量控制的基本统计,群体分层分析,单位点的基本关联分析,家系数据的传递不平衡检验,多点连锁分析,单倍体关联分析,拷贝数变异分析,Meta分析等等。 首先必须了解plink的三种格式:b阅读全文
posted @ 2018-05-09 13:18 Bioinformatics 阅读(58) 评论(0) 编辑
摘要: If you are worried about leaving out covariates you could regress out them first and analyse the residuals against the Snps.在实验设计中,协变量是独立变量,实验者不能操纵,但仍阅读全文
posted @ 2018-05-09 12:33 Bioinformatics 阅读(10) 评论(0) 编辑
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posted @ 2018-05-08 22:34 Bioinformatics 阅读(4) 评论(0) 编辑
摘要: 打工久了自然就会遇到瓶颈,通常在遇到挫折时才会发现瓶颈,这时你就需要好好反思一下自己了。 平时工作时你很难全面地认识自己,只有在和朋友八卦或者看一些好文时,你才能接触多方面的信息,才能有所反思。 下面是一篇好文,讲述了一些科研圈的潜规则,以及如何成为一名优秀的科研工作者。 Q(Cell Stem C阅读全文
posted @ 2018-05-06 17:52 Bioinformatics 阅读(27) 评论(0) 编辑
摘要: 我们可以从转录调控中看到造物主的影子。 基因表达调控包括转录水平、转录后水平和翻译水平。 转录调控是指通过改变转录速率从而改变基因表达的水平,其对遗传信息的传递的准确性和多样性具有重要的作用。真核生物的转录调控包括多种形式,例如DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑、转录因子等。 真核生物基因转录在细阅读全文
posted @ 2018-05-05 00:04 Bioinformatics 阅读(24) 评论(0) 编辑
摘要: 最近跑一个代码,需要用到Bazel。 Bazel阅读全文
posted @ 2018-04-30 16:22 Bioinformatics 阅读(17) 评论(0) 编辑
摘要: 参考:登上《Cell》封面的AI医疗影像诊断系统:机器之心专访UCSD张康教授 Identifying Medical Diagnoses and Treatable Diseases by Image-Based Deep Learning 2018-2-22 Cell 读《Identifying阅读全文
posted @ 2018-04-26 16:17 Bioinformatics 阅读(99) 评论(0) 编辑
摘要: Transcranial magnetic stimulation (TMS) Effect of Transcranial Magnetic Stimulation on Free Will Transcranial Magnetic Stimulation (TMS) for Depressio阅读全文
posted @ 2018-04-23 17:14 Bioinformatics 阅读(9) 评论(0) 编辑
摘要: 参考:生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy,纯属个人笔记。 ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质阅读全文
posted @ 2018-04-23 13:41 Bioinformatics 阅读(43) 评论(0) 编辑
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