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2024年02月01日 靶向药 有些靶点是因为mutation而被选择 Mutations in the tumor suppressor gene Adenomatous Polyposis Coli (APC) are found in 80% of sporadic colorectal ca 阅读全文
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Tips: Atlas级别的数据，需要做加速处理，比如常见的marker鉴定，不要用seurat默认的函数，非常慢。 presto包的算法复杂度极低，再大的数据基本一分钟内就能出结果。 markers_rna <- presto:::wilcoxauc.Seurat(X = all.colon, g 阅读全文
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镇楼综述： Best practices for single-cell analysis across modalities - Nature Reviews Genetics - 2023 （https://www.sc-best-practices.org/preamble.html） 最新的 阅读全文
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2023年12月14日 实验动物常见的给药方式有：注射给药，灌胃给药，口服，鼻滴给药等多种。一般需要根据实验目的、动物种类及药物剂型、剂量等，选择合适的给药方式。 小鼠常见的给药方式： 皮下注射（Subcutaneous Injections，SC） 皮内注射（Intradermal Injecti 阅读全文
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免疫治疗无效/耐药性的主要原因 抗原性较弱的肿瘤细胞将难以被免疫系统识别 参考：肿瘤对免疫治疗产生耐药性的原因 癌症的特点，恶性肿瘤和良性肿瘤 恶性肿瘤生长较快，有无止境性生长之说，易向周围组织扩散，容易发生转移，如不及时发现，诊断和治疗，常危及生命。 良性肿瘤则生长缓慢，可以多年不变，肿瘤周围都有 阅读全文
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2024年01月18日 什么是纳米颗粒靶向静脉递送系统？ 脂质纳米颗粒（Lipid nanoparticle, LNP） 2024年01月18日 抗体本来属于免疫学的内容，但因为应用过于广泛，所以必须学习。 大家都知道抗体就是与抗原特异结合的大蛋白，也知道抗体的Y型结构，那具体结构是如何呢？ 几个问 阅读全文
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2023年10月18日 barplot截取y轴，非常规操作。 You could try, with library(scales): + scale_y_continuous(limits=c(2000,2500),oob = rescale_none) 2023年09月20日 Seurat的vi 阅读全文
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这个功能GEPIA2已经实现了，http://gepia2.cancer-pku.cn/#dataset 但问题是它的数据不能导出，原图太丑，不能直接发表，那就没办法了，只能自己下载数据作图了。 TCGA数据可以批量下载 GTEx数据也很容易下载 但如何把TCGA的cancer type比对到GTE 阅读全文
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把本质的问题泛化一下 医学三大主题：预防，诊断，治疗。 治疗的本质就是用一种干预（药物）能让病人表现反转（疾病态变为健康态）。 所以，药物开发的本质就是筛选+验证，然后走流程一二三期推向临床。 筛选的本质就是给一个干预（各种药物或者CRISPR），然后观察表型，表型readout的选择很灵活。 筛选 阅读全文
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前言 荒废了一个多月，终于回归了。很早就想分析一下多个抗肿瘤药物平台，其各自的优缺点，未来的发展趋势，如果去工业界到底选择哪个平台，你最终选的不一定对，但“一定要有自己的想法”。 我个人是非常喜欢ADC平台的，它非常偏应用，也更加涉及到抗肿瘤药物的本质（对比其他疾病而言），原理也非常的清晰明确。但我 阅读全文
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创建conda环境，安装必要软件 conda create -n wgs conda activate wgs conda install bioconda::bwa 下载最佳ref fasta gcloud storage cp gs://BUCKET_NAME/OBJECT_NAME SAVE_ 阅读全文
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工具篇：MAGeCKFlute - Integrative analysis pipeline for pooled CRISPR functional genetic screens 安装折腾了几个小时，debug核心，根据关键提示Google，筛选找到答案即可。 error: Error: pa 阅读全文
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最后merge一下 cat *_1_D7_1uM_1* index2/*_1_D7_1uM_1* > D7_1uM_1_1.fq cat *_1_D7_1uM_2* index2/*_1_D7_1uM_2* > D7_1uM_2_1.fq cat *_1_D7_DMSO_1* index2/*_1_ 阅读全文
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抗癌新药公布临床试验结果的必用图。 有时候在我们药的preclinical的文章里也会经常用到。 图的基本信息： bar图，y轴就是肿瘤体积变化百分比； bar是被sort过的，从高到低； x轴就是病人或者小鼠个体编号； 为什么这个图这么经典？ 抗癌最重要的就是杀死癌细胞，看体积变化没毛病，所以y轴 阅读全文
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2024年01月05日 最近确实是生物科技行业的寒冬，砍管线、裁员，风险投资撤退，能平稳度过这段寒冬的都是强者了。 但居然还有人能在这寒冬里逆势而上，别人喝西北风，他们吃肉，让人不得不好奇，他们到底有什么特殊之处。 捕风捉影不如直接听当事人的想法，一语胜千言。 生物医药行业的周期 任何一个行业都是有 阅读全文
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名词解释： LC-MS - Liquid chromatography–mass spectrometry 液相色谱-质谱联用仪 CyTOF - Cytometry by time of flight - 质谱流式细胞技术 RIME - Rapid Immunoprecipitation Mass 阅读全文
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前言：新开一个标签-《热点》，强迫自己去学习一下领域的热点事件，精通是不太可能了，但最少要知道是个怎么回事。 科普： 什么是ADC？可以简单理解为抗体靶向+化疗杀伤的结合。 抗体偶联药物（antibody drug conjugates, ADCs）是一类将特异性单克隆抗体与细胞毒性药物通过接头偶联 阅读全文
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2023年12月14日 最近刷到一篇观点，与我之前写的不谋而合： 我，在西藏林芝，不配拥有肿瘤早筛 这个是一个领域从业者的角度写的，数据论证更加详实。 先说我个人的结论： 一个先提条件：（基于测序的）早筛价格大幅降低，且能有效高准确率的筛查出多癌种； 在此基础之上，需要政府大力推广，测序早筛（如cf 阅读全文
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类似genetics的mutation，生存分析也是significance的一个重要来源。 也是很多项目的起点，它可以回答“为什么你要研究这个基因？”。 SMYD5的高表达显著降低了gastric cancer的Survival，这是今天这个汇报的起点。 然后就是找下游的蛋白me3的target， 阅读全文
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示例paper：Retinoic acid signaling drives differentiation toward the absorptive lineage in colorectal cancer - 2021 常见的表型分析： Alkaline phosphatase/nuclear 阅读全文
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这算是wet lab实验室最为基本的技能了。 基因克隆，从Ecoli里提取质粒，不要忘了加RNase，否则在做gateway cloning的时候RNA会抑制LR反应。 不同用途的实验对DNA、RNA、Protein的纯度要求是不一样的，这你要自己去摸索，比如普通Lentivirus packagi 阅读全文
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代码： https://github.com/KosinskiLab/AlphaPulldown https://github.com/google-deepmind/alphafold 生物专业入坑教程：Alphafold的原理和展望 钟博子韬 | 钰沐菡 公益公开课 2023年12月09日 我就 阅读全文
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宝藏：春卷基因编辑专栏 2023年11月21日 理论上，我从23年6-7月开始做实验，最开始就是做CRISPR KO，后面也是shRNA、dTAG都做，但其实都没玩明白。 尤其是DFCI，看似顶级，其实有钱谁不会玩呢？国内要是有这么多资源、这样的视野，你DFCI还真玩不过，西湖大学就是个例子。 没有 阅读全文
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2023年11月17日 生物体不是简单的机械零件的堆积，而是一个灵动的整体，从细胞层面而言，就是神奇的细胞可塑性。 尤其是cancer cell，它无时无刻都在自我适应和进化，这其中是否涉及到一个统一的表观机制呢？ Why cancer cell plasticity?Some cells can 阅读全文
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两种数据类型的转化 10x的数据就是以dataframe形式存储 R处理的数据大部分是matrix，可以用线性代数来解 工具 tidyr pivot_longer() pivot_wider() # tmp <- dep %>% # pivot_longer(cols = -`ModelID`, n 阅读全文
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2023年11月27日 Debug还是得靠自己，别人的建议仅供参考。 LR做了最少4遍，都没有靠谱的克隆出现。 一开始以为是Plasmid里RNA含量太高，稀释了DNA的含量，加了足量的Plasmid也不顶用。 只能去所用试剂的官网里找答案了：Gateway™ LR Clonase™ II Enzy 阅读全文